[日本語] English
万見
- PDB-7rl3: Structure of Drosophila melanogaster Plk4 PB3 -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7rl3
タイトルStructure of Drosophila melanogaster Plk4 PB3
要素Serine/threonine-protein kinase PLK4
キーワードSIGNALING PROTEIN / TRANSFERASE / Kinase / Sak Kinase / Plk4 / Polo Box
機能・相同性
機能・相同性情報


syncytial blastoderm mitotic cell cycle / regulation of centriole replication / sperm axoneme assembly / polo kinase / male meiotic nuclear division / centrosome cycle / centriole replication / centriole / mitotic spindle organization / regulation of protein stability ...syncytial blastoderm mitotic cell cycle / regulation of centriole replication / sperm axoneme assembly / polo kinase / male meiotic nuclear division / centrosome cycle / centriole replication / centriole / mitotic spindle organization / regulation of protein stability / kinetochore / spindle pole / positive regulation of protein catabolic process / protein autophosphorylation / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / centrosome / ATP binding / identical protein binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Serine/threonine-protein kinase, first cryptic polo-box domain superfamily / : / Cryptic Polo-Box 1 (CPB1) domain profile. / Cryptic Polo-Box 2 (CPB2) domain profile. / Plk4, C-terminal polo-box domain / Plk4, second cryptic polo-box domain / Plk4, first cryptic polo-box domain / Polo-like Kinase 4 Polo Box 1 / Polo-like Kinase 4 Polo Box 2 / POLO box domain ...Serine/threonine-protein kinase, first cryptic polo-box domain superfamily / : / Cryptic Polo-Box 1 (CPB1) domain profile. / Cryptic Polo-Box 2 (CPB2) domain profile. / Plk4, C-terminal polo-box domain / Plk4, second cryptic polo-box domain / Plk4, first cryptic polo-box domain / Polo-like Kinase 4 Polo Box 1 / Polo-like Kinase 4 Polo Box 2 / POLO box domain / POLO box domain profile. / Tyrosine-protein kinase, active site / Protein kinase domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Serine/threonine-protein kinase PLK4
類似検索 - 構成要素
生物種Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.75 Å
データ登録者Slep, K.C. / Slevin, L.K.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/Eunice Kennedy Shriver National Institute of Child Health & Human Development (NIH/NICHD)5R03HD064881 米国
引用ジャーナル: Mol.Biol.Cell / 年: 2023
タイトル: Polo-like kinase 4 homodimerization and condensate formation regulate its own protein levels but are not required for centriole assembly.
著者: Ryniawec, J.M. / Buster, D.W. / Slevin, L.K. / Boese, C.J. / Amoiroglou, A. / Dean, S.M. / Slep, K.C. / Rogers, G.C.
履歴
登録2021年7月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年8月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年8月16日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Serine/threonine-protein kinase PLK4
B: Serine/threonine-protein kinase PLK4


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,8652
ポリマ－19,8652
非ポリマー00
水2,126118
1
A: Serine/threonine-protein kinase PLK4


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,9321
ポリマ－9,9321
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Serine/threonine-protein kinase PLK4


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,9321
ポリマ－9,9321
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)36.711, 53.095, 41.637
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 107.920, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質 Serine/threonine-protein kinase PLK4 / Polo-like kinase 4 / PLK-4 / Serine/threonine-protein kinase SAK


分子量: 9932.314 Da / 分子数: 2 / 断片: Polo Box Domain / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: native N-terminal cloning artifact: GSHM
由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
遺伝子: SAK, CG7186 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834 / 参照: UniProt: O97143, polo kinase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 118 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 1.82 Å3/Da / 溶媒含有率: 32.44 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: D.m. Plk4 PB3 was crystallized using a mother liquor (1 ml) containing 32% PEG 4000, 200 mM Li2SO4, and 200 mM Tris at pH 8.5. The hanging drop initial condition was 2 ul mother liquor plus 2 ...詳細: D.m. Plk4 PB3 was crystallized using a mother liquor (1 ml) containing 32% PEG 4000, 200 mM Li2SO4, and 200 mM Tris at pH 8.5. The hanging drop initial condition was 2 ul mother liquor plus 2 ul (15 mg/ml stock) Plk4 PB3. Crystals were transferred to a cryo condition containing mother liquor plus 20% ethylene glycol

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MAR scanner 300 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2011年8月7日
放射モノクロメーター: Si (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.75→50 Å / Num. obs: 14468 / % possible obs: 93.4 % / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 19.84 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.048 / Χ2: 1.033 / Net I/σ(I): 20.2
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsΧ2Diffraction-ID% possible all
1.75-1.812.40.2519611.099162.4
1.81-1.892.70.19511891.007178.8
1.89-1.973.30.14114581.14193.5
1.97-2.073.70.10615311.077199.9
2.07-2.23.70.07815421.0331100
2.2-2.383.50.06715381.045199.9
2.38-2.613.70.06315540.93199.9
2.61-2.993.70.05515430.97199.9
2.99-3.773.70.04115671.054199.7
3.77-503.60.03515851.028199.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIXv1.8精密化
HKL-2000データスケーリング
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
HKL-2000データ削減
PHENIXv1.8位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.75→39.617 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 位相誤差: 25.55 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2327 1420 10.01 %
Rwork0.1922 12766 -
obs0.1964 14186 91.38 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 73.51 Å2 / Biso mean: 32.5538 Å2 / Biso min: 17.22 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.75→39.617 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1247 0 0 118 1365
Biso mean---42.86 -
残基数----165
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0131273
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.6441731
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.099203
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.009225
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.478474
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.75-1.80980.2757800.218674653
1.8098-1.88230.27691130.2214101674
1.8823-1.9680.25961430.1985126290
1.968-2.07170.24271520.1902137098
2.0717-2.20150.21421520.1832137699
2.2015-2.37150.2171540.1873137399
2.3715-2.61010.23851560.2026139899
2.6101-2.98760.2581540.20381385100
2.9876-3.76360.22871570.18211413100
3.7636-39.6170.21821590.18931427100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 6.4029 Å / Origin y: -6.2661 Å / Origin z: 24.7053 Å
111213212223313233
T0.1771 Å20.0185 Å20.0148 Å2-0.1855 Å2-0.0287 Å2--0.1998 Å2
L0.4323 °2-0.2792 °20.6171 °2-1.1588 °2-0.8911 °2--1.9362 °2
S-0.0512 Å °-0.0173 Å °0.0287 Å °0.0828 Å °0.0608 Å °-0.0093 Å °-0.0886 Å °-0.081 Å °-0.0128 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA660 - 745
2X-RAY DIFFRACTION1allB660 - 743
3X-RAY DIFFRACTION1allS1 - 118

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る