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- PDB-7rkc: Computationally designed tunable C2 symmetric tandem repeat homod... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7rkc
タイトルComputationally designed tunable C2 symmetric tandem repeat homodimer, D_3_633
要素D_3_633
キーワードDE NOVO PROTEIN / de novo / torroid / derroid / tandem repeat / homodimer / computationally designed / C2 symmetric
機能・相同性ACETATE ION
機能・相同性情報
生物種synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.35 Å
データ登録者Kennedy, M.A. / Stoddard, B.L. / Hicks, D.R. / Bera, A.K.
資金援助 米国, 5件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, United States)DGE-1762114 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM115545 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM139752 米国
National Institutes of Health/National Institute on Aging (NIH/NIA)R01AG063845 米国
National Institutes of Health/National Institute on Aging (NIH/NIA)U19AG065156 米国
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2022
タイトル: De novo design of protein homodimers containing tunable symmetric protein pockets.
著者: Hicks, D.R. / Kennedy, M.A. / Thompson, K.A. / DeWitt, M. / Coventry, B. / Kang, A. / Bera, A.K. / Brunette, T.J. / Sankaran, B. / Stoddard, B. / Baker, D.
履歴
登録2021年7月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年5月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年8月3日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22024年4月3日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: D_3_633
B: D_3_633
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,5517
ポリマ－54,2562
非ポリマー2955
水905
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: SAXS
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4570 Å2
ΔGint-38 kcal/mol
Surface area19340 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)54.445, 54.682, 86.987
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 95.470, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and ((resid 4 and (name N or name...
21(chain B and (resid 4 or (resid 5 through 6...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11ASPASPASPASP(chain A and ((resid 4 and (name N or name...AA49
12ASPASPARGARG(chain A and ((resid 4 and (name N or name...AA4 - 2289 - 233
13ASPASPARGARG(chain A and ((resid 4 and (name N or name...AA4 - 2289 - 233
14ASPASPARGARG(chain A and ((resid 4 and (name N or name...AA4 - 2289 - 233
15ASPASPARGARG(chain A and ((resid 4 and (name N or name...AA4 - 2289 - 233
16ASPASPARGARG(chain A and ((resid 4 and (name N or name...AA4 - 2289 - 233
17ASPASPARGARG(chain A and ((resid 4 and (name N or name...AA4 - 2289 - 233
21ASPASPASPASP(chain B and (resid 4 or (resid 5 through 6...BB49
22GLUGLULEULEU(chain B and (resid 4 or (resid 5 through 6...BB5 - 610 - 11
23GLUGLUARGARG(chain B and (resid 4 or (resid 5 through 6...BB2 - 2267 - 231
24GLUGLUARGARG(chain B and (resid 4 or (resid 5 through 6...BB2 - 2267 - 231
25GLUGLUARGARG(chain B and (resid 4 or (resid 5 through 6...BB2 - 2267 - 231
26GLUGLUARGARG(chain B and (resid 4 or (resid 5 through 6...BB2 - 2267 - 231

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要素

#1: タンパク質 D_3_633


分子量: 27127.992 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 化合物
ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.23 %
結晶化温度: 294.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: 0.2 M Zinc acetate, 0.1 M Na acetate pH 4.5, 10% PEG 3000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 0.999 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2019年9月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.999 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.32→50 Å / Num. obs: 21194 / % possible obs: 96.7 % / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.078 / Rpim(I) all: 0.047 / Rrim(I) all: 0.092 / Χ2: 1.06 / Net I/σ(I): 9
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.35-2.394.11.02911100.6580.5811.1840.607100
2.39-2.434.20.80710530.7160.4530.9280.621100
2.43-2.484.20.66510930.8050.3720.7640.641100
2.48-2.534.20.5810840.8120.3270.6680.663100
2.53-2.594.20.50310970.8710.2820.5780.702100
2.59-2.654.20.44710870.8830.2520.5140.742100
2.65-2.714.10.410760.9050.2250.4611.10199.8
2.71-2.794.20.30310950.9360.1710.3490.778100
2.79-2.874.20.23110950.960.1290.2650.874100
2.87-2.964.20.19310750.9640.1080.2211.027100
2.96-3.074.10.16511110.9730.0940.191.206100
3.07-3.194.10.14310740.9790.0810.1651.351100
3.19-3.334.10.13411050.9810.0750.1541.32599.9
3.33-3.5130.1569740.9590.10.1862.21589.9
3.51-3.732.90.219990.8830.1480.2592.67790.4
3.73-4.022.30.1296020.9620.0940.1611.95355.1
4.02-4.4240.07210860.9910.0420.0841.054100
4.42-5.064.10.05411260.9960.0310.0621.235100
5.06-6.374.10.04611190.9970.0250.0521.161100
6.37-5040.03511330.9970.020.041.19298

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation2.32 Å48.05 Å
Translation2.32 Å48.05 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17精密化
HKL-2000データスケーリング
PHASER2.8.2位相決定
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: computationally generated

解像度: 2.35→48.05 Å / SU ML: 0.37 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 34.47 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3119 1996 9.44 %
Rwork0.2693 19138 -
obs0.2734 21134 95.2 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 179.62 Å2 / Biso mean: 73.1269 Å2 / Biso min: 32.19 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.35→48.05 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2943 0 20 5 2968
Biso mean--76.22 67.25 -
残基数----436
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A1262X-RAY DIFFRACTION4.51TORSIONAL
12B1262X-RAY DIFFRACTION4.51TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.32-2.380.35741220.32371171129382
2.38-2.450.3511480.301714191567100
2.45-2.520.36171480.30314151563100
2.52-2.60.33931500.293614501600100
2.6-2.690.33861470.295514021549100
2.69-2.80.32931480.286714131561100
2.8-2.930.32291500.277514351585100
2.93-3.080.39511490.296214321581100
3.08-3.280.36311480.297214241572100
3.28-3.530.35261380.31511321145992
3.53-3.880.36171150.32551101121676
3.88-4.440.26581270.24821224135186
4.45-5.60.28751520.234314521604100
5.6-48.050.27061540.23691479163398
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 10.0951 Å / Origin y: -1.0503 Å / Origin z: 23.0787 Å
111213212223313233
T0.3669 Å20.0865 Å2-0.0507 Å2-0.3383 Å2-0.0013 Å2--0.3862 Å2
L2.8229 °20.6539 °2-1.2057 °2-1.2261 °2-0.3332 °2--3.3097 °2
S-0.136 Å °0.0598 Å °0.023 Å °-0.1154 Å °0.019 Å °-0.0057 Å °-0.0578 Å °0.0656 Å °0.1088 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA4 - 228
2X-RAY DIFFRACTION1allB2 - 226
3X-RAY DIFFRACTION1allD1 - 5
4X-RAY DIFFRACTION1allS1 - 7

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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