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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7rbp | ||||||
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タイトル | Medicago truncatula D-1-piperideine-2-carboxylic acid reductase | ||||||
![]() | Ornithine cyclodeaminase/mu-crystallin | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / pipecolic acid / N-hydroxy-pipecolic acid / systemic acquired resistance / plant defense hormone / Mu-crystallin | ||||||
機能・相同性 | Ornithine cyclodeaminase/mu-crystallin / Ornithine cyclodeaminase, N-terminal / Ornithine cyclodeaminase/mu-crystallin family / NAD(P)-binding domain superfamily / cytoplasm / Ornithine cyclodeaminase/mu-crystallin![]() | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Torrens-spence, M.P. / Weng, J.K. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Pipecolic acid pathway is conserved in systemic acquired resistance between dicotyledon and monocotyledon plants 著者: Torrens-Spence, M.P. / Weng, J.K. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 289.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 199.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 4bv9S S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 36466.336 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: 11419735, MTR_1g099620 / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.96 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.42 % |
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結晶化 | 温度: 300 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.25 M Ammonium Tartrate Dibasic, 24% PEG 3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年7月1日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.1→67.41 Å / Num. obs: 45056 / % possible obs: 98.84 % / 冗長度: 2 % / Biso Wilson estimate: 55.74 Å2 / CC1/2: 1 / CC star: 1 / Rmerge(I) obs: 0.01401 / Rpim(I) all: 0.01401 / Rrim(I) all: 0.01401 / Net I/σ(I): 16.22 |
反射 シェル | 解像度: 2.104→2.179 Å / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.658 / Mean I/σ(I) obs: 1.22 / Num. unique obs: 4425 / CC1/2: 0.291 / CC star: 0.671 / Rpim(I) all: 0.685 / Rrim(I) all: 0.658 / % possible all: 99.68 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 4BV9 解像度: 2.1→67.41 Å / SU ML: 0.3684 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 33.8075 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 85.45 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.1→67.41 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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