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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7rbp | ||||||
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Title | Medicago truncatula D-1-piperideine-2-carboxylic acid reductase | ||||||
![]() | Ornithine cyclodeaminase/mu-crystallin | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / pipecolic acid / N-hydroxy-pipecolic acid / systemic acquired resistance / plant defense hormone / Mu-crystallin | ||||||
Function / homology | Ornithine cyclodeaminase/mu-crystallin / Ornithine cyclodeaminase, N-terminal / Ornithine cyclodeaminase/mu-crystallin family / NAD(P)-binding domain superfamily / cytoplasm / Ornithine cyclodeaminase/mu-crystallin![]() | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Torrens-spence, M.P. / Weng, J.K. | ||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Pipecolic acid pathway is conserved in systemic acquired resistance between dicotyledon and monocotyledon plants Authors: Torrens-Spence, M.P. / Weng, J.K. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 289.8 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 199.2 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 4bv9S S: Starting model for refinement |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homology ![]() |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 36466.336 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.96 Å3/Da / Density % sol: 58.42 % |
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Crystal grow | Temperature: 300 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / Details: 0.25 M Ammonium Tartrate Dibasic, 24% PEG 3350 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS EIGER2 X 16M / Detector: PIXEL / Date: Jul 1, 2017 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.1→67.41 Å / Num. obs: 45056 / % possible obs: 98.84 % / Redundancy: 2 % / Biso Wilson estimate: 55.74 Å2 / CC1/2: 1 / CC star: 1 / Rmerge(I) obs: 0.01401 / Rpim(I) all: 0.01401 / Rrim(I) all: 0.01401 / Net I/σ(I): 16.22 |
Reflection shell | Resolution: 2.104→2.179 Å / Redundancy: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.658 / Mean I/σ(I) obs: 1.22 / Num. unique obs: 4425 / CC1/2: 0.291 / CC star: 0.671 / Rpim(I) all: 0.685 / Rrim(I) all: 0.658 / % possible all: 99.68 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 4BV9 Resolution: 2.1→67.41 Å / SU ML: 0.3684 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / Phase error: 33.8075 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 85.45 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.1→67.41 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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