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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7rf5 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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タイトル | RT XFEL structure of Photosystem II 150 microseconds after the second illumination at 2.23 Angstrom resolution | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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![]() | PHOTOSYNTHESIS / Membrane protein | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
機能・相同性 | ![]() photosystem II assembly / photosystem II oxygen evolving complex / oxygen evolving activity / photosystem II stabilization / photosystem II / photosystem II reaction center / oxidoreductase activity, acting on diphenols and related substances as donors, oxygen as acceptor / photosynthetic electron transport chain / response to herbicide / photosystem II ...photosystem II assembly / photosystem II oxygen evolving complex / oxygen evolving activity / photosystem II stabilization / photosystem II / photosystem II reaction center / oxidoreductase activity, acting on diphenols and related substances as donors, oxygen as acceptor / photosynthetic electron transport chain / response to herbicide / photosystem II / extrinsic component of membrane / plasma membrane-derived thylakoid membrane / chlorophyll binding / photosynthesis, light reaction / electron transporter, transferring electrons within the cyclic electron transport pathway of photosynthesis activity / phosphate ion binding / photosynthetic electron transport in photosystem II / photosynthesis / respiratory electron transport chain / manganese ion binding / electron transfer activity / protein stabilization / iron ion binding / heme binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
![]() | Hussein, R. / Ibrahim, M. / Bhowmick, A. / Simon, P.S. / Chatterjee, R. / Lassalle, L. / Doyle, M.D. / Bogacz, I. / Kim, I.-S. / Cheah, M.H. ...Hussein, R. / Ibrahim, M. / Bhowmick, A. / Simon, P.S. / Chatterjee, R. / Lassalle, L. / Doyle, M.D. / Bogacz, I. / Kim, I.-S. / Cheah, M.H. / Gul, S. / de Lichtenberg, C. / Chernev, P. / Pham, C.C. / Young, I.D. / Carbajo, S. / Fuller, F.D. / Alonso-Mori, R. / Batyuk, A. / Sutherlin, K.D. / Brewster, A.S. / Bolotovski, R. / Mendez, D. / Holton, J.M. / Moriarty, N.W. / Adams, P.D. / Bergmann, U. / Sauter, N.K. / Dobbek, H. / Messinger, J. / Zouni, A. / Kern, J. / Yachandra, V.K. / Yano, J. | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
資金援助 | ![]() ![]() ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structural dynamics in the water and proton channels of photosystem II during the S 2 to S 3 transition. 著者: Hussein, R. / Ibrahim, M. / Bhowmick, A. / Simon, P.S. / Chatterjee, R. / Lassalle, L. / Doyle, M. / Bogacz, I. / Kim, I.S. / Cheah, M.H. / Gul, S. / de Lichtenberg, C. / Chernev, P. / Pham, ...著者: Hussein, R. / Ibrahim, M. / Bhowmick, A. / Simon, P.S. / Chatterjee, R. / Lassalle, L. / Doyle, M. / Bogacz, I. / Kim, I.S. / Cheah, M.H. / Gul, S. / de Lichtenberg, C. / Chernev, P. / Pham, C.C. / Young, I.D. / Carbajo, S. / Fuller, F.D. / Alonso-Mori, R. / Batyuk, A. / Sutherlin, K.D. / Brewster, A.S. / Bolotovsky, R. / Mendez, D. / Holton, J.M. / Moriarty, N.W. / Adams, P.D. / Bergmann, U. / Sauter, N.K. / Dobbek, H. / Messinger, J. / Zouni, A. / Kern, J. / Yachandra, V.K. / Yano, J. | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 38 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 38.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 269.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 341.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
-Photosystem II ... , 17種, 34分子 AaBbCcDdHhIiJjKkLlMmOoRrTtUuXx...
