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- PDB-7ris: Crystal structure of RPA3624, a beta-propeller lactonase from Rho... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7ris
タイトルCrystal structure of RPA3624, a beta-propeller lactonase from Rhodopseudomonas palustris, with active-site bound phosphate
要素Beta-propeller lactonase
キーワードHYDROLASE / gamma-valerolactone
機能・相同性gluconolactonase / gluconolactonase activity / Senescence marker protein-30 (SMP-30) / SMP-30/Gluconolactonase/LRE-like region / SMP-30/Gluconolactonase/LRE-like region / Six-bladed beta-propeller, TolB-like / metal ion binding / PHOSPHATE ION / Possible gluconolactonase
機能・相同性情報
生物種Rhodopseudomonas palustris (光合成細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.72 Å
データ登録者Bingman, C.A. / Hall, B.W. / Smith, R.W. / Fox, B.G. / Donohue, T.J.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
Department of Energy (DOE, United States)DE-SC0018409 米国
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2022
タイトル: A broad specificity beta-propeller enzyme from Rhodopseudomonas palustris that hydrolyzes many lactones including gamma-valerolactone.
著者: Hall, B.W. / Bingman, C.A. / Fox, B.G. / Noguera, D.R. / Donohue, T.J.
履歴
登録2021年7月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年1月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年1月18日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume
改定 1.22024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta-propeller lactonase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,0744
ポリマ－32,9161
非ポリマー1583
水2,054114
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)44.540, 44.540, 189.950
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
Space group name HallP322"
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x-y,z+2/3
#3: -x+y,-x,z+1/3
#4: x-y,-y,-z+1/3
#5: -x,-x+y,-z+2/3
#6: y,x,-z
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-554-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Beta-propeller lactonase / Possible gluconolactonase


分子量: 32915.547 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Rhodopseudomonas palustris (strain ATCC BAA-98 / CGA009) (光合成細菌)
株: ATCC BAA-98 / CGA009 / 遺伝子: RPA3624 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6N3R9, gluconolactonase
#2: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 114 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: Crystals were grown in a MRC SD2 microplate, set with a TTP Labtech Mosquito crystallization robot. In the crystallization experiment leading to the crystal used for data collection, 200 nL ...詳細: Crystals were grown in a MRC SD2 microplate, set with a TTP Labtech Mosquito crystallization robot. In the crystallization experiment leading to the crystal used for data collection, 200 nL of protein solution at 10.5 mg/mL was combined with 250 nL reservoir solution, composed of 20% PEG3350, 0.2M CaCl2, 0.1M bistris buffer pH 6.5. Crystals were cryopreserved by soaking in reservoir solution supplemented to 30% PEG3350 and immersion in liquid nitrogen

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 1.03329 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年11月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.03329 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.72→35.74 Å / Num. obs: 24269 / % possible obs: 99.62 % / 冗長度: 19.7 % / Biso Wilson estimate: 28 Å2 / CC1/2: 1 / CC star: 1 / Rmerge(I) obs: 0.08686 / Rpim(I) all: 0.02012 / Rrim(I) all: 0.08923 / Net I/σ(I): 20.07
反射 シェル解像度: 1.72→1.782 Å / 冗長度: 20.5 % / Rmerge(I) obs: 1.4783 / Mean I/σ(I) obs: 1.72 / Num. unique obs: 2381 / CC1/2: 0.916 / CC star: 0.978 / Rpim(I) all: 0.3297 / Rrim(I) all: 1.511 / % possible all: 99.29

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.72→35.74 Å / SU ML: 0.1509 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.7016
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2011 1995 8.25 %
Rwork0.1788 22196 -
obs0.1807 24191 99.6 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 38.13 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.72→35.74 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2174 0 7 114 2295
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0042245
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.70473054
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0488335
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0053406
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.3367824
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.72-1.760.33791380.27391542X-RAY DIFFRACTION99
1.76-1.810.29161340.24871516X-RAY DIFFRACTION99.22
1.81-1.860.26351420.2311565X-RAY DIFFRACTION99.59
1.86-1.920.21571400.20911571X-RAY DIFFRACTION99.65
1.92-1.990.22641370.19111528X-RAY DIFFRACTION99.11
1.99-2.070.24431390.18631551X-RAY DIFFRACTION99.47
2.07-2.170.2061430.18341559X-RAY DIFFRACTION99.59
2.17-2.280.24481400.181597X-RAY DIFFRACTION99.83
2.28-2.420.24541390.18491577X-RAY DIFFRACTION99.94
2.42-2.610.2341460.1921591X-RAY DIFFRACTION99.88
2.61-2.870.21371450.18611594X-RAY DIFFRACTION100
2.87-3.290.22031460.17331609X-RAY DIFFRACTION100
3.29-4.140.15661460.15641651X-RAY DIFFRACTION100
4.14-35.740.17091600.17111745X-RAY DIFFRACTION99.06
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.392995492710.0999151712096-1.337928934483.34025368461-1.039410911822.81262881267-0.0780041482368-0.2454538991660.08924515171740.03687632532110.0393980669626-0.3602786761310.07496629104170.32227200321-0.001279843505330.2632486155820.02470201600650.007211493372260.304819256404-0.01162583919650.31075846740523.71100717455.82455651485-17.7154143567
21.692033255970.643461702569-1.461476292361.88848584696-0.2900501375581.30459794213-0.03189716711780.09887441449450.155434534048-0.08774477707070.09342985591240.0980820355771-0.0715431507152-0.267795689755-1.53782185509E-50.2409549569870.0150829305082-0.001920489152970.2677231908240.0130242754550.2631613550357.1505359981710.4840665494-15.6239548322
30.195566200770.4045154212430.00538239051190.8369380140710.01101495396570.0002064878238810.062173396012-0.5689025969680.8238332359320.972107103588-0.2507743698030.722961136714-0.669068983786-0.584056599821-0.01235247684940.658242087251-0.005606169664140.003943750500550.8185970938860.04045449678720.680710946372-4.6889160754613.0157870817-19.6036205813
42.464972961360.543300896715-0.4033580734012.16352410354-0.0647740298821.63011306083-0.1864373259510.00196913991345-0.357690407247-0.07191717911820.0418117917537-0.04690775769760.563869878861-0.170835488834-1.41022438763E-50.406797583317-0.04197792534060.05311154944340.243468580350.008335358927770.283192397539.38011546787-6.67075729013-14.2554779144
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 4 through 124 )4 - 1241 - 112
22chain 'A' and (resid 125 through 197 )125 - 197113 - 185
33chain 'A' and (resid 198 through 216 )198 - 216186 - 200
44chain 'A' and (resid 217 through 309 )217 - 309201 - 293

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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