PDB-7rcj: Crystal structure of ZnuA from Citrobacter koseri

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7rcj

タイトル

Crystal structure of ZnuA from Citrobacter koseri

要素

High-affinity zinc uptake system protein ZnuA

キーワード

METAL BINDING PROTEIN / zinc / transport / solute binding protein

機能・相同性

機能・相同性情報

zinc ion transport / periplasmic space / cell adhesion / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Citrobacter koseri (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.15 Å

データ登録者

Yukl, E.T. / Yekwa, E.L.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2022
タイトル: Conformational flexibility in the zinc solute-binding protein ZnuA.
著者: Yekwa, E.L. / Serrano, F.A. / Yukl, E.

履歴

登録	2021年7月7日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2022年5月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月18日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.2	2024年10月30日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7rcj.cif.gz	313.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7rcj.ent.gz	253 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7rcj.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7rcj_validation.pdf.gz	2.2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7rcj_full_validation.pdf.gz	2.2 MB	表示
XML形式データ	7rcj_validation.xml.gz	55 KB	表示
CIF形式データ	7rcj_validation.cif.gz	73.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rc/7rcj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rc/7rcj	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2xy4S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: High-affinity zinc uptake system protein ZnuA

B: High-affinity zinc uptake system protein ZnuA

C: High-affinity zinc uptake system protein ZnuA

D: High-affinity zinc uptake system protein ZnuA

E: High-affinity zinc uptake system protein ZnuA

F: High-affinity zinc uptake system protein ZnuA

ヘテロ分子

212 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: High-affinity zinc uptake system protein ZnuA

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
34.5 kDa, 1 ポリマー
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2

B: High-affinity zinc uptake system protein ZnuA

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
36.1 kDa, 1 ポリマー
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3

C: High-affinity zinc uptake system protein ZnuA

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
34.5 kDa, 1 ポリマー
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4

D: High-affinity zinc uptake system protein ZnuA

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
36.1 kDa, 1 ポリマー
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5

E: High-affinity zinc uptake system protein ZnuA

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
34.5 kDa, 1 ポリマー
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6

F: High-affinity zinc uptake system protein ZnuA

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
36.1 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	122.246, 81.667, 126.555
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 112.990, 90.000
Int Tables number	3
Space group name H-M	P121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	B-402- TEW
2	1	D-402- TEW
3	1	F-402- TEW

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: ALA / Beg label comp-ID: ALA / Refine code: _

Dom-ID	Ens-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	GLY	GLY	A	A	27 - 313	32 - 315
2	1	GLY	GLY	B	B	27 - 313	32 - 315
1	2	GLY	GLY	A	A	27 - 313	32 - 315
2	2	GLY	GLY	C	C	27 - 313	32 - 315
1	3	LYS	LYS	A	A	27 - 312	32 - 314
2	3	LYS	LYS	D	D	27 - 312	32 - 314
1	4	LYS	LYS	A	A	27 - 312	32 - 314
2	4	LYS	LYS	E	E	27 - 312	32 - 314
1	5	GLY	GLY	A	A	27 - 313	32 - 315
2	5	GLY	GLY	F	F	27 - 313	32 - 315
1	6	GLY	GLY	B	B	27 - 313	32 - 315
2	6	GLY	GLY	C	C	27 - 313	32 - 315
1	7	GLY	GLY	B	B	27 - 313	32 - 315
2	7	GLY	GLY	D	D	27 - 313	32 - 315
1	8	GLY	GLY	B	B	27 - 313	32 - 315
2	8	GLY	GLY	E	E	27 - 313	32 - 315
1	9	GLY	GLY	B	B	27 - 313	32 - 315
2	9	GLY	GLY	F	F	27 - 313	32 - 315
1	10	LYS	LYS	C	C	27 - 312	32 - 314
2	10	LYS	LYS	D	D	27 - 312	32 - 314
1	11	LYS	LYS	C	C	27 - 312	32 - 314
2	11	LYS	LYS	E	E	27 - 312	32 - 314
1	12	GLY	GLY	C	C	27 - 313	32 - 315
2	12	GLY	GLY	F	F	27 - 313	32 - 315
1	13	ASP	ASP	D	D	27 - 314	32 - 316
2	13	ASP	ASP	E	E	27 - 314	32 - 316
1	14	LYS	LYS	D	D	27 - 312	32 - 314
2	14	LYS	LYS	F	F	27 - 312	32 - 314
1	15	LYS	LYS	E	E	27 - 312	32 - 314
2	15	LYS	LYS	F	F	27 - 312	32 - 314

