PDB-7rh0: Crystal structure of human galectin-3 CRD in complex with Methyl ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7rh0

タイトル

Crystal structure of human galectin-3 CRD in complex with Methyl 2-O-(2-nitro-4-trifluoromethyl-benzoyl)-3-O-toluoyl-b-D-talopyranoside

要素

Galectin-3

キーワード

SUGAR BINDING PROTEIN / Carbohydrates-binding protein

機能・相同性

機能・相同性情報

negative regulation of protein tyrosine phosphatase activity / negative regulation of immunological synapse formation / disaccharide binding / negative regulation of T cell activation via T cell receptor contact with antigen bound to MHC molecule on antigen presenting cell / RUNX2 regulates genes involved in differentiation of myeloid cells / regulation of T cell apoptotic process / mononuclear cell migration / IgE binding / negative regulation of endocytosis / positive regulation of mononuclear cell migration ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.487 Å

データ登録者

Collins, P.M. / Kishor, C. / Blanchard, H.

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2022
タイトル: Novel Selective Galectin-3 Antagonists Are Cytotoxic to Acute Lymphoblastic Leukemia.
著者: Bum-Erdene, K. / Collins, P.M. / Hugo, M.W. / Tarighat, S.S. / Fei, F. / Kishor, C. / Leffler, H. / Nilsson, U.J. / Groffen, J. / Grice, I.D. / Heisterkamp, N. / Blanchard, H.

履歴

登録	2021年7月16日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2022年7月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月18日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7rh0.cif.gz	51.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7rh0.ent.gz	32.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7rh0.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7rh0_validation.pdf.gz	769 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7rh0_full_validation.pdf.gz	769 KB	表示
XML形式データ	7rh0_validation.xml.gz	9.3 KB	表示
CIF形式データ	7rh0_validation.cif.gz	13.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rh/7rh0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rh/7rh0	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7rgxC 7rgyC 7rgzC 7rh1C 7rh3C 7rh4C 2nmoS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#79 - 2006年7月アミロイドβ前駆体タンパク質 (Amyloid-beta Precursor Protein) 類似性 (1) #189 - 2015年9月アミロイド (Amyloids) 類似性 (1) #122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (1) #186 - 2015年6月終末糖化産物受容体 (Receptor for Advanced Glycation End Products) 類似性 (1) #266 - 2022年2月オリゴ糖転移酵素 (Oligosaccharyltransferase) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#79 - 2006年7月
アミロイドβ前駆体タンパク質 (Amyloid-beta Precursor Protein)
類似性 (1)
#189 - 2015年9月
アミロイド (Amyloids)
類似性 (1)
#122 - 2010年2月
エンハンセオソーム (Enhanceosome)
類似性 (1)
#186 - 2015年6月
終末糖化産物受容体 (Receptor for Advanced Glycation End Products)
類似性 (1)
#266 - 2022年2月
オリゴ糖転移酵素 (Oligosaccharyltransferase)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Galectin-3

ヘテロ分子

16.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	36.191, 57.769, 62.533
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Galectin-3 / Gal-3 / 35 kDa lectin / Carbohydrate-binding protein 35 / CBP 35 / Galactose-specific lectin 3 / ...Gal-3 / 35 kDa lectin / Carbohydrate-binding protein 35 / CBP 35 / Galactose-specific lectin 3 / Galactoside-binding protein / GALBP / IgE-binding protein / L-31 / Laminin-binding protein / Lectin L-29 / Mac-2 antigen 分子量: 15735.129 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: LGALS3, MAC2 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P17931
#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物	ChemComp-5BI / methyl 3-O-(4-methylbenzoyl)-2-O-[2-nitro-4-(trifluoromethyl)benzoyl]-beta-D-talopyranoside 分子量: 529.417 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₃H₂₂F₃NO₁₀ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 168 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.08 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.79 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 31% PEG 6000, 100mM MgCl2, 8mM beta mercaptoethanol, 100mM Tris-HCL, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH3R / 波長: 1.5418 Å
検出器	タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2016年3月9日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.487→42.433 Å / Num. obs: 19606 / % possible obs: 88.3 % / 冗長度: 5.6 % / R_merge(I) obs: 0.055 / Net I/σ(I): 15
反射シェル	解像度: 1.49→1.51 Å / R_merge(I) obs: 0.26 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique obs: 184

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2NMO

2nmo

解像度: 1.487→42.433 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.963 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.939 / SU B: 2.056 / SU ML: 0.073 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.095 / ESU R Free: 0.101 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2375	988	5.064 %
R_work	0.188	18522	-
all	0.19	-	-
obs	-	19510	87.899 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 17.809 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.002 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.002 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.487→42.433 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1109	0	39	168	1316

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.013	1213
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	1159
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.702	1.638	1655
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.343	1.609	2656
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.691	5	145
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	30.154	22	70
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.52	15	203
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	11.854	15	10
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.081	0.2	155
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr_other	0.021	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	1483
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	302
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.21	0.2	166
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.188	0.2	1008
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.166	0.2	562
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.08	0.2	570
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.127	0.2	87
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.279	0.2	5
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.196	0.2	35
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.221	0.2	13
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.326	1.636	571
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.316	1.635	570
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.857	2.454	719
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.856	2.456	720
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.011	1.904	642
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.955	1.889	636
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.974	2.785	936
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.984	2.771	930
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	4.53	20.472	1248
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	4.528	20.491	1249

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.487-1.526	0.294	16	0.29	327	X-RAY DIFFRACTION	21.2384
1.526-1.568	0.36	53	0.286	771	X-RAY DIFFRACTION	51.9546
1.568-1.613	0.259	58	0.279	1104	X-RAY DIFFRACTION	77.7258
1.613-1.663	0.247	58	0.235	1311	X-RAY DIFFRACTION	90.8427
1.663-1.717	0.271	73	0.214	1328	X-RAY DIFFRACTION	97.7669
1.717-1.777	0.214	67	0.193	1308	X-RAY DIFFRACTION	98.7787
1.777-1.844	0.322	69	0.205	1280	X-RAY DIFFRACTION	99.2642
1.844-1.919	0.255	65	0.226	1203	X-RAY DIFFRACTION	97.4635
1.919-2.005	0.274	60	0.208	1179	X-RAY DIFFRACTION	98.3333
2.005-2.102	0.242	57	0.184	1126	X-RAY DIFFRACTION	99.0787
2.102-2.216	0.207	44	0.18	1058	X-RAY DIFFRACTION	98.13
2.216-2.35	0.265	59	0.189	1029	X-RAY DIFFRACTION	99.0893
2.35-2.511	0.241	67	0.179	966	X-RAY DIFFRACTION	99.6143
2.511-2.712	0.282	53	0.184	894	X-RAY DIFFRACTION	99.8945
2.712-2.969	0.31	39	0.195	853	X-RAY DIFFRACTION	99.7763
2.969-3.318	0.226	48	0.17	758	X-RAY DIFFRACTION	99.8761
3.318-3.827	0.185	36	0.164	684	X-RAY DIFFRACTION	99.8613
3.827-4.678	0.169	28	0.145	591	X-RAY DIFFRACTION	99.8387
4.678-6.575	0.198	34	0.174	466	X-RAY DIFFRACTION	99.8004
6.575-42.433	0.263	4	0.221	287	X-RAY DIFFRACTION	95.7237

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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