#1: タンパク質 | 分子量: 38265.625 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: BP-1 / 参照: UniProt: P0A444, photosystem II #2: タンパク質 | 分子量: 56656.457 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: BP-1 / 参照: UniProt: Q8DIQ1 #3: タンパク質 | 分子量: 50287.500 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: BP-1 / 参照: UniProt: Q8DIF8 #4: タンパク質 | 分子量: 39388.156 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: BP-1 / 参照: UniProt: Q8CM25, photosystem II #7: タンパク質 | 分子量: 7358.754 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: BP-1 / 参照: UniProt: Q8DJ43 #8: タンパク質・ペプチド | 分子量: 4438.255 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: BP-1 / 参照: UniProt: Q8DJZ6 #9: タンパク質・ペプチド | 分子量: 4105.908 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: BP-1 / 参照: UniProt: P59087 #10: タンパク質・ペプチド | 分子量: 5028.083 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: BP-1 / 参照: UniProt: Q9F1K9 #11: タンパク質・ペプチド | 分子量: 4299.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: BP-1 / 参照: UniProt: Q8DIN8 #12: タンパク質・ペプチド | 分子量: 4009.682 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: BP-1 / 参照: UniProt: Q8DHA7 #13: タンパク質 | 分子量: 29637.443 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: BP-1 / 参照: UniProt: P0A431 #14: タンパク質・ペプチド | 分子量: 4590.648 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: BP-1 / 参照: UniProt: Q8DKM3 #15: タンパク質・ペプチド | 分子量: 3906.738 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: BP-1 / 参照: UniProt: Q8DIQ0 #16: タンパク質 | 分子量: 15030.986 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: BP-1 / 参照: UniProt: Q9F1L5 #18: タンパク質・ペプチド | 分子量: 4322.226 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: BP-1 / 参照: UniProt: Q9F1R6 #19: タンパク質・ペプチド | 分子量: 5039.143 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: BP-1 / 参照: UniProt: Q8DJI1 #20: タンパク質 | 分子量: 6766.187 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: BP-1 / 参照: UniProt: Q8DHJ2 |
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-Cytochrome b559 subunit ... , 2種, 4分子 EeFf
#5: タンパク質 | 分子量: 9580.840 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: BP-1 / 参照: UniProt: Q8DIP0 #6: タンパク質・ペプチド | 分子量: 5067.900 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: BP-1 / 参照: UniProt: Q8DIN9 |
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-タンパク質 / 糖 , 2種, 11分子 Vv![](data/chem/img/DGD.gif)
![](data/chem/img/DGD.gif)
#17: タンパク質 | 分子量: 18046.943 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: BP-1 / 参照: UniProt: P0A386 #31: 糖 | ChemComp-DGD / |
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-非ポリマー , 16種, 1607分子 ![](data/chem/img/OEY.gif)
![](data/chem/img/OEX.gif)
![](data/chem/img/FE2.gif)
![](data/chem/img/CLA.gif)
![](data/chem/img/PHO.gif)
![](data/chem/img/BCR.gif)
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![](data/chem/img/SQD.gif)
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![](data/chem/img/STE.gif)
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![](data/chem/img/BCT.gif)
![](data/chem/img/HEM.gif)
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![](data/chem/img/HOH.gif)
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![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/PL9.gif)
![](data/chem/img/SQD.gif)
![](data/chem/img/LHG.gif)
![](data/chem/img/STE.gif)
![](data/chem/img/LMG.gif)
![](data/chem/img/BCT.gif)
![](data/chem/img/HEM.gif)
![](data/chem/img/HEC.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#21: 化合物 | #22: 化合物 | #23: 化合物 | #24: 化合物 | ChemComp-CLA / #25: 化合物 | ChemComp-PHO / #26: 化合物 | ChemComp-BCR / #27: 化合物 | ChemComp-CL / #28: 化合物 | ChemComp-PL9 / #29: 化合物 | ChemComp-SQD / #30: 化合物 | ChemComp-LHG / #32: 化合物 | ChemComp-STE / #33: 化合物 | ChemComp-LMG / #34: 化合物 | #35: 化合物 | #36: 化合物 | #37: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.19 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: batch mode / pH: 6.5 / 詳細: 0.1 M MES pH 6.5, 0.1 M NH4Cl, 35% (w/v) PEG 5000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 298 K / Serial crystal experiment: Y |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: RAYONIX MX340-HS / 検出器: CCD / 日付: 2018年11月27日 / Frequency: 20 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.30219 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.23→33.7 Å / Num. obs: 386505 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 48.1 % / Biso Wilson estimate: 39.13 Å2 / CC1/2: 0.965 / Net I/σ(I): 8 |
反射 シェル | 解像度: 2.23→2.27 Å / Mean I/σ(I) obs: 0.5 / Num. unique obs: 18749 / CC1/2: 0.056 / % possible all: 97.52 |
Serial crystallography measurement | Collimation: Compound Refractive Lenses / Focal spot size: 3 µm2 / Pulse duration: 40 fsec. / Pulse energy: 3 µJ / Pulse photon energy: 9520 keV / XFEL pulse repetition rate: 20 Hz |
Serial crystallography sample delivery | 解説: Drop-on-Tape / 手法: injection |
Serial crystallography sample delivery injection | 解説: Acoustic Droplet Ejection / Flow rate: 4 µL/min / Power by: Acoustic Wave |
Serial crystallography data reduction | Lattices indexed: 6195 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 6DHE 解像度: 2.23→33.7 Å / SU ML: 0.3445 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 25.7858 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 45.97 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.23→33.7 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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