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15

#1: タンパク質	High-affinity zinc uptake system protein ZnuA 分子量: 34433.094 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Citrobacter koseri (strain ATCC BAA-895 / CDC 4225-83 / SGSC4696) (バクテリア) 株: ATCC BAA-895 / CDC 4225-83 / SGSC4696 / 遺伝子: CKO_01106 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A8AFI6
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-TEW / 6-tungstotellurate(VI) 分子量: 1614.626 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: O₂₄TeW₆
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.81 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.3 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 詳細: Protein at 18 mg/mL and containing one molar equivalent of ZnCl2 was combined with an equal volume of reservoir solution containing 0.1 M sodium citrate pH 6.0, 0.05 M ammonium acetate, 1 mM ...詳細: Protein at 18 mg/mL and containing one molar equivalent of ZnCl2 was combined with an equal volume of reservoir solution containing 0.1 M sodium citrate pH 6.0, 0.05 M ammonium acetate, 1 mM tellurium polyoxo tungstate, and 26% w/v PEG 4000.

結晶

マシュー密度: 2.81 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.3 %

結晶化

温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: Protein at 18 mg/mL and containing one molar equivalent of ZnCl2 was combined with an equal volume of reservoir solution containing 0.1 M sodium citrate pH 6.0, 0.05 M ammonium acetate, 1 mM ...

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ALS

/ ビームライン: 5.0.1 / 波長: 0.977408 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年4月15日

放射

モノクロメーター: Single crystal Si(220) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.977408 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 3.15→47.47 Å / Num. obs: 39993 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 3.7 % / CC_1/2: 0.99 / R_merge(I) obs: 0.22 / R_pim(I) all: 0.131 / R_rim(I) all: 0.257 / Net I/σ(I): 5.9

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. measured all	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Net I/σ(I) obs	% possible all
3.15-3.28	3.7	1.692	16672	4489	0.339	1.002	1.972	0.8	99.8
11.36-47.42	3.4	0.032	3013	885	0.998	0.02	0.038	28.4	97.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.7.0029	精密化
Aimless	0.1.27	データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
XDS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2XY4

2xy4

解像度: 3.15→47.47 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.939 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.92 / SU B: 23.58 / SU ML: 0.381 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.463 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2541	2006	5 %	RANDOM
R_work	0.2173	-	-	-
obs	0.2191	37978	99.69 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 434.74 Å² / B_iso min: 46 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.5 Å²	0 Å²	2.98 Å²
2-	-	1.25 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.48 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 3.15→47.47 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	12144	0	99	0	12243
B_iso mean	-	-	290.01	-	-
残基数	-	-	-	-	1581

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.019	12510
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.007	0.02	12078
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.643	1.995	17184
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.104	3.001	27804
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.7	5	1569
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.024	24.798	519
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	20.236	15	2097
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.959	15	54
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.085	0.2	1899
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.021	14001
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.006	0.02	2685

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	16893	0.03
1	2	B	16893	0.03
2	1	A	16751	0.04
2	2	C	16751	0.04
3	1	A	16802	0.04
3	2	D	16802	0.04
4	1	A	16853	0.03
4	2	E	16853	0.03
5	1	A	16815	0.04
5	2	F	16815	0.04
6	1	B	16846	0.04
6	2	C	16846	0.04
7	1	B	16866	0.04
7	2	D	16866	0.04
8	1	B	16876	0.04
8	2	E	16876	0.04
9	1	B	16835	0.04
9	2	F	16835	0.04
10	1	C	16792	0.04
10	2	D	16792	0.04
11	1	C	16727	0.05
11	2	E	16727	0.05
12	1	C	16871	0.03
12	2	F	16871	0.03
13	1	D	16864	0.04
13	2	E	16864	0.04
14	1	D	16859	0.04
14	2	F	16859	0.04
15	1	E	16808	0.04
15	2	F	16808	0.04

LS精密化シェル

解像度: 3.15→3.232 Å / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.428	144	-
R_work	0.365	2771	-
all	-	2915	-
obs	-	-	99.42 %

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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