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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7rcg | ||||||||||||
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タイトル | I-OnuI_e-hPD1-f final stage reengineered variant of I-OnuI | ||||||||||||
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![]() | DNA BINDING PROTEIN/DNA / meganuclease / gene editing / protein engineering / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex | ||||||||||||
機能・相同性 | DNA / DNA (> 10)![]() | ||||||||||||
生物種 | Synthetic construct (人工物) | ||||||||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||||||||
![]() | Smiley, A.T. / Werther, R.A. / Stoddard, B.L. | ||||||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Characterization of the stepwise engineering and optimization of a retargeted DNA binding protein and gene-editing meganuclease 著者: Werther, R.A. / Ubilla-Rodriguez, N.C. / Smiley, A.T. / Havens, K. / Lambert, A.R. / Stoddard, B.L. | ||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 105.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 72.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 433.9 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 436.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 13.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 18.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 34940.309 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Synthetic construct (人工物) / 発現宿主: ![]() ![]() |
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-DNA鎖 , 2種, 2分子 BC
#2: DNA鎖 | 分子量: 8064.180 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Synthetic construct (人工物) |
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#3: DNA鎖 | 分子量: 7917.066 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Synthetic construct (人工物) |
-非ポリマー , 4種, 67分子 ![](data/chem/img/CA.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/NA.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/NA.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#4: 化合物 | #5: 化合物 | #6: 化合物 | ChemComp-NA / #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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配列の詳細 | The wild type homing endonuclease was extensively engineered to generate I-OnuI_e-hPD1-f. |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.26 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 100mM HEPES pH 7.5, 200mM ammonium sulfate, 28% PEG 3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 108 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2019年7月23日 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1.54178 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.368→50 Å / Num. obs: 19975 / % possible obs: 97.3 % / 冗長度: 5 % / Rmerge(I) obs: 0.068 / Rpim(I) all: 0.033 / Rrim(I) all: 0.076 / Χ2: 0.991 / Net I/σ(I): 11.5 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-位相決定
位相決定 | 手法: ![]() | |||||||||
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Phasing MR |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 3QQY 解像度: 2.368→27.952 Å / SU ML: 0.28 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.68 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 77.57 Å2 / Biso mean: 32.8825 Å2 / Biso min: 13.11 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.368→27.952 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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