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- PDB-7rmu: Structure of Thermomonospora curvata heme-containing DyP-type per... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7rmu
タイトルStructure of Thermomonospora curvata heme-containing DyP-type peroxidase with a modified axial ligand
要素DyP-type Peroxidase
キーワードOXIDOREDUCTASE / Dye-decolorizing peroxidase / heme / unnatural amino acid
機能・相同性
機能・相同性情報


peroxidase activity / heme binding / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / : / Dyp-type peroxidase, C-terminal / Dyp-type peroxidase, N-terminal / DyP-type peroxidase family. / Dyp-type peroxidase / Dimeric alpha-beta barrel / Twin arginine translocation (Tat) signal profile. / Twin-arginine translocation pathway, signal sequence / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Dyp-type peroxidase family
類似検索 - 構成要素
生物種Thermomonospora curvata (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Khadka, S. / Li, P. / Geisbrecht, B.V.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35GM140852 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of Thermomonospora curvata heme-containing DyP-type peroxidase with a modified axial ligand
著者: Khadka, S. / Geisbrecht, B. / Li, P.
履歴
登録2021年7月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年8月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DyP-type Peroxidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,9809
ポリマ－43,6911
非ポリマー1,2898
水2,414134
1
A: DyP-type Peroxidase
ヘテロ分子

A: DyP-type Peroxidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)89,96018
ポリマ－87,3822
非ポリマー2,57816
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_555x,x-y,-z1
Buried area9160 Å2
ΔGint-194 kcal/mol
Surface area28490 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)87.698, 87.698, 107.870
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number153
Space group name H-MP3212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-643-

HOH

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要素

#1: タンパク質 DyP-type Peroxidase


分子量: 43691.043 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermomonospora curvata (バクテリア)
遺伝子: Tcur_2987 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: D1A807
#2: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 134 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.13 % / 解説: rod-like
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 0.1 M sodium citrate tribasic (pH 5.6), 0.5 M ammonium sulfate, 1.0 M lithium sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-BM / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2021年7月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→50 Å / Num. obs: 27294 / % possible obs: 97.8 % / 冗長度: 21.2 % / Rmerge(I) obs: 0.078 / Rpim(I) all: 0.017 / Rrim(I) all: 0.08 / Χ2: 1.009 / Net I/σ(I): 10.5 / Num. measured all: 577899
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.1-2.1812.20.81622370.410.2240.851.04381.5
2.18-2.2616.60.81426680.8470.2010.841.03196.3
2.26-2.3721.50.75227830.9450.1650.771.038100
2.37-2.4922.90.54427610.9720.1160.5560.987100
2.49-2.6522.90.35827680.9880.0760.3661.016100
2.65-2.8522.90.21927720.9950.0460.2240.99100
2.85-3.1422.90.1327960.9980.0280.1330.995100
3.14-3.5922.90.07927940.9990.0170.0810.964100
3.59-4.5222.80.05328140.9990.0110.0540.966100
4.52-5022.20.037290110.0080.0381.089100

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1-3660精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5JXU

5jxu


解像度: 2.1→43.85 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.36 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2103 1994 7.32 %
Rwork0.1704 25250 -
obs0.1733 27244 97.74 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 153.5 Å2 / Biso mean: 57.6199 Å2 / Biso min: 29.07 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.1→43.85 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2799 0 78 134 3011
Biso mean--79.66 55.3 -
残基数----361
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0072946
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9154021
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.8731082
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.047414
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005534
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.1-2.150.30591060.24911413151978
2.15-2.210.29561310.23491692182392
2.21-2.280.25631430.21621801194499
2.28-2.350.25411470.214818331980100
2.35-2.430.26281440.202118371981100
2.43-2.530.27231460.199818341980100
2.53-2.650.26491410.197618301971100
2.65-2.790.24931500.204518401990100
2.79-2.960.24581460.20918371983100
2.96-3.190.26321460.207118431989100
3.19-3.510.21951490.187718562005100
3.51-4.020.22251470.156818421989100
4.02-5.060.14391430.125318712014100
5.06-43.850.16971550.143519212076100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 11.7788 Å / Origin y: 24.7881 Å / Origin z: 6.3996 Å
111213212223313233
T0.3055 Å20.0066 Å2-0.055 Å2-0.5498 Å2-0.1477 Å2--0.4121 Å2
L1.406 °2-0.137 °20.3449 °2-1.4967 °2-0.3868 °2--1.5842 °2
S-0.1843 Å °-0.2386 Å °0.1893 Å °0.0483 Å °-0.0507 Å °0.247 Å °-0.0921 Å °-0.4926 Å °0.2176 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA43 - 501
2X-RAY DIFFRACTION1allB1 - 7
3X-RAY DIFFRACTION1allS1 - 134

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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