PDB-7rh3: Co-crystallization of human galectin-3 CRD complex with Methyl 2-...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7rh3

タイトル

Co-crystallization of human galectin-3 CRD complex with Methyl 2-O-(2-nitro-4-chloro)-benzoyl-3-O-toluoyl-b-D-talopyranoside

要素

Galectin-3

キーワード

SUGAR BINDING PROTEIN / Carbohydrates-binding protein

機能・相同性

機能・相同性情報

negative regulation of protein tyrosine phosphatase activity / negative regulation of immunological synapse formation / disaccharide binding / negative regulation of T cell activation via T cell receptor contact with antigen bound to MHC molecule on antigen presenting cell / RUNX2 regulates genes involved in differentiation of myeloid cells / regulation of T cell apoptotic process / mononuclear cell migration / positive regulation of mononuclear cell migration / negative regulation of endocytosis / IgE binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.05 Å

データ登録者

Collins, P.M. / Kishor, C. / Blanchard, H.

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2022
タイトル: Novel Selective Galectin-3 Antagonists Are Cytotoxic to Acute Lymphoblastic Leukemia.
著者: Bum-Erdene, K. / Collins, P.M. / Hugo, M.W. / Tarighat, S.S. / Fei, F. / Kishor, C. / Leffler, H. / Nilsson, U.J. / Groffen, J. / Grice, I.D. / Heisterkamp, N. / Blanchard, H.

履歴

登録	2021年7月16日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2022年7月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月18日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7rh3.cif.gz	53.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7rh3.ent.gz	33.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7rh3.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7rh3_validation.pdf.gz	804.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7rh3_full_validation.pdf.gz	805.4 KB	表示
XML形式データ	7rh3_validation.xml.gz	10.3 KB	表示
CIF形式データ	7rh3_validation.cif.gz	14.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rh/7rh3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rh/7rh3	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7rgxC 7rgyC 7rgzC 7rh0C 7rh1C 7rh4C 2nmoS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#79 - 2006年7月アミロイドβ前駆体タンパク質 (Amyloid-beta Precursor Protein) 類似性 (1) #189 - 2015年9月アミロイド (Amyloids) 類似性 (1) #122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (1) #186 - 2015年6月終末糖化産物受容体 (Receptor for Advanced Glycation End Products) 類似性 (1) #266 - 2022年2月オリゴ糖転移酵素 (Oligosaccharyltransferase) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#79 - 2006年7月
アミロイドβ前駆体タンパク質 (Amyloid-beta Precursor Protein)
類似性 (1)
#189 - 2015年9月
アミロイド (Amyloids)
類似性 (1)
#122 - 2010年2月
エンハンセオソーム (Enhanceosome)
類似性 (1)
#186 - 2015年6月
終末糖化産物受容体 (Receptor for Advanced Glycation End Products)
類似性 (1)
#266 - 2022年2月
オリゴ糖転移酵素 (Oligosaccharyltransferase)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Galectin-3

ヘテロ分子

16.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	36.201, 57.814, 62.098
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Galectin-3 / Gal-3 / 35 kDa lectin / Carbohydrate-binding protein 35 / CBP 35 / Galactose-specific lectin 3 / ...Gal-3 / 35 kDa lectin / Carbohydrate-binding protein 35 / CBP 35 / Galactose-specific lectin 3 / Galactoside-binding protein / GALBP / IgE-binding protein / L-31 / Laminin-binding protein / Lectin L-29 / Mac-2 antigen 分子量: 15735.129 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: LGALS3, MAC2 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P17931
#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物	ChemComp-59O / methyl 2-O-(4-chloro-2-nitrobenzoyl)-3-O-(4-methylbenzoyl)-beta-D-talopyranoside 分子量: 495.864 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₂H₂₂ClNO₁₀ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 205 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.06 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.43 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 100 mM Tris-HCl, pH 7.0, 100 mM MgCl2, 31-35 % w/v polyethylene glycol 6000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX1 / 波長: 0.9537 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年10月15日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.05→31.27 Å / Num. obs: 61577 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.6 % / R_merge(I) obs: 0.043 / Net I/σ(I): 24.1
反射シェル	解像度: 1.05→1.07 Å / R_merge(I) obs: 0.346 / Mean I/σ(I) obs: 3.9 / Num. unique obs: 2975

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2NMO

2nmo

解像度: 1.05→30.701 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.972 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.966 / SU B: 0.361 / SU ML: 0.019 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.028 / ESU R Free: 0.029 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1733	3070	4.991 %
R_work	0.1566	58435	-
all	0.157	-	-
obs	-	61505	99.904 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 8.985 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.114 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.133 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0.019 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.05→30.701 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1109	0	35	205	1349

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.018	0.013	1265
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	1207
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.981	1.637	1730
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.485	1.609	2776
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.65	5	156
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	30.201	21.781	73
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	10.109	15	217
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	13.209	15	11
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.11	0.2	161
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr_other	0.014	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.011	0.02	1562
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	312
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.247	0.2	183
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.179	0.2	1085
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.177	0.2	565
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.085	0.2	648
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.224	0.2	116
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.156	0.2	8
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.188	0.2	38
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.298	0.2	31
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.131	0.695	600
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.131	0.693	599
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.781	1.048	764
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.781	1.049	765
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.667	0.915	665
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.664	0.913	662
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.476	1.306	966
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.474	1.305	966
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	4.477	10.08	1334
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	4.476	10.085	1335

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.05-1.077	0.262	260	0.241	4181	X-RAY DIFFRACTION	99.3957
1.077-1.107	0.235	231	0.198	4167	X-RAY DIFFRACTION	100
1.107-1.139	0.185	236	0.18	4024	X-RAY DIFFRACTION	100
1.139-1.174	0.182	197	0.168	3958	X-RAY DIFFRACTION	100
1.174-1.212	0.204	179	0.165	3831	X-RAY DIFFRACTION	100
1.212-1.255	0.16	178	0.156	3706	X-RAY DIFFRACTION	100
1.255-1.302	0.172	165	0.157	3598	X-RAY DIFFRACTION	100
1.302-1.355	0.19	168	0.158	3441	X-RAY DIFFRACTION	100
1.355-1.415	0.177	191	0.155	3307	X-RAY DIFFRACTION	100
1.415-1.484	0.158	195	0.146	3137	X-RAY DIFFRACTION	100
1.484-1.565	0.144	165	0.142	3032	X-RAY DIFFRACTION	100
1.565-1.659	0.139	163	0.137	2823	X-RAY DIFFRACTION	99.9665
1.659-1.774	0.177	126	0.147	2723	X-RAY DIFFRACTION	100
1.774-1.916	0.153	125	0.142	2524	X-RAY DIFFRACTION	100
1.916-2.098	0.148	131	0.141	2312	X-RAY DIFFRACTION	100
2.098-2.345	0.146	109	0.139	2116	X-RAY DIFFRACTION	100
2.345-2.706	0.166	92	0.15	1899	X-RAY DIFFRACTION	100
2.706-3.311	0.157	67	0.15	1634	X-RAY DIFFRACTION	99.9412
3.311-4.669	0.178	59	0.148	1273	X-RAY DIFFRACTION	99.4772

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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