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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7rji | |||||||||
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タイトル | BthTX-II variant b, from Bothrops jararacussu venom, complexed with stearic acid | |||||||||
![]() | BthTX-IIb | |||||||||
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機能・相同性 | ![]() ![]() | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Borges, R.J. / Fontes, M.R.M. | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: BthTX-II from Bothrops jararacussu venom has variants with different oligomeric assemblies: An example of snake venom phospholipases A 2 versatility. 著者: Borges, R.J. / Salvador, G.H.M. / Campanelli, H.B. / Pimenta, D.C. / de Oliveira Neto, M. / Uson, I. / Fontes, M.R.M. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 48 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 26.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 13783.910 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 詳細: Sequence determined using SEQUENCE SLIDER, a methodology that integrates mass spectrometry, crystallographic and genetic data. 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() | ||||
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#2: 化合物 | ChemComp-STE / ![]() | ||||
#3: 化合物 | ChemComp-NA / | ||||
#4: 化合物 | ![]() #5: 水 | ChemComp-HOH / | ![]() 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.27 % |
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結晶化![]() | 温度: 291 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 7.5 詳細: 0.1 M HEPES pH 7.5, 22% polyacrylic acid 5100 (w/v), 20 mM MgCl2, 0.8 mg/mL a-Tocopherol phosphate disodium salt |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年11月25日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長![]() |
反射 | 解像度: 1.71→40 Å / Num. obs: 34802 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 17.7 % / Biso Wilson estimate: 31.11 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rrim(I) all: 0.1 / Net I/σ(I): 17.26 |
反射 シェル | 解像度: 1.71→1.81 Å / 冗長度: 13.5 % / Mean I/σ(I) obs: 1.16 / Num. unique obs: 5598 / CC1/2: 0.564 / Rrim(I) all: 2.382 / % possible all: 99.1 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法![]() ![]() 開始モデル: 2oqd 解像度: 1.71→28.63 Å / SU ML: 0.2138 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 24.1229 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 35.75 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.71→28.63 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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