PDB-7rbp: Medicago truncatula D-1-piperideine-2-carboxylic acid reductase

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7rbp

タイトル

Medicago truncatula D-1-piperideine-2-carboxylic acid reductase

要素

Ornithine cyclodeaminase/mu-crystallin

キーワード

OXIDOREDUCTASE / pipecolic acid / N-hydroxy-pipecolic acid / systemic acquired resistance / plant defense hormone / Mu-crystallin

機能・相同性

Ornithine cyclodeaminase/mu-crystallin / Ornithine cyclodeaminase, N-terminal / Ornithine cyclodeaminase/mu-crystallin family / NAD(P)-binding domain superfamily / cytoplasm / Ornithine cyclodeaminase/mu-crystallin

機能・相同性情報

生物種

Medicago truncatula (タルウマゴヤシ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Torrens-spence, M.P. / Weng, J.K.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Pipecolic acid pathway is conserved in systemic acquired resistance between dicotyledon and monocotyledon plants
著者: Torrens-Spence, M.P. / Weng, J.K.

履歴

登録	2021年7月6日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2022年7月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月18日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7rbp.cif.gz	289.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7rbp.ent.gz	199.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7rbp.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rb/7rbp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rb/7rbp	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4bv9S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Ornithine cyclodeaminase/mu-crystallin

B: Ornithine cyclodeaminase/mu-crystallin

72.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Ornithine cyclodeaminase/mu-crystallin

B: Ornithine cyclodeaminase/mu-crystallin

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
72.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	80.140, 83.665, 113.810
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁
Space group name Hall	P2ac2ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x,y+1/2,-z+1/2 #4: -x+1/2,-y,z+1/2

#1: タンパク質	Ornithine cyclodeaminase/mu-crystallin 分子量: 36466.336 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Medicago truncatula (タルウマゴヤシ) 遺伝子: 11419735, MTR_1g099620 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B7FJU0
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 72 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.96 Å³/Da / 溶媒含有率: 58.42 %
結晶化	温度: 300 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.25 M Ammonium Tartrate Dibasic, 24% PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年7月1日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.1→67.41 Å / Num. obs: 45056 / % possible obs: 98.84 % / 冗長度: 2 % / B_iso Wilson estimate: 55.74 Å² / CC_1/2: 1 / CC star: 1 / R_merge(I) obs: 0.01401 / R_pim(I) all: 0.01401 / R_rim(I) all: 0.01401 / Net I/σ(I): 16.22
反射シェル	解像度: 2.104→2.179 Å / 冗長度: 2 % / R_merge(I) obs: 0.658 / Mean I/σ(I) obs: 1.22 / Num. unique obs: 4425 / CC_1/2: 0.291 / CC star: 0.671 / R_pim(I) all: 0.685 / R_rim(I) all: 0.658 / % possible all: 99.68

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.17.1_3660	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4BV9

4bv9

解像度: 2.1→67.41 Å / SU ML: 0.3684 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 33.8075
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.272	1987	4.46 %
R_work	0.252	42595	-
obs	0.2529	44582	98.83 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 85.45 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.1→67.41 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4529	0	0	72	4601

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0062	4606
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.8939	6236
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.061	739
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0043	794
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	24.0812	1677

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.1-2.16	0.4638	131	0.3762	3033	X-RAY DIFFRACTION	99.59
2.16-2.21	0.3971	148	0.3748	2994	X-RAY DIFFRACTION	99.84
2.21-2.28	0.604	118	0.5599	2626	X-RAY DIFFRACTION	85.51
2.28-2.35	0.3302	148	0.329	3033	X-RAY DIFFRACTION	99.87
2.35-2.44	0.3531	138	0.3147	3044	X-RAY DIFFRACTION	99.97
2.44-2.54	0.3194	139	0.2979	3043	X-RAY DIFFRACTION	99.91
2.54-2.65	0.3275	146	0.2884	3029	X-RAY DIFFRACTION	99.97
2.65-2.79	0.3401	134	0.2929	3073	X-RAY DIFFRACTION	99.97
2.79-2.97	0.3154	145	0.2901	3078	X-RAY DIFFRACTION	99.91
2.97-3.19	0.3	145	0.2877	3054	X-RAY DIFFRACTION	99.81
3.19-3.52	0.3283	142	0.2556	3084	X-RAY DIFFRACTION	99.97
3.52-4.02	0.2685	149	0.2246	3097	X-RAY DIFFRACTION	99.69
4.02-5.07	0.2015	150	0.1994	3137	X-RAY DIFFRACTION	99.85
5.07-67.41	0.2312	154	0.2333	3270	X-RAY DIFFRACTION	99.8

