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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7ri0 | ||||||
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タイトル | Aspergillus fumigatus Enolase Bound to Phosphoenolpyruvate and 2-Phosphoglycerate | ||||||
要素 | Enolaseホスホピルビン酸ヒドラターゼ | ||||||
キーワード | LYASE (リアーゼ) / glycolysis (解糖系) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 ホスホピルビン酸ヒドラターゼ / phosphopyruvate hydratase complex / phosphopyruvate hydratase activity / IgE binding / glycolytic process / magnesium ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Neosartorya fumigata (アスペルギルス・フミガーツス) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å | ||||||
データ登録者 | Nguyen, S. / Bruning, J.B. | ||||||
引用 | ジャーナル: Proteins / 年: 2022 タイトル: A structural model of the human plasminogen and Aspergillus fumigatus enolase complex. 著者: Nguyen, S. / Jovcevski, B. / Truong, J.Q. / Pukala, T.L. / Bruning, J.B. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7ri0.cif.gz | 194.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7ri0.ent.gz | 147.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7ri0.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ri/7ri0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ri/7ri0 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 48537.484 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Neosartorya fumigata (strain ATCC MYA-4609 / Af293 / CBS 101355 / FGSC A1100) (アスペルギルス・フミガーツス) 株: ATCC MYA-4609 / Af293 / CBS 101355 / FGSC A1100 / 遺伝子: enoA, AFUA_6G06770 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: Q96X30, ホスホピルビン酸ヒドラターゼ #2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-2PG / | #4: 化合物 | ChemComp-PEP / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.26 % |
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結晶化 | 温度: 289.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 / 詳細: 21% PEG 3350, 0.05 M Bis-Tris |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX1 / 波長: 0.954 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2018年9月30日 | ||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.954 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.3→46.9 Å / Num. obs: 42138 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.2 % / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.109 / Rpim(I) all: 0.044 / Rrim(I) all: 0.118 / Net I/σ(I): 13.3 / Num. measured all: 302573 / Scaling rejects: 64 | ||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-位相決定
位相決定 | 手法: 分子置換 | ||||||
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Phasing MR | Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 7RHV 解像度: 2.3→42.497 Å / SU ML: 0.34 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.04 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 81.27 Å2 / Biso mean: 24.1257 Å2 / Biso min: 7.26 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.3→42.497 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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