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Yorodumi- PDB-7rc1: X-ray Structure of SARS-CoV main protease covalently modified by ... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7rc1 | ||||||
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Title | X-ray Structure of SARS-CoV main protease covalently modified by compound GRL-0686 | ||||||
Components | 3C-like proteinase | ||||||
Keywords | VIRAL PROTEIN / SARS-CoV / 3CLpro / mpro / 3CL / main / protease / inhibitor / covalent / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID | ||||||
Function / homology | Function and homology information Assembly of the SARS-CoV-1 Replication-Transcription Complex (RTC) / Maturation of replicase proteins / Transcription of SARS-CoV-1 sgRNAs / Translation of Replicase and Assembly of the Replication Transcription Complex / K48-linked deubiquitinase activity / Replication of the SARS-CoV-1 genome / host cell endoplasmic reticulum / K63-linked deubiquitinase activity / SARS-CoV-1 modulates host translation machinery / viral genome replication ...Assembly of the SARS-CoV-1 Replication-Transcription Complex (RTC) / Maturation of replicase proteins / Transcription of SARS-CoV-1 sgRNAs / Translation of Replicase and Assembly of the Replication Transcription Complex / K48-linked deubiquitinase activity / Replication of the SARS-CoV-1 genome / host cell endoplasmic reticulum / K63-linked deubiquitinase activity / SARS-CoV-1 modulates host translation machinery / viral genome replication / methyltransferase activity / SARS-CoV-1 activates/modulates innate immune responses / double membrane vesicle viral factory outer membrane / SARS coronavirus main proteinase / host cell endosome / symbiont-mediated degradation of host mRNA / mRNA guanylyltransferase / symbiont-mediated suppression of host ISG15-protein conjugation / G-quadruplex RNA binding / omega peptidase activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of IRF3 activity / methylation / host cell Golgi apparatus / symbiont-mediated perturbation of host ubiquitin-like protein modification / endonuclease activity / ubiquitinyl hydrolase 1 / cysteine-type deubiquitinase activity / Hydrolases; Acting on peptide bonds (peptidases); Cysteine endopeptidases / single-stranded RNA binding / host cell perinuclear region of cytoplasm / viral protein processing / lyase activity / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / induction by virus of host autophagy / cysteine-type endopeptidase activity / RNA-dependent RNA polymerase activity / virus-mediated perturbation of host defense response / proteolysis / zinc ion binding / identical protein binding / membrane Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Severe acute respiratory syndrome coronavirus | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.63 Å | ||||||
Authors | Mesecar, A.D. / Anson, B.A. / Ghosh, A.K. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID) | ||||||
Funding support | United States, 1items
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Citation | Journal: J.Med.Chem. / Year: 2021 Title: Indole Chloropyridinyl Ester-Derived SARS-CoV-2 3CLpro Inhibitors: Enzyme Inhibition, Antiviral Efficacy, Structure-Activity Relationship, and X-ray Structural Studies. Authors: Ghosh, A.K. / Raghavaiah, J. / Shahabi, D. / Yadav, M. / Anson, B.J. / Lendy, E.K. / Hattori, S.I. / Higashi-Kuwata, N. / Mitsuya, H. / Mesecar, A.D. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 7rc1.cif.gz | 178.8 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb7rc1.ent.gz | 116.2 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 7rc1.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 7rc1_validation.pdf.gz | 793.6 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 7rc1_full_validation.pdf.gz | 797.2 KB | Display | |
Data in XML | 7rc1_validation.xml.gz | 17.3 KB | Display | |
Data in CIF | 7rc1_validation.cif.gz | 26 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rc/7rc1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rc/7rc1 | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 7rbzC 7rc0C 3v3mS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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-Components
#1: Protein | Mass: 33876.637 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Severe acute respiratory syndrome coronavirus Gene: 1a / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) References: UniProt: P0C6U8, SARS coronavirus main proteinase | ||||||
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#2: Chemical | ChemComp-4IO / | ||||||
#3: Chemical | ChemComp-DMS / #4: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | Nonpolymer details | The inhibitor GRL-0686 reacts with Cys-145 to form a thioester bond in the active site. The ...The inhibitor GRL-0686 reacts with Cys-145 to form a thioester bond in the active site. The chlorpyridyl group leaves after the reaction. | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.44 Å3/Da / Density % sol: 64.21 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 6 Details: 15% PEG 20,000, 0.05M MES 6.0, 1% MPD, 50mM KCl, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 21-ID-G / Wavelength: 0.97857 Å |
Detector | Type: MAR scanner 300 mm plate / Detector: IMAGE PLATE / Date: Jul 1, 2020 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97857 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.63→31.82 Å / Num. obs: 56039 / % possible obs: 97.67 % / Redundancy: 7.2 % / Biso Wilson estimate: 27.57 Å2 / CC1/2: 0.998 / CC star: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.05835 / Rpim(I) all: 0.02408 / Rrim(I) all: 0.0633 / Net I/σ(I): 23.62 |
Reflection shell | Resolution: 1.63→1.688 Å / Redundancy: 5 % / Rmerge(I) obs: 0.5505 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 4949 / CC1/2: 0.938 / CC star: 0.984 / Rpim(I) all: 0.2451 / Rrim(I) all: 0.6047 / % possible all: 85.93 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 3V3M Resolution: 1.63→31.82 Å / SU ML: 0.1614 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 29.2026 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 45.47 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.63→31.82 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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