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- PDB-7rk5: Mannitol-2-dehydrogenase bound to NADH from Aspergillus fumigatus -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7rk5
タイトルMannitol-2-dehydrogenase bound to NADH from Aspergillus fumigatus
要素Mannitol 2-dehydrogenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / mannitol biosynthesis
機能・相同性
機能・相同性情報


mannitol dehydrogenase activity / mannitol 2-dehydrogenase / mannitol 2-dehydrogenase activity / mannitol metabolic process / NAD binding / NADP binding
類似検索 - 分子機能
: / Mannitol dehydrogenase / Mannitol dehydrogenase, N-terminal / Mannitol dehydrogenase Rossmann domain / Mannitol dehydrogenase, C-terminal / Mannitol dehydrogenase C-terminal domain / 6-phosphogluconate dehydrogenase, domain 2 / 6-phosphogluconate dehydrogenase-like, C-terminal domain superfamily / NAD(P)-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
1,4-DIHYDRONICOTINAMIDE ADENINE DINUCLEOTIDE / Mannitol 2-dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Neosartorya fumigata (カビ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Nguyen, S. / Bruning, J.B.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Targeting the Mannitol Biosynthesis Pathway in Aspergillus fumigatus: Characterisation and Inhibition of Mannitol-2-Dehydrogenase
著者: Nguyen, S. / Jovcevski, B. / Pukala, T.L. / Bruning, J.B.
履歴
登録2021年7月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年7月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Mannitol 2-dehydrogenase
A: Mannitol 2-dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)116,3634
ポリマ－115,0332
非ポリマー1,3312
水10,737596
1
B: Mannitol 2-dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,1822
ポリマ－57,5161
非ポリマー6651
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
A: Mannitol 2-dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,1822
ポリマ－57,5161
非ポリマー6651
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)209.883, 71.289, 69.157
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 101.150, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-779-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Mannitol 2-dehydrogenase / M2DH / MDH


分子量: 57516.293 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Neosartorya fumigata (strain ATCC MYA-4609 / Af293 / CBS 101355 / FGSC A1100) (カビ)
株: ATCC MYA-4609 / Af293 / CBS 101355 / FGSC A1100 / 遺伝子: AFUA_4G14450 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q4WQY4, mannitol 2-dehydrogenase
#2: 化合物 ChemComp-NAI / 1,4-DIHYDRONICOTINAMIDE ADENINE DINUCLEOTIDE / NADH / NADH


分子量: 665.441 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H29N7O14P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 596 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.25 %
結晶化温度: 289.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 25% PEG 4000, 0.25 M lithium sulphate, 0.1 M Tris pH 8.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.954 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年11月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.954 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→45.464 Å / Num. obs: 58465 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 6.6 % / CC1/2: 0.992 / Rmerge(I) obs: 0.164 / Rpim(I) all: 0.069 / Rrim(I) all: 0.178 / Net I/σ(I): 8.6
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
2.1-2.166.71.8063012745190.5350.7471.9571.899.9
9.15-45.466.50.09548587480.990.0390.10318.798.7

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation5.44 Å45.46 Å
Translation5.44 Å45.46 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.16-3549精密化
XDSデータ削減
Aimless0.7.4データスケーリング
PHASER2.8.2位相決定
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7RK4

7rk4


解像度: 2.1→45.46 Å / SU ML: 0.3 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 26.77 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2492 2886 4.94 %
Rwork0.1898 55569 -
obs0.1927 58455 99.67 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 85.16 Å2 / Biso mean: 37.7683 Å2 / Biso min: 17.02 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.1→45.46 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7656 0 88 596 8340
Biso mean--39.08 41.54 -
残基数----990
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.1-2.13440.41421440.32142613100
2.1344-2.17120.31261390.27562658100
2.1712-2.21070.3291420.26222604100
2.2107-2.25320.31611450.24932613100
2.2532-2.29920.28871380.24442657100
2.2992-2.34920.34381490.24322592100
2.3492-2.40390.30311450.24263199
2.4039-2.4640.30241340.2298265499
2.464-2.53060.26591170.2092620100
2.5306-2.60510.29481300.20282651100
2.6051-2.68910.26521250.1979263299
2.6891-2.78520.25881440.20342645100
2.7852-2.89670.27151300.20342637100
2.8967-3.02850.28571250.19882636100
3.0285-3.18820.25641290.20132687100
3.1882-3.38790.2641340.18522660100
3.3879-3.64930.23411560.17072642100
3.6493-4.01640.21691540.15232651100
4.0164-4.59710.16841440.1402264799
4.5971-5.790.18881290.16572683100
5.79-45.460.2471330.17872756100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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