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- PDB-7rdn: Crystal structure of S. cerevisiae pre-mRNA leakage protein 39 (Pml39) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7rdn
タイトルCrystal structure of S. cerevisiae pre-mRNA leakage protein 39 (Pml39)
要素Pre-mRNA leakage protein 39
キーワードNUCLEAR PROTEIN / mRNA nuclear export / nuclear pore complex / nuclear basket / BIR domain / ZN ion binding
機能・相同性Zinc finger, C3HC-like / NuBaID N-terminal domain (aka zf-C3HC) / maintenance of RNA location / nuclear pore nuclear basket / mRNA transport / nuclear membrane / zinc ion binding / Pre-mRNA leakage protein 39
機能・相同性情報
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.49 Å
データ登録者Hashimoto, H. / Ramirez, D.H. / Pawlak, N. / Blobel, G. / Palancade, B. / Debler, E.W.
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2022
タイトル: Structure of the pre-mRNA leakage 39-kDa protein reveals a single domain of integrated zf-C3HC and Rsm1 modules.
著者: Hashimoto, H. / Ramirez, D.H. / Lautier, O. / Pawlak, N. / Blobel, G. / Palancade, B. / Debler, E.W.
履歴
登録2021年7月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年7月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年2月8日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Pre-mRNA leakage protein 39
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,2193
ポリマ－29,0881
非ポリマー1312
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)53.010, 53.010, 171.270
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
Space group name HallP312"
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x-y,z+1/3
#3: -x+y,-x,z+2/3
#4: x-y,-y,-z+2/3
#5: -x,-x+y,-z+1/3
#6: y,x,-z

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要素

#1: タンパク質 Pre-mRNA leakage protein 39 / 39 kDa pre-mRNA leakage protein


分子量: 29087.699 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: PML39, YML107C, YM8339.12 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q03760
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.5 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.7 / 詳細: PEG 8000, HEPES-HCl pH 7.7

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 1.282 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年8月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.282 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.49→44.34 Å / Num. obs: 18812 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 11.3 % / Biso Wilson estimate: 67.5 Å2 / CC1/2: 0.954 / CC star: 0.988 / Rmerge(I) obs: 0.045 / Net I/σ(I): 30.4
反射 シェル解像度: 2.49→2.58 Å / 冗長度: 11.4 % / Rmerge(I) obs: 0.889 / Mean I/σ(I) obs: 3.16 / Num. unique obs: 1837 / % possible all: 99.67

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
AutoSol位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.49→44.34 Å / SU ML: 0.373 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 35.2152
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2625 941 5 %
Rwork0.2327 17871 -
obs0.2341 18812 99.81 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 97.49 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.49→44.34 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1779 0 2 0 1781
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00261820
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.49152461
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0374272
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0036305
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.1881672
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.49-2.620.36391380.31282552X-RAY DIFFRACTION99.7
2.62-2.790.34141340.30012574X-RAY DIFFRACTION99.71
2.79-30.36731220.29822518X-RAY DIFFRACTION99.77
3-3.30.35811420.28942588X-RAY DIFFRACTION99.85
3.3-3.780.24381340.27222535X-RAY DIFFRACTION99.93
3.78-4.760.22141340.20532555X-RAY DIFFRACTION100
4.76-44.340.24511370.19472549X-RAY DIFFRACTION99.7
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.71801209994-2.010548035421.621208897646.97299543662-0.5106350724016.910613055960.08168844078070.332517836703-0.4382551297-0.590718108023-0.166641433743-0.3112624724340.8096820162930.3709694219920.05246148676570.573636898414-0.0549332238435-0.01774731791730.745873727457-0.07128081325970.596353231496-3.3602735857823.021054418348.9484844441
25.765812941751.422836350891.516173593753.178294712160.4324850913385.30592821033-0.0992115979613-0.3574978192210.3193993583990.0573492829295-0.238250357490.0835706321752-0.4037637486870.6499702214710.4150520537680.492661751925-0.0811370790186-0.008549423940170.639999481013-0.01010671243190.432479422324-2.0736263947229.842832867953.3552398012
32.779605235720.6608273432971.973175563194.744333807873.867793705094.094958215260.320136699660.895571764909-0.038294393256-1.63524878356-0.456799120045-0.9793534344091.03805401581-0.56610606589-0.2390090333711.24202401478-0.09875660553390.03514877024131.040376938330.0445478637440.738012632592-15.859666432715.601791527930.2528060394
47.53073541583.368039146923.566475221886.113474153382.006554549587.463956895510.888983871466-0.0110892294159-1.339833000080.193173918321-0.9575693445731.194657230381.56140738675-0.9860803432840.02478332508770.976322242427-0.345458287536-0.05457228288861.146184693460.03214225813811.0711866295-27.95827169037.4416926003836.5292434748
55.321363163991.899098745861.736035332366.287655462163.502280952535.384308968920.5059080530850.721310349246-0.8594197518120.09585779871090.221441069863-0.3539462617721.84600742770.538315917885-0.542356947421.078437500140.0692454232463-0.04394951296840.633169096008-0.1333552470520.571948137759-12.20434147277.1153051527239.2898228265
66.395751339960.1660487753481.244956758514.825277110952.479878381274.594543260010.303815169473-0.2798100899940.0885430956621-0.131308539644-0.4524314219110.5510973277870.454463206676-0.9952407598340.01932061149370.704798615256-0.2773493821530.056901718790.795235099439-0.06658781063780.597342638885-21.52356939614.949163346344.4237621392
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 79 through 110 )79 - 1101 - 32
22chain 'A' and (resid 111 through 195 )111 - 19533 - 113
33chain 'A' and (resid 196 through 211 )196 - 211114 - 129
44chain 'A' and (resid 212 through 241 )212 - 241130 - 145
55chain 'A' and (resid 242 through 281 )242 - 281146 - 185
66chain 'A' and (resid 282 through 311 )282 - 311186 - 215

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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