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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7rey | |||||||||||||||
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タイトル | MYCOBACTERIUM ABSCESSUS TRNA METHYLTRANSFERASE IN APO FORM | |||||||||||||||
要素 | tRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase | |||||||||||||||
キーワード | TRANSFERASE / METHYLTRANSFERASE / MYCOBACTERIUM ABSCESSUS | |||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 tRNA N1-guanine methylation / tRNA (guanine37-N1)-methyltransferase / tRNA (guanine(37)-N1)-methyltransferase activity / metal ion binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||
生物種 | Mycobacteroides abscessus (バクテリア) | |||||||||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.87 Å | |||||||||||||||
データ登録者 | Prucha, G.R. / Ismail, M. / Suske, A. / Das, B. / Oz, M. / Perez, A. / Bolen, R. / Jayaraman, S. / Stojanoff, V. / Halloran, J. | |||||||||||||||
資金援助 | 米国, 4件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Crystal structure of divalent Mg2+ dependent Mycobacterium abscessus tRNA (m1 G37) Methyltransferase (TrmD) 著者: Prucha, G.R. / Ismail, M. / Suske, A. / Perez, A. / Bolen, R. / Jayaraman, S. / Stojanoff, V. / Halloran, J. | |||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7rey.cif.gz | 110.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7rey.ent.gz | 81.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7rey.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7rey_validation.pdf.gz | 445.2 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7rey_full_validation.pdf.gz | 457.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | 7rey_validation.xml.gz | 24.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7rey_validation.cif.gz | 36.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/re/7rey ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/re/7rey | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 6nvrS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 25465.725 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Mycobacteroides abscessus (バクテリア) 遺伝子: trmD, SAMEA2161603_03547, SAMEA2275821_02238, SAMEA2275847_06627 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: A0A1M9INC4, tRNA (guanine37-N1)-methyltransferase #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.69 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.21 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 2ul protein at concentration 24mg/ml, and 2ul buffer (0.1 M sodium cacodylate, 2 M ammonium sulfate pH 6.5), 1uL 50% Glycerol |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 17-ID-1 / 波長: 0.92 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年11月2日 |
放射 | モノクロメーター: M / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.92 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.87→29.26 Å / Num. obs: 42678 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(F): 0.054 / Observed criterion σ(I): 0.656 / 冗長度: 6.6 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.062 / Net I/σ(I): 16 |
反射 シェル | 解像度: 1.87→1.91 Å / 冗長度: 5.8 % / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / Num. unique obs: 2711 / CC1/2: 0.612 / % possible all: 86.7 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 6NVR 解像度: 1.87→29.26 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.969 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.942 / SU B: 3.396 / SU ML: 0.098 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.129 / ESU R Free: 0.132 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 37.328 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 1.87→29.26 Å
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拘束条件 |
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