PDB-7rcr: Crystal Structure of the refolded Hemagglutinin head domain of In...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7rcr

タイトル

Crystal Structure of the refolded Hemagglutinin head domain of Influenza A virus A/Ohio/09/2015

要素

Hemagglutinin

キーワード

VIRAL PROTEIN / SSGCID / Hemagglutinin / Influenza A / Ohio/09/2015 / head domain / refolded / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease

機能・相同性

機能・相同性情報

viral budding from plasma membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.6 Å

データ登録者

Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

引用

ジャーナル: to be published
タイトル: Crystal Structure of the refolded Hemagglutinin head domain of Influenzavirus A Influenza A virus A/Ohio/09/2015
著者: Abendroth, J. / Habrukowich, C.L. / Lorimer, D.D. / Horanyi, P.S. / Edwards, T.E.

履歴

登録	2021年7月8日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2021年8月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年4月3日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.2	2024年11月20日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7rcr.cif.gz	127.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7rcr.ent.gz	79.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7rcr.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7rcr_validation.pdf.gz	422.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7rcr_full_validation.pdf.gz	423 KB	表示
XML形式データ	7rcr_validation.xml.gz	12.7 KB	表示
CIF形式データ	7rcr_validation.cif.gz	18.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rc/7rcr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rc/7rcr	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	3uyw-4 3qqi-1 3mlh-2 4ynm-2 6y73-3 2zqu-d 7kkp-2 6y4y-4 6nqi-1 4li6-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#76 - 2006年4月赤血球凝集素 (Hemagglutinin) 類似性 (6) #170 - 2014年2月広域中和抗体 (Broadly Neutralizing Antibodies) 類似性 (5) #259 - 2021年7月人工設計タンパク質と市民科学 (Designed Proteins and Citizen Science) 類似性 (5) #62 - 2005年2月主要組織適合性複合体 (Major Histocompatibility Complex) 類似性 (5) #63 - 2005年3月 T細胞受容体 (T-Cell Receptor) 類似性 (5) #200 - 2016年8月正二十面体型ウイルスの準対称性 (Quasisymmetry in Icosahedral Viruses) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#76 - 2006年4月
赤血球凝集素 (Hemagglutinin)
類似性 (6)
#170 - 2014年2月
広域中和抗体 (Broadly Neutralizing Antibodies)
類似性 (5)
#259 - 2021年7月
人工設計タンパク質と市民科学 (Designed Proteins and Citizen Science)
類似性 (5)
#62 - 2005年2月
主要組織適合性複合体 (Major Histocompatibility Complex)
類似性 (5)
#63 - 2005年3月
T細胞受容体 (T-Cell Receptor)
類似性 (5)
#200 - 2016年8月
正二十面体型ウイルスの準対称性 (Quasisymmetry in Icosahedral Viruses)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Hemagglutinin

ヘテロ分子

24.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	36.670, 61.120, 89.340
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁
Space group name Hall	P2ac2ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x,y+1/2,-z+1/2 #4: -x+1/2,-y,z+1/2

#1: タンパク質	Hemagglutinin 分子量: 24101.965 Da / 分子数: 1 / 断片: InvbR.18715.a.TK11 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス) 株: A/Ohio/09/2015 / 遺伝子: HA / プラスミド: InvbR.18715.a.TK11 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A6C0TB04
#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 269 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.96 Å³/Da / 溶媒含有率: 37.3 %
結晶化	温度: 287 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: RigakuReagents JCSG+ screen, condition a10: 200mM potassium formate, 20% (w/V) PEG 3350: InvbR.18715.a.TK11.PD38402 at 4.1mg/ml: tray: 314055a1: cryo: 20% EG: puck vjj0-9.

