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- PDB-7rm8: Solution NMR structure of PDLIM7 PDZ bound to SNX17 peptide -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7rm8
タイトルSolution NMR structure of PDLIM7 PDZ bound to SNX17 peptide
要素Isoform 4 of PDZ and LIM domain protein 7,Sorting nexin-17 fusion
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


muscle structure development / cardiac septum development / muscle alpha-actinin binding / coronary vasculature development / endocytic recycling / aorta development / endosomal transport / low-density lipoprotein particle receptor binding / filamentous actin / regulation of endocytosis ...muscle structure development / cardiac septum development / muscle alpha-actinin binding / coronary vasculature development / endocytic recycling / aorta development / endosomal transport / low-density lipoprotein particle receptor binding / filamentous actin / regulation of endocytosis / RET signaling / cholesterol catabolic process / stress fiber / ruffle / phosphatidylinositol binding / ossification / receptor-mediated endocytosis / kidney development / adherens junction / intracellular protein transport / Z disc / actin cytoskeleton / actin binding / heart development / cytoplasmic vesicle / actin cytoskeleton organization / cell differentiation / early endosome / endosome membrane / endosome / intracellular membrane-bounded organelle / focal adhesion / signaling receptor binding / Golgi apparatus / signal transduction / protein-containing complex / nucleoplasm / membrane / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Sorting nexin-17 / SNX17, atypical FERM-like domain / Sorting nexin-17/31, FERM domain / : / : / Sorting Nexin 17 FERM C-terminal domain / Sortin nexin 17/31, FERM domain, F2 lobe / Sortin nexin 17/27/31, FERM domain, F1 lobe / SNX17/27/31 / Ras-associating (RA) domain profile. ...Sorting nexin-17 / SNX17, atypical FERM-like domain / Sorting nexin-17/31, FERM domain / : / : / Sorting Nexin 17 FERM C-terminal domain / Sortin nexin 17/31, FERM domain, F2 lobe / Sortin nexin 17/27/31, FERM domain, F1 lobe / SNX17/27/31 / Ras-associating (RA) domain profile. / Ras-associating (RA) domain / PhoX homologous domain, present in p47phox and p40phox. / PX domain profile. / PX domain / Phox homology / PX domain superfamily / LIM zinc-binding domain signature. / LIM domain / Zinc-binding domain present in Lin-11, Isl-1, Mec-3. / Zinc finger, LIM-type / LIM domain profile. / PDZ domain / PDZ domain profile. / Domain present in PSD-95, Dlg, and ZO-1/2. / PDZ domain / PDZ superfamily / PH-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Sorting nexin-17 / PDZ and LIM domain protein 7
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / torsion angle dynamics
データ登録者Healy, M.D. / Collins, B.M. / Mobli, M.
資金援助 オーストラリア, 英国, 8件
組織認可番号国
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia)APP1156732 オーストラリア
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia)APP1136021 オーストラリア
Australian Research Council (ARC)DP190101177 オーストラリア
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia)APP1162597 オーストラリア
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)MR/P018807/1 英国
Wellcome Trust104568/Z/14/Z 英国
Wellcome Trust220260/Z/20/Z 英国
Royal SocietyRSRP/R1/211004 英国
引用ジャーナル: Structure / 年: 2022
タイトル: Proteomic identification and structural basis for the interaction between sorting nexin SNX17 and PDLIM family proteins.
著者: Healy, M.D. / Sacharz, J. / McNally, K.E. / McConville, C. / Tillu, V.A. / Hall, R.J. / Chilton, M. / Cullen, P.J. / Mobli, M. / Ghai, R. / Stroud, D.A. / Collins, B.M.
履歴
登録2021年7月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年8月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年11月9日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22022年12月14日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Isoform 4 of PDZ and LIM domain protein 7,Sorting nexin-17 fusion


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,3181
ポリマ－11,3181
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: isothermal titration calorimetry
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 20all calculated structures submitted
代表モデルモデル #1closest to the average

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要素

#1: タンパク質 Isoform 4 of PDZ and LIM domain protein 7,Sorting nexin-17 fusion / LIM mineralization protein / LMP / Protein enigma


分子量: 11317.567 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PDLIM7, ENIGMA, SNX17, KIAA0064 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9NR12, UniProt: Q15036

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic12D 1H-15N HSQC
121isotropic12D 1H-13C HSQC
131isotropic13D HN(CA)CB
141isotropic13D CBCA(CO)NH
151isotropic13D HNCO
161isotropic13D HBHA(CO)NH
171isotropic13D H(CCO)NH
181isotropic13D H(CCO)NH

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試料調製

詳細タイプ: solution
内容: 1 mM [U-13C; U-15N] PDLIM7_SNX17_Fusion, 95% H2O/5% D2O
詳細: Protein was gel filtered in a buffer containing 75 mM NaCl, 20 mM Bis-Tris (pH 5.8), 4 mM DTT.
Label: PDLIM7_SNX17_Fusion / 溶媒系: 95% H2O/5% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1 mMPDLIM7_SNX17_Fusion[U-13C; U-15N]1
75 mMNaClnatural abundance1
20 mMBis-Trisnatural abundance1
4 mMDTTnatural abundance1
試料状態詳細: Protein was gel filtered in a buffer containing 75 mM NaCl, 20 mM Bis-Tris (pH 5.8), 4 mM DTT.
イオン強度: 75 mM NaCl mM / Label: Condition 1 / pH: 5.8 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker AVANCE / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 900 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CcpNmr Analysis3CCPN精密化
CYANA3.98.13Guntert, Mumenthaler and Wuthrichstructure calculation
CcpNmr Analysis3CCPNchemical shift assignment
CcpNmr Analysis3CCPNpeak picking
精密化手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: all calculated structures submitted
計算したコンフォーマーの数: 20 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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