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.50663817907	-1.91273697655	-1.81766353555	2.47777793976	0.890474408409	2.20678744436	-0.767070466079	-1.11431733257	-0.461256469383	0.417450186874	0.575192511086	-0.151374536171	0.284235311721	0.459552583211	0.199649234366	0.515651208572	0.160953830732	0.0440831972389	0.517087233411	0.108276759661	0.407986419763	-9.00046413267	-28.0873726754	15.200887592
2	8.72313387865	0.781985698793	-2.29393857633	6.68920137104	-0.284063547592	5.62967446436	-0.480785113759	0.342925521588	-0.159589758662	-0.111786032097	0.170339364321	0.304205416877	-0.0655266876316	-0.435165640494	0.310048879501	0.487856072115	0.0293924496254	0.0843925373191	0.379099656856	-0.0210506278793	0.423203374838	-3.24901273757	-31.0966137822	-2.03322071145
3	6.10601528491	-1.44287414122	-1.23400788047	2.70676478754	-0.669503696564	3.69546412955	-0.749299414814	-0.0832502085897	-1.24311834974	0.056574512048	0.463859866949	0.190921618459	0.78629289769	-0.366654754545	0.235771376349	0.589097915915	0.0181661192476	0.278382792585	0.462720293636	0.0786719553445	0.919833043508	-13.0999798102	-39.3320404867	7.64014053118
4	3.52036511213	-0.00712834394482	-1.17666807547	5.16254364576	-1.48222237301	2.14695639548	-0.322793344902	1.33640711601	-0.0825809756804	-0.695066870972	0.000172255956585	-0.201814874382	0.275947086658	-0.610923842423	0.333438397522	0.620733811376	-0.224998680166	0.0973143344883	0.909575606206	-0.0348527940549	0.516257435931	-52.6266344099	-55.0352131588	26.2470786059
5	6.1450852192	-3.75638550711	-2.20956443841	6.82409987988	4.78000935948	6.75663136426	-0.233145884777	1.30969416111	-0.033204479466	-0.595901806808	-0.098606201947	-0.540497536071	0.000226037981127	-0.521518367808	0.395287248343	0.727866774278	-0.394138784922	0.0619568141507	0.910603647018	0.0915101413329	0.529313870057	-55.3048060745	-60.5443146703	27.3149576654
6	1.64935000747	-0.597777601455	-2.82836477747	2.6568641313	0.0563119944286	6.22138831744	-0.322584246174	2.24071914813	-0.00919743909461	-1.61990922373	-0.249322753983	-0.759712406927	-0.282673885253	-1.64211655133	0.532662738367	1.26452280969	-0.321498855403	0.164508489233	1.36202727376	0.396491463431	0.683511424777	-47.6934982064	-50.3323457793	13.557266275
7	8.87006477687	-4.71751425254	-3.13055205463	3.38451306067	3.27585788786	3.50318234995	-0.0969659709799	1.29491316635	0.257012755071	-0.68687038121	-0.600767380038	-1.07644271207	0.710984220694	0.118899479974	0.585569340148	1.59450643349	-0.16051658558	0.340719021851	1.23253676529	0.236564693342	0.762340679221	-43.8660889346	-52.0342602206	7.22182319196
8	3.00284745874	1.60794110731	0.876419831195	3.31157166292	-0.64815160402	2.0098425411	0.0964225334331	0.951558515765	0.130096630793	-0.278320957368	-0.428803975925	-0.887693482856	0.849497755096	0.308323470705	0.188033360809	1.25049816087	0.023466413943	0.576867942578	0.908399092928	0.309093852032	1.36222162832	-30.6449206901	-54.2881508121	16.0715148224
9	4.27705129248	2.39245201283	-2.39003490641	5.53025580464	-1.95471867025	6.32310146079	-0.145554501368	0.835683079497	0.459819435667	-0.970648704257	0.195924810256	-0.674020688304	0.248110166218	-0.67277678599	-0.00873182100546	0.834958735029	-0.165448098407	0.0298366931344	0.755913844631	0.290141219578	0.733011734697	-45.0727239488	-46.6430428408	20.1450870507

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 9 through 188 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 189 through 265 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 266 through 336 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 13 through 70 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 71 through 110 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 111 through 151 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 152 through 228 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 229 through 298 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 299 through 335 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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