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å

検出器

タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2021年3月4日 / 詳細: Beryllium Lenses

放射

モノクロメーター: Diamond [111] / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97872 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.6→50 Å / Num. obs: 27045 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 5.99 % / B_iso Wilson estimate: 21.663 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.074 / R_rim(I) all: 0.081 / Χ²: 0.93 / Net I/σ(I): 16.87

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
1.6-1.64	6.005	0.597	3.4	1968	0.859	0.656	99.9
1.64-1.69	6.04	0.467	4.39	1945	0.902	0.512	99.9
1.69-1.74	6.016	0.404	5.17	1885	0.93	0.444	100
1.74-1.79	6.052	0.323	6.35	1831	0.954	0.355	99.9
1.79-1.85	6.059	0.262	7.86	1755	0.969	0.288	99.8
1.85-1.91	6.018	0.212	9.3	1707	0.979	0.233	99.6
1.91-1.98	5.977	0.152	12.26	1651	0.989	0.167	99.7
1.98-2.07	6.029	0.127	14.31	1600	0.991	0.139	99.8
2.07-2.16	6.005	0.105	17.04	1541	0.992	0.115	99.5
2.16-2.26	5.983	0.088	19.12	1458	0.995	0.097	99.6
2.26-2.39	6.001	0.08	20.77	1398	0.995	0.088	99.6
2.39-2.53	6.017	0.073	22.99	1337	0.996	0.08	99.4
2.53-2.7	6.04	0.063	25.43	1231	0.996	0.069	98.4
2.7-2.92	6.009	0.054	28.03	1173	0.997	0.06	98.9
2.92-3.2	5.967	0.046	31.75	1069	0.998	0.051	98.6
3.2-3.58	5.95	0.04	35.75	984	0.999	0.043	98.2
3.58-4.13	5.917	0.037	38.83	854	0.998	0.041	97.3
4.13-5.06	5.819	0.032	40.6	742	0.999	0.035	97.2
5.06-7.16	5.746	0.032	40.05	579	0.999	0.035	96.5
7.16-50	5.264	0.03	39.16	337	0.999	0.034	92.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHENIX	1.19 dev_4274	精密化
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
MoRDa		位相決定
PHENIX		モデル構築
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: pdb entry 6uynA as per Morda

解像度: 1.6→36.06 Å / SU ML: 0.1719 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 17.6678
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1997	1937	7.16 %	0
R_work	0.1597	25106	-	-
obs	0.1626	27043	99.23 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 17.08 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.6→36.06 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1649	0	4	269	1922

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0074	1777
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.9172	2439
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0602	258
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0069	319
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.5389	658

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.6-1.64	0.2499	136	0.2349	1768	X-RAY DIFFRACTION	99.79
1.64-1.68	0.2436	132	0.2036	1785	X-RAY DIFFRACTION	99.95
1.68-1.73	0.255	146	0.1949	1772	X-RAY DIFFRACTION	100
1.73-1.79	0.2335	131	0.1767	1784	X-RAY DIFFRACTION	99.9
1.79-1.85	0.2334	137	0.1699	1771	X-RAY DIFFRACTION	99.84
1.85-1.93	0.2093	153	0.1699	1776	X-RAY DIFFRACTION	99.54
1.93-2.02	0.1912	147	0.159	1748	X-RAY DIFFRACTION	99.84
2.02-2.12	0.1543	141	0.1512	1796	X-RAY DIFFRACTION	99.59
2.12-2.25	0.2028	141	0.1445	1789	X-RAY DIFFRACTION	99.54
2.26-2.43	0.1785	125	0.1533	1804	X-RAY DIFFRACTION	99.59
2.43-2.67	0.1943	118	0.1668	1811	X-RAY DIFFRACTION	98.92
2.67-3.06	0.2118	144	0.1631	1815	X-RAY DIFFRACTION	98.84
3.06-3.85	0.1893	122	0.1377	1821	X-RAY DIFFRACTION	97.88
3.86-36.06	0.1897	164	0.1543	1866	X-RAY DIFFRACTION	96.35

