+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7rez | |||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | MYCOBACTERIUM ABSCESSUS TRNA METHYLTRANSFERASE IN COMPLEX WITH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE | |||||||||||||||
![]() | tRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase | |||||||||||||||
![]() | TRANSFERASE / Methyltransferase / Mycobacterium Abscessus / S-Adenosyl-L-homocysteine | |||||||||||||||
機能・相同性 | ![]() tRNA N1-guanine methylation / tRNA (guanine37-N1)-methyltransferase / tRNA (guanine(37)-N1)-methyltransferase activity / metal ion binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||
![]() | Prucha, G.R. / Ismail, M. / Suske, A. / Das, B. / Oz, M. / Perez, A. / Bolen, R. / Jayaraman, S. / Stojanoff, V. / Halloran, J. | |||||||||||||||
資金援助 | ![]()
| |||||||||||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of divalent Mg+2 dependent Mycobacterium abscessus tRNA (m1 G37) Methyltransferase (TrmD) 著者: Prucha, G.R. / Ismail, M. / Suske, A. / Perez, A. / Bolen, R. / Jayaraman, S. / Stojanoff, V. / Halloran, J. | |||||||||||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 130.2 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 81.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.3 MB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | ![]() | 1.3 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 22.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 32.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 7rf0C ![]() 6nvrS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
---|---|
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| ||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||||
単位格子 |
|
-
要素
#1: タンパク質 | 分子量: 25465.725 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: trmD, SAMEA2161603_03547, SAMEA2275821_02238, SAMEA2275847_06627 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: A0A1M9INC4, tRNA (guanine37-N1)-methyltransferase #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|
-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.64 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.47 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: Protein at 24mg/ml was incubated with 10mM SAH in DMSO in a 1 to 1 ratio; Buffer 2 M ammonium sulfate, 0.1 M sodium cacodylate pH 6.5. Drops were formed 1 to 1 ratio and crystals cryo ...詳細: Protein at 24mg/ml was incubated with 10mM SAH in DMSO in a 1 to 1 ratio; Buffer 2 M ammonium sulfate, 0.1 M sodium cacodylate pH 6.5. Drops were formed 1 to 1 ratio and crystals cryo protected by adding 1 microliter of 50 percent Glycerol |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年11月25日 |
放射 | モノクロメーター: M / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9794 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.64→29.22 Å / Num. obs: 63130 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 13.1 % / Biso Wilson estimate: 25.4 Å2 / CC1/2: 1 / Net I/σ(I): 0.699 |
反射 シェル | 解像度: 1.64→1.681 Å / Num. unique obs: 4406 / CC1/2: 0.87 / % possible all: 95.5 |
-
解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 6NVR 解像度: 1.64→29.21 Å / SU ML: 0.1913 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 21.1937 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 29.26 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.64→29.21 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル |
|