PDB-7rh4: Co-crystallization of human galectin-3 CRD complex with Methyl 2-...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7rh4

タイトル

Co-crystallization of human galectin-3 CRD complex with Methyl 2-O-(2-nitro-4-fluoro)-benzoyl-3-O-toluoyl-b-D-talopyranoside

要素

Galectin-3

キーワード

SUGAR BINDING PROTEIN / Carbohydrates-binding protein

機能・相同性

機能・相同性情報

negative regulation of protein tyrosine phosphatase activity / negative regulation of immunological synapse formation / disaccharide binding / negative regulation of T cell activation via T cell receptor contact with antigen bound to MHC molecule on antigen presenting cell / RUNX2 regulates genes involved in differentiation of myeloid cells / regulation of T cell apoptotic process / mononuclear cell migration / positive regulation of mononuclear cell migration / negative regulation of endocytosis / IgE binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.201 Å

データ登録者

Collins, P.M. / Kishor, C. / Blanchard, H.

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2022
タイトル: Novel Selective Galectin-3 Antagonists Are Cytotoxic to Acute Lymphoblastic Leukemia.
著者: Bum-Erdene, K. / Collins, P.M. / Hugo, M.W. / Tarighat, S.S. / Fei, F. / Kishor, C. / Leffler, H. / Nilsson, U.J. / Groffen, J. / Grice, I.D. / Heisterkamp, N. / Blanchard, H.

履歴

登録	2021年7月16日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2022年7月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月18日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7rh4.cif.gz	54.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7rh4.ent.gz	34 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7rh4.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7rh4_validation.pdf.gz	759 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7rh4_full_validation.pdf.gz	759.1 KB	表示
XML形式データ	7rh4_validation.xml.gz	10.3 KB	表示
CIF形式データ	7rh4_validation.cif.gz	15.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rh/7rh4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rh/7rh4	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7rgxC 7rgyC 7rgzC 7rh0C 7rh1C 7rh3C 2nmoS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#79 - 2006年7月アミロイドβ前駆体タンパク質 (Amyloid-beta Precursor Protein) 類似性 (1) #189 - 2015年9月アミロイド (Amyloids) 類似性 (1) #122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (1) #186 - 2015年6月終末糖化産物受容体 (Receptor for Advanced Glycation End Products) 類似性 (1) #266 - 2022年2月オリゴ糖転移酵素 (Oligosaccharyltransferase) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#79 - 2006年7月
アミロイドβ前駆体タンパク質 (Amyloid-beta Precursor Protein)
類似性 (1)
#189 - 2015年9月
アミロイド (Amyloids)
類似性 (1)
#122 - 2010年2月
エンハンセオソーム (Enhanceosome)
類似性 (1)
#186 - 2015年6月
終末糖化産物受容体 (Receptor for Advanced Glycation End Products)
類似性 (1)
#266 - 2022年2月
オリゴ糖転移酵素 (Oligosaccharyltransferase)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Galectin-3

ヘテロ分子

16.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	35.933, 57.929, 62.067
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Galectin-3 / Gal-3 / 35 kDa lectin / Carbohydrate-binding protein 35 / CBP 35 / Galactose-specific lectin 3 / ...Gal-3 / 35 kDa lectin / Carbohydrate-binding protein 35 / CBP 35 / Galactose-specific lectin 3 / Galactoside-binding protein / GALBP / IgE-binding protein / L-31 / Laminin-binding protein / Lectin L-29 / Mac-2 antigen 分子量: 15735.129 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: LGALS3, MAC2 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P17931
#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物	ChemComp-5A4 / methyl 2-O-(4-fluoro-2-nitrobenzoyl)-3-O-(4-methylbenzoyl)-beta-D-talopyranoside 分子量: 479.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₂H₂₂FNO₁₀ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 219 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.05 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.08 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 31% PEG 6000, 100mM MgCl2, 8mM beta mercaptoethanol, 100mM Tris-HCL, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K PH範囲: 7

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX1 / 波長: 0.953 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2013年10月15日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.953 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.2→42.35 Å / Num. obs: 38453 / % possible obs: 93.2 % / 冗長度: 7 % / R_merge(I) obs: 0.053 / Net I/σ(I): 18.4
反射シェル	解像度: 1.2→1.22 Å / R_merge(I) obs: 0.652 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique obs: 952

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2NMO

2nmo

解像度: 1.201→42.349 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.975 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.974 / SU B: 0.65 / SU ML: 0.028 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.041 / ESU R Free: 0.041 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1642	1856	4.834 %
R_work	0.1538	36542	-
all	0.154	-	-
obs	-	38398	93.251 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 11.799 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.156 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.122 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.034 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.201→42.349 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1109	0	35	219	1363

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.018	0.013	1246
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	1198
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.017	1.637	1700
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.437	1.609	2752
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.877	5	152
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	30.652	21.549	71
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	10.856	15	214
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.701	15	11
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.104	0.2	159
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr_other	0.02	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.011	0.02	1525
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	310
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.215	0.2	177
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.18	0.2	1097
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.176	0.2	576
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.081	0.2	676
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.226	0.2	120
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.063	0.2	7
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.177	0.2	36
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.364	0.2	34
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.933	0.941	590
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.926	0.939	589
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.326	1.414	748
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.328	1.415	749
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.016	1.194	656
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.003	1.191	653
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.989	1.717	952
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.985	1.717	952
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	4.755	13.308	1324
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	4.753	13.317	1325

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.201-1.232	0.317	75	0.278	1599	0.279	2996	0.776	0.834	55.8745	0.26
1.232-1.266	0.255	105	0.251	2008	0.251	2927	0.868	0.862	72.19	0.229
1.266-1.302	0.24	135	0.228	2244	0.229	2827	0.902	0.902	84.1528	0.2
1.302-1.342	0.248	141	0.225	2460	0.226	2761	0.89	0.911	94.205	0.193
1.342-1.386	0.231	120	0.201	2570	0.203	2700	0.933	0.934	99.6296	0.167
1.386-1.435	0.199	113	0.184	2486	0.185	2600	0.941	0.951	99.9615	0.148
1.435-1.489	0.182	105	0.163	2409	0.163	2516	0.954	0.96	99.9205	0.131
1.489-1.55	0.158	134	0.157	2280	0.157	2418	0.966	0.965	99.8346	0.127
1.55-1.619	0.171	106	0.15	2215	0.151	2325	0.964	0.967	99.828	0.124
1.619-1.698	0.179	105	0.136	2116	0.138	2221	0.963	0.969	100	0.113
1.698-1.789	0.143	118	0.145	2008	0.145	2127	0.971	0.968	99.953	0.123
1.789-1.898	0.169	105	0.134	1911	0.136	2016	0.971	0.976	100	0.117
1.898-2.028	0.145	91	0.135	1805	0.136	1896	0.976	0.977	100	0.123
2.028-2.19	0.156	90	0.137	1677	0.138	1767	0.975	0.978	100	0.126
2.19-2.399	0.146	92	0.127	1567	0.128	1659	0.982	0.983	100	0.118
2.399-2.681	0.13	58	0.13	1426	0.13	1485	0.98	0.98	99.9327	0.125
2.681-3.093	0.137	58	0.134	1285	0.134	1343	0.976	0.977	100	0.131
3.093-3.784	0.128	42	0.135	1095	0.135	1137	0.982	0.978	100	0.141
3.784-5.33	0.128	42	0.14	863	0.14	909	0.986	0.984	99.56	0.154
5.33-42.349	0.317	21	0.255	518	0.257	547	0.929	0.965	98.5375	0.267

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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