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.94183036536	-0.800992411928	0.258710922078	2.79939621271	-0.00729449658866	3.34275499308	0.0264432681872	-0.201453502522	-0.226936573915	0.226607223944	-0.0227718079108	0.123691040105	0.511465933285	-0.161958175227	-0.00878351371175	0.147933388087	-0.0226861193937	0.00704569697493	0.114291645649	0.0250038249854	0.139126691554	0.540899855338	-11.1439235503	14.907752572
2	1.01418733693	-0.448965614533	1.17506284989	0.730671475042	0.235712878377	3.0829906863	0.133857489699	-0.0540555757024	-0.228675125517	0.0858894507899	-0.0576376647483	-0.0422014670428	0.380890374455	0.0310111040492	-0.0646424554179	0.141389952171	-0.00758132586165	-0.00186843060931	0.132456510628	0.0147778907656	0.182544441353	5.32346243743	-10.7960181904	7.73536826171
3	2.3129061315	-0.866270403994	0.211031862924	1.44445849215	-0.0895048061422	2.5483962234	-0.0789064084065	-0.314794249283	0.0616689735045	0.124221899003	0.0540059048095	-0.185579937962	-0.0191784372783	0.284252496001	0.0286922020294	0.121049678584	-0.0211789259107	-0.0150414966039	0.0734747133182	0.00334542224013	0.12815687181	4.0159471859	-1.36102639962	15.8998612245
4	0.150964283154	-0.597831458674	-0.0738885519049	2.60728025996	0.279024667632	0.744328157095	0.0446953788475	0.0311798780024	-0.0706226183634	-0.129032854806	-0.0579102823314	0.242552689697	0.0147696270078	-0.148009577623	0.0141064363789	0.0575135091553	-0.0153136856409	0.0109674719573	0.0935038943598	-0.00926312480603	0.129900434599	-14.4436141666	-3.97860115248	2.13350608144
5	1.30273547886	-0.589688335772	0.832990220697	2.5803533374	-0.898454216834	2.05626715149	0.0481398040742	0.0444158479414	-0.0324594542142	-0.179390936171	-0.0713804887843	0.235094931238	0.0880242027911	-0.201407140789	-0.0192334787023	0.0560529348042	0.00265007716131	-0.0128225036966	0.0928406650066	-0.0282538908054	0.113539100562	-13.5792584409	0.517886609537	-2.7542281949
6	0.91466497804	-0.021205404749	0.252449971239	1.78065184188	1.55820937175	3.09401628009	0.0336731634325	0.0634544297143	-0.0178578308062	-0.138364349177	-0.0231103973334	0.0733941642647	-0.0941581893584	-0.0250638539621	-0.00456196371529	0.0573417960715	-0.000121087391552	0.00387242136167	0.0381121291372	0.0161519183122	0.0676950180639	-6.3102400274	4.92314548683	-0.8749137245
7	4.40292435461	2.1617615309	2.78626642034	5.69281603835	3.66275525781	2.95462854975	0.00693715196161	0.106190845415	-0.123206697953	-0.000739263571852	0.109305791064	-0.382706408371	-0.101933176268	0.340523186977	-0.0970899448333	0.0992904288419	-0.0225057555906	0.00515253780618	0.0888971429928	0.00327043797786	0.102550839109	1.77743094478	11.6516532338	2.08469742718
8	0.718752461325	-0.490784064638	0.05089738824	3.02713712598	1.630746997	1.81222262161	0.0633803712817	0.0559803685945	-0.0413061405814	-0.156615175953	-0.0655718405823	-0.0343418471056	-0.0788972682768	0.0245682243771	-0.0218164307464	0.0439610504515	-0.00818887017998	0.0168023833528	0.0594142573001	0.0125932739225	0.0674084828572	-0.396633419975	1.93635805021	-0.687255742517
9	0.78284529416	0.0784711337424	-0.0586367623884	1.87914784073	-0.107539769057	3.07581404239	0.0601316938266	-0.0426589580054	-0.0298269635756	0.10300864964	-0.0136928003926	-0.0388687614758	0.118429822044	0.0608657378334	-0.0754519315605	0.0422237118321	-0.00194068873459	-0.000782941010878	0.0429753200949	-0.0121466458537	0.085022578019	-4.8718051474	2.36583432672	8.68989348734

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 64 through 93 )	64 - 93	1 - 26
2	2	chain 'A' and (resid 94 through 114 )	94 - 114	27 - 47
3	3	chain 'A' and (resid 115 through 132 )	115 - 132	48 - 65
4	4	chain 'A' and (resid 133 through 160 )	133 - 160	66 - 93
5	5	chain 'A' and (resid 161 through 177 )	161 - 177	94 - 110
6	6	chain 'A' and (resid 178 through 215 )	178 - 215	111 - 148
7	7	chain 'A' and (resid 216 through 227 )	216 - 227	149 - 160
8	8	chain 'A' and (resid 228 through 261 )	228 - 261	161 - 194
9	9	chain 'A' and (resid 262 through 276 )	262 - 276	195 - 209

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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