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- PDB-7rmu: Structure of Thermomonospora curvata heme-containing DyP-type per... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7rmu | ||||||
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Title | Structure of Thermomonospora curvata heme-containing DyP-type peroxidase with a modified axial ligand | ||||||
![]() | DyP-type Peroxidase | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / Dye-decolorizing peroxidase / heme / unnatural amino acid | ||||||
Function / homology | ![]() | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Khadka, S. / Li, P. / Geisbrecht, B.V. | ||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Structure of Thermomonospora curvata heme-containing DyP-type peroxidase with a modified axial ligand Authors: Khadka, S. / Geisbrecht, B. / Li, P. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 169 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 130.5 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 830 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 830.2 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 16.5 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 23.1 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 5jxuS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homology ![]() |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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Components
#1: Protein | Mass: 43691.043 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() | ||||
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#2: Chemical | ChemComp-HEM / | ||||
#3: Chemical | ChemComp-SO4 / #4: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.01 Å3/Da / Density % sol: 59.13 % / Description: rod-like |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 5.6 Details: 0.1 M sodium citrate tribasic (pH 5.6), 0.5 M ammonium sulfate, 1.0 M lithium sulfate |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: MARMOSAIC 300 mm CCD / Detector: CCD / Date: Jul 22, 2021 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.1→50 Å / Num. obs: 27294 / % possible obs: 97.8 % / Redundancy: 21.2 % / Rmerge(I) obs: 0.078 / Rpim(I) all: 0.017 / Rrim(I) all: 0.08 / Χ2: 1.009 / Net I/σ(I): 10.5 / Num. measured all: 577899 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Phasing
Phasing | Method: ![]() |
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-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 5JXU Resolution: 2.1→43.85 Å / SU ML: 0.25 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / Phase error: 24.36 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 153.5 Å2 / Biso mean: 57.6199 Å2 / Biso min: 29.07 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.1→43.85 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14
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Refinement TLS params. | Method: refined / Origin x: 11.7788 Å / Origin y: 24.7881 Å / Origin z: 6.3996 Å
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Refinement TLS group |
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