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Yorodumi- PDB-7rk7: The complex between TIL 1383i TCR and human Class I MHC HLA-A2 wi... -
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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 7rk7 | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | The complex between TIL 1383i TCR and human Class I MHC HLA-A2 with the bound Tyrosinase(369-377)(N371D) nonameric peptide | ||||||
Components |
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Keywords | IMMUNE SYSTEM / TCR / Class I Major Histocompatibility Complex / HLA-A*02 | ||||||
| Function / homology | Function and homology informationeye pigment biosynthetic process / melanin biosynthetic process from tyrosine / Melanin biosynthesis / tyrosinase / tyrosinase activity / response to blue light / melanin biosynthetic process / melanosome membrane / response to vitamin D / positive regulation of memory T cell activation ...eye pigment biosynthetic process / melanin biosynthetic process from tyrosine / Melanin biosynthesis / tyrosinase / tyrosinase activity / response to blue light / melanin biosynthetic process / melanosome membrane / response to vitamin D / positive regulation of memory T cell activation / T cell mediated cytotoxicity directed against tumor cell target / TAP complex binding / Golgi medial cisterna / positive regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell activation / CD8-positive, alpha-beta T cell activation / positive regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell proliferation / Golgi-associated vesicle / CD8 receptor binding / pigmentation / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class I / beta-2-microglobulin binding / endoplasmic reticulum exit site / Regulation of MITF-M-dependent genes involved in pigmentation / TAP binding / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-dependent / protection from natural killer cell mediated cytotoxicity / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-independent / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class Ib / response to cAMP / detection of bacterium / T cell receptor binding / response to UV / visual perception / negative regulation of receptor binding / early endosome lumen / thymus development / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / DAP12 interactions / transferrin transport / cellular response to iron ion / Endosomal/Vacuolar pathway / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / cellular response to iron(III) ion / MHC class II protein complex / negative regulation of forebrain neuron differentiation / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / ER to Golgi transport vesicle membrane / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / regulation of iron ion transport / regulation of erythrocyte differentiation / HFE-transferrin receptor complex / response to molecule of bacterial origin / MHC class I peptide loading complex / T cell mediated cytotoxicity / positive regulation of T cell cytokine production / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / positive regulation of immune response / MHC class I protein complex / positive regulation of T cell activation / peptide antigen binding / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / negative regulation of neurogenesis / cellular response to nicotine / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / specific granule lumen / positive regulation of type II interferon production / phagocytic vesicle membrane / recycling endosome membrane / Interferon gamma signaling / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / negative regulation of epithelial cell proliferation / MHC class II protein complex binding / Interferon alpha/beta signaling / Modulation by Mtb of host immune system / late endosome membrane / sensory perception of smell / antibacterial humoral response / positive regulation of cellular senescence / tertiary granule lumen / melanosome / DAP12 signaling / T cell differentiation in thymus / T cell receptor signaling pathway / E3 ubiquitin ligases ubiquitinate target proteins / negative regulation of neuron projection development / ER-Phagosome pathway / protein refolding / early endosome membrane / protein homotetramerization / amyloid fibril formation / intracellular iron ion homeostasis / learning or memory / cell population proliferation / lysosome / defense response to Gram-positive bacterium / immune response Similarity search - Function | ||||||
| Biological species | Homo sapiens (human) | ||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.54 Å | ||||||
Authors | Singh, N.K. / Davancaze, L.M. / Arbuiso, A. / Weiss, L.I. / Keller, G.L.J. / Baker, B.M. | ||||||
| Funding support | United States, 1items
| ||||||
Citation | Journal: Nat Commun / Year: 2022Title: A class-mismatched TCR bypasses MHC restriction via an unorthodox but fully functional binding geometry. Authors: Singh, N.K. / Alonso, J.A. / Devlin, J.R. / Keller, G.L.J. / Gray, G.I. / Chiranjivi, A.K. / Foote, S.G. / Landau, L.M. / Arbuiso, A.G. / Weiss, L.I. / Rosenberg, A.M. / Hellman, L.M. / ...Authors: Singh, N.K. / Alonso, J.A. / Devlin, J.R. / Keller, G.L.J. / Gray, G.I. / Chiranjivi, A.K. / Foote, S.G. / Landau, L.M. / Arbuiso, A.G. / Weiss, L.I. / Rosenberg, A.M. / Hellman, L.M. / Nishimura, M.I. / Baker, B.M. | ||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 7rk7.cif.gz | 379.5 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb7rk7.ent.gz | 275.5 KB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 7rk7.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rk/7rk7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rk/7rk7 | HTTPS FTP |
|---|
-Related structure data
| Related structure data | ![]() 3qdmS S: Starting model for refinement |
|---|---|
| Similar structure data | Similarity search - Function & homology F&H Search |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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| 1 |
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| Unit cell |
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Components
-Protein , 2 types, 2 molecules AB
| #1: Protein | Mass: 31854.203 Da / Num. of mol.: 1 / Fragment: UNP residues 25-299 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: HLA-A, HLAA / Plasmid: pHN1 / Production host: ![]() |
|---|---|
| #2: Protein | Mass: 11879.356 Da / Num. of mol.: 1 / Fragment: UNP residues 21-119 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: B2M, CDABP0092, HDCMA22P / Plasmid: pHN1 / Production host: ![]() |
-TIL1383i (h3T) T cell receptor ... , 2 types, 2 molecules DE
| #4: Protein | Mass: 23655.314 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Plasmid: pGMT7 / Production host: ![]() |
|---|---|
| #5: Protein | Mass: 28619.744 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Plasmid: pGMT7 / Production host: ![]() |
-Protein/peptide / Non-polymers , 2 types, 83 molecules C

| #3: Protein/peptide | Mass: 1031.161 Da / Num. of mol.: 1 / Fragment: UNP residues 369-377 / Mutation: N371D / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) Homo sapiens (human) / References: UniProt: P14679, tyrosinase |
|---|---|
| #6: Water | ChemComp-HOH / |
-Details
| Has protein modification | Y |
|---|
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
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Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 2.88 Å3/Da / Density % sol: 57.26 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 8.5 / Details: 16% PEG 3350, 2% tacsimate, 100mM Tris (pH 8.5) |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
|---|---|
| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 23-ID-D / Wavelength: 1 Å |
| Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Jun 20, 2017 |
| Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
| Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
| Reflection | Resolution: 2.54→37.31 Å / Num. obs: 36440 / % possible obs: 99.52 % / Redundancy: 1.1 % / Biso Wilson estimate: 56.46 Å2 / CC1/2: 1 / CC star: 1 / Net I/σ(I): 8.27 |
| Reflection shell | Resolution: 2.54→2.631 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.07 / Num. unique obs: 3527 / CC1/2: 1 / CC star: 1 |
-
Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENTStarting model: 3QDM Resolution: 2.54→37.21 Å / SU ML: 0.3881 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / Phase error: 28.9272 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Displacement parameters | Biso mean: 89.53 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.54→37.21 Å
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| Refine LS restraints |
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| LS refinement shell |
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Homo sapiens (human)
X-RAY DIFFRACTION
United States, 1items
Citation
PDBj


