ソフトウェア | 名称 | バージョン | 分類 |
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REFMAC | 5.8.0267精密化 | PDB_EXTRACT | 3.27 | データ抽出 | XDS | | データ削減 | SCALA | | データスケーリング | PHASER | | 位相決定 | |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 3u0l 解像度: 1.8→47.58 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.959 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.945 / SU B: 2.656 / SU ML: 0.081 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.12 / ESU R Free: 0.115 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
| Rfactor | 反射数 | %反射 | Selection details |
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Rfree | 0.2106 | 2366 | 5 % | RANDOM |
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Rwork | 0.1756 | - | - | - |
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obs | 0.1773 | 44943 | 99.81 % | - |
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK |
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原子変位パラメータ | Biso max: 71.22 Å2 / Biso mean: 22.209 Å2 / Biso min: 12.21 Å2
| Baniso -1 | Baniso -2 | Baniso -3 |
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1- | -1.26 Å2 | -0 Å2 | 0 Å2 |
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2- | - | -0.54 Å2 | -0 Å2 |
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3- | - | - | 1.8 Å2 |
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.8→47.58 Å
| タンパク質 | 核酸 | リガンド | 溶媒 | 全体 |
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原子数 | 3502 | 0 | 66 | 246 | 3814 |
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Biso mean | - | - | 42.65 | 31.96 | - |
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残基数 | - | - | - | - | 441 |
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拘束条件 | Refine-ID | タイプ | Dev ideal | Dev ideal target | 数 |
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X-RAY DIFFRACTION | r_bond_refined_d0.009 | 0.013 | 3898 | X-RAY DIFFRACTION | r_bond_other_d0.001 | 0.017 | 3658 | X-RAY DIFFRACTION | r_angle_refined_deg1.569 | 1.671 | 5283 | X-RAY DIFFRACTION | r_angle_other_deg1.326 | 1.583 | 8480 | X-RAY DIFFRACTION | r_dihedral_angle_1_deg7.103 | 5 | 498 | X-RAY DIFFRACTION | r_dihedral_angle_2_deg31.437 | 21.667 | 210 | X-RAY DIFFRACTION | r_dihedral_angle_3_deg13.857 | 15 | 670 | X-RAY DIFFRACTION | r_dihedral_angle_4_deg16.415 | 15 | 24 | X-RAY DIFFRACTION | r_chiral_restr0.071 | 0.2 | 475 | X-RAY DIFFRACTION | r_gen_planes_refined0.008 | 0.02 | 4486 | X-RAY DIFFRACTION | r_gen_planes_other0.002 | 0.02 | 890 | | | | | | | | | | | |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.8→1.844 Å / Rfactor Rfree error: 0
| Rfactor | 反射数 | %反射 |
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Rfree | 0.312 | 171 | - |
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Rwork | 0.31 | 3251 | - |
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obs | - | - | 98.87 % |
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