PDB-7rdo: Crystal structure of human galectin-3 CRD in complex with diselen...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7rdo

タイトル

Crystal structure of human galectin-3 CRD in complex with diselenodigalactoside

要素

Galectin-3

キーワード

SUGAR BINDING PROTEIN / Galectin / carbohydrate-binding protein

機能・相同性

機能・相同性情報

: / negative regulation of immunological synapse formation / disaccharide binding / negative regulation of T cell activation via T cell receptor contact with antigen bound to MHC molecule on antigen presenting cell / RUNX2 regulates genes involved in differentiation of myeloid cells / regulation of T cell apoptotic process / mononuclear cell migration / positive regulation of mononuclear cell migration / negative regulation of endocytosis / IgE binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.99 Å

データ登録者

Kishor, C. / Go, R.M. / Blanchard, H.

引用

ジャーナル: Int J Mol Sci / 年: 2022
タイトル: Investigation of the Molecular Details of the Interactions of Selenoglycosides and Human Galectin-3.
著者: Raics, M. / Balogh, A.K. / Kishor, C. / Timari, I. / Medrano, F.J. / Romero, A. / Go, R.M. / Blanchard, H. / Szilagyi, L. / E Kover, K. / Feher, K.

履歴

登録	2021年7月10日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2022年7月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年7月20日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2023年10月18日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7rdo.cif.gz	48.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7rdo.ent.gz	30 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7rdo.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7rdo_validation.pdf.gz	1010.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7rdo_full_validation.pdf.gz	1010.5 KB	表示
XML形式データ	7rdo_validation.xml.gz	8.2 KB	表示
CIF形式データ	7rdo_validation.cif.gz	10.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rd/7rdo ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rd/7rdo	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7rdpC 6b8kS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#79 - 2006年7月アミロイドβ前駆体タンパク質 (Amyloid-beta Precursor Protein) 類似性 (1) #189 - 2015年9月アミロイド (Amyloids) 類似性 (1) #122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (1) #186 - 2015年6月終末糖化産物受容体 (Receptor for Advanced Glycation End Products) 類似性 (1) #266 - 2022年2月オリゴ糖転移酵素 (Oligosaccharyltransferase) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#79 - 2006年7月
アミロイドβ前駆体タンパク質 (Amyloid-beta Precursor Protein)
類似性 (1)
#189 - 2015年9月
アミロイド (Amyloids)
類似性 (1)
#122 - 2010年2月
エンハンセオソーム (Enhanceosome)
類似性 (1)
#186 - 2015年6月
終末糖化産物受容体 (Receptor for Advanced Glycation End Products)
類似性 (1)
#266 - 2022年2月
オリゴ糖転移酵素 (Oligosaccharyltransferase)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Galectin-3

ヘテロ分子

16.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	34.906, 58.366, 63.059
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Galectin-3 / Gal-3 / 35 kDa lectin / Carbohydrate-binding protein 35 / CBP 35 / Galactose-specific lectin 3 / ...Gal-3 / 35 kDa lectin / Carbohydrate-binding protein 35 / CBP 35 / Galactose-specific lectin 3 / Galactoside-binding protein / GALBP / IgE-binding protein / L-31 / Laminin-binding protein / Lectin L-29 / Mac-2 antigen 分子量: 15758.100 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: LGALS3, MAC2 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P17931
#2: 化合物	ChemComp-4IW / (2R,3R,4S,5R,6S)-2-(hydroxymethyl)-6-{[(2S,3R,4S,5R,6R)-3,4,5-trihydroxy-6-(hydroxymethyl)oxan-2-yl]diselanyl}oxane-3,4,5-triol (non-preferred name) 分子量: 484.217 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₂H₂₂O₁₀Se₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 50 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.04 Å³/Da / 溶媒含有率: 39.65 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 31% PEG6000, 100 mM magnesium chloride, 8 mM BME, 100 mM Tris-HCl, pH 7.0,

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX1 / 波長: 0.953 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2016年7月19日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.953 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.99→31.55 Å / Num. obs: 9155 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 6 % / CC_1/2: 0.984 / Net I/σ(I): 11
反射シェル	解像度: 2→2.07 Å / Mean I/σ(I) obs: 7.9 / Num. unique obs: 884 / CC_1/2: 0.969

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6B8K

6b8k

解像度: 1.99→31.55 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.95 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.923 / SU B: 4.054 / SU ML: 0.116 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.21 / ESU R Free: 0.19 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2468	458	5.003 %
R_work	0.1791	8697	-
all	0.182	-	-
obs	-	9155	99.252 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 18.626 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.015 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	0.01 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.025 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.99→31.55 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1112	0	26	50	1188

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.013	1221
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.018	1165
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.729	1.709	1667
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.243	1.644	2689
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	8.336	5	146
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	31.306	21.884	69
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.325	15	201
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	14.558	15	10
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.066	0.2	169
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr_other	0.019	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	1360
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	288
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.191	0.2	145
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.175	0.2	954
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.157	0.2	540
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.075	0.2	606
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.121	0.2	44
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.2	0.2	11
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.17	0.2	46
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.096	0.2	7
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.504	1.716	569
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.5	1.713	568
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.17	2.557	714
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.172	2.56	715
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.292	2.104	652
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.29	2.106	653
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.639	3.065	951
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.638	3.068	952
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	4.629	20.118	1158
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	4.56	20.028	1152

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.996-2.048	0.193	26	0.15	622	X-RAY DIFFRACTION	95.0147
2.048-2.104	0.298	39	0.169	577	X-RAY DIFFRACTION	97.0079
2.104-2.164	0.252	34	0.186	589	X-RAY DIFFRACTION	98.265
2.164-2.231	0.289	34	0.192	556	X-RAY DIFFRACTION	99.8308
2.231-2.304	0.222	31	0.184	575	X-RAY DIFFRACTION	99.6711
2.304-2.385	0.254	32	0.189	544	X-RAY DIFFRACTION	100
2.385-2.474	0.28	22	0.183	539	X-RAY DIFFRACTION	99.8221
2.474-2.575	0.274	28	0.18	512	X-RAY DIFFRACTION	100
2.575-2.689	0.353	18	0.192	513	X-RAY DIFFRACTION	100
2.689-2.82	0.29	9	0.195	468	X-RAY DIFFRACTION	100
2.82-2.971	0.296	30	0.197	456	X-RAY DIFFRACTION	100
2.971-3.151	0.232	24	0.178	433	X-RAY DIFFRACTION	100
3.151-3.367	0.265	22	0.18	392	X-RAY DIFFRACTION	100
3.367-3.635	0.235	21	0.164	385	X-RAY DIFFRACTION	100
3.635-3.979	0.158	16	0.171	355	X-RAY DIFFRACTION	100
3.979-4.444	0.182	18	0.141	321	X-RAY DIFFRACTION	100
4.444-5.122	0.171	12	0.151	294	X-RAY DIFFRACTION	100
5.122-6.251	0.258	18	0.203	244	X-RAY DIFFRACTION	100
6.251-8.748	0.35	13	0.23	201	X-RAY DIFFRACTION	100

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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