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- PDB-7rj9: Crystal structure of the Vitronectin hemopexin-like domain bindin... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7rj9
タイトルCrystal structure of the Vitronectin hemopexin-like domain binding Calcium
要素Vitronectin
キーワードCELL ADHESION / Integrin ligand / homopexin-like domain / beta-propeller / serum protein / complement pathway inhibitor
機能・相同性
機能・相同性情報


smooth muscle cell-matrix adhesion / rough endoplasmic reticulum lumen / peptidase inhibitor complex / alphav-beta3 integrin-vitronectin complex / scavenger receptor activity / negative regulation of endopeptidase activity / protein complex involved in cell-matrix adhesion / negative regulation of blood coagulation / extracellular matrix binding / positive regulation of vascular endothelial growth factor receptor signaling pathway ...smooth muscle cell-matrix adhesion / rough endoplasmic reticulum lumen / peptidase inhibitor complex / alphav-beta3 integrin-vitronectin complex / scavenger receptor activity / negative regulation of endopeptidase activity / protein complex involved in cell-matrix adhesion / negative regulation of blood coagulation / extracellular matrix binding / positive regulation of vascular endothelial growth factor receptor signaling pathway / positive regulation of cell-substrate adhesion / Molecules associated with elastic fibres / extracellular matrix structural constituent / cell adhesion mediated by integrin / Syndecan interactions / polysaccharide binding / positive regulation of wound healing / positive regulation of smooth muscle cell migration / endodermal cell differentiation / oligodendrocyte differentiation / basement membrane / protein polymerization / ECM proteoglycans / Integrin cell surface interactions / negative regulation of fibrinolysis / regulation of cell adhesion / collagen binding / cell-matrix adhesion / extracellular matrix organization / Regulation of Complement cascade / liver regeneration / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / Golgi lumen / positive regulation of peptidyl-tyrosine phosphorylation / integrin binding / cell migration / positive regulation of protein binding / heparin binding / collagen-containing extracellular matrix / blood microparticle / cell adhesion / immune response / intracellular membrane-bounded organelle / endoplasmic reticulum / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
: / Somatomedin B domain, chordata / Somatomedin B -like domains / Somatomedin B domain / Somatomedin B-like domain superfamily / Somatomedin B domain / Somatomedin B domain (SMB) signature. / Somatomedin B (SMB) domain profile. / Hemopexin, conserved site / Hemopexin domain signature. ...: / Somatomedin B domain, chordata / Somatomedin B -like domains / Somatomedin B domain / Somatomedin B-like domain superfamily / Somatomedin B domain / Somatomedin B domain (SMB) signature. / Somatomedin B (SMB) domain profile. / Hemopexin, conserved site / Hemopexin domain signature. / Hemopexin-like domain / Hemopexin-like repeats / Hemopexin-like domain superfamily / Hemopexin / Hemopexin repeat profile. / Hemopexin-like repeats.
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Aleshin, A.E. / Marassi, F.M.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/Eunice Kennedy Shriver National Institute of Child Health & Human Development (NIH/NICHD) 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of the Vitronectin hemopexin-like domain binding Calcium
著者: Aleshin, A.E. / Marassi, F.M.
履歴
登録2021年7月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年7月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Vitronectin
B: Vitronectin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,1659
ポリマ－46,8722
非ポリマー2937
水6,197344
1
A: Vitronectin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,5354
ポリマ－23,4361
非ポリマー993
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Vitronectin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,6315
ポリマ－23,4361
非ポリマー1954
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)40.832, 125.575, 40.883
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 119.250, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: MET / Beg label comp-ID: MET / End auth comp-ID: PRO / End label comp-ID: PRO / Refine code: _ / Auth seq-ID: 153 - 473 / Label seq-ID: 1 - 203

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

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要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Vitronectin / VN / S-protein / Serum-spreading factor / V75


分子量: 23436.197 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP RESIDUES 154-285, 324-354, 435-474 / 変異: C180S, C215S, delta 286-323, delta 355-434 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: VTN / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P04004

-
非ポリマー , 5種, 351分子

#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 344 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 1.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.96 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 1 UL PROTEIN SOLUTION + 1 UL PRECIPITATE SOLUTION contaning 0.09 M IMIDAZOLE/MES, PH 6.5, 27 mM SODIUM NITRATE, 27 mM SODIUM PHOSPHATE, 27 mM AMMONIUM SULFATE, 11.25% V/V MPD, 11.25% W/V ...詳細: 1 UL PROTEIN SOLUTION + 1 UL PRECIPITATE SOLUTION contaning 0.09 M IMIDAZOLE/MES, PH 6.5, 27 mM SODIUM NITRATE, 27 mM SODIUM PHOSPHATE, 27 mM AMMONIUM SULFATE, 11.25% V/V MPD, 11.25% W/V PEG1000, 11.25% W/V PEG3350, 3% W/V D- (+)-TREHALOSE. Crystals were soaked with the well solution containing 100 mM CaCl2 and missing SODIUM PHOSPHATE, AMMONIUM SULFATE, and IMIDAZOLE/MES

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.97946 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年9月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97946 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→35.69 Å / Num. obs: 38571 / % possible obs: 97.9 % / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.061 / Net I/σ(I): 10.6
反射 シェル解像度: 1.7→1.73 Å / Rmerge(I) obs: 0.593 / Num. unique obs: 1742

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0257精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6O5E

6o5e


解像度: 1.7→35.69 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.964 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.945 / SU B: 2.513 / SU ML: 0.082 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.12 / ESU R Free: 0.115 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2102 2261 5.9 %RANDOM
Rwork0.1705 ---
obs0.173 36276 97.85 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 82.83 Å2 / Biso mean: 23.966 Å2 / Biso min: 9.97 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.3 Å20 Å2-0.36 Å2
2--0.49 Å20 Å2
3----0.23 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.7→35.69 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3138 0 11 344 3493
Biso mean--18.77 35.67 -
残基数----383
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0123334
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0172924
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5461.6534530
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.371.5866765
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.5985396
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg28.98220.849212
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.08615500
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.4371531
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0780.2386
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.023857
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02848
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 5476 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.13 Å / Weight position: 0.05

Dom-IDAuth asym-ID
1A
2B
LS精密化 シェル解像度: 1.7→1.744 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.266 176 -
Rwork0.265 2342 -
all-2518 -
obs--87.86 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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