+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7raz | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Small conductance mechanosensitive channel MscS | |||||||||
![]() | Small-conductance mechanosensitive channel | |||||||||
![]() | TRANSPORT PROTEIN / small conductance mechanosensitive channel MscS / NCMN / ion channel / membrane protein | |||||||||
機能・相同性 | ![]() intracellular water homeostasis / mechanosensitive monoatomic ion channel activity / monoatomic ion transmembrane transport / protein homooligomerization / identical protein binding / membrane / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Escherichia coli 'BL21-GoldpLysS AG' | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å | |||||||||
![]() | Catalano, C. / Ben-Hail, D. / Qiu, W. / des Georges, A. / Guo, Y. | |||||||||
資金援助 | ![]()
| |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Small conductance mechanosensitive channel MscS 著者: Catalano, C. / Ben-Hail, D. / Qiu, W. / des Georges, A. / Guo, Y. | |||||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 242.6 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 193.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.2 MB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | ![]() | 1.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 48.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 66.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 24390MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 ( |
---|---|
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
|
---|---|
1 |
|
-
要素
#1: タンパク質 | 分子量: 30922.898 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: BL21-Gold(DE3)pLysS AG / 遺伝子: mscS, yggB, b2924, JW2891 発現宿主: ![]() ![]() 株 (発現宿主): BL21-Gold(DE3)pLysS AG / 参照: UniProt: P0C0S1 #2: 化合物 | ChemComp-PTY / 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
---|---|
EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-
試料調製
構成要素 | 名称: Small conductance mechanosensitive channel MscS / タイプ: CELL / Entity ID: #1 / 由来: NATURAL |
---|---|
由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
由来(組換発現) | 生物種: ![]() ![]() |
緩衝液 | pH: 7.8 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: YES / 凍結: YES |
染色 | タイプ: NEGATIVE / 染色剤: 2% uranyl acetate |
試料支持 | グリッドのタイプ: UltrAuFoil R0.6/1 |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE-PROPANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277.15 K |
-
電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
---|---|
顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
撮影 | 平均露光時間: 10 sec. / 電子線照射量: 61.05 e/Å2 / 検出モード: COUNTING フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 1352 |
画像スキャン | 動画フレーム数/画像: 40 |
-
解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.19_4092: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
EMソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 500000 | ||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C7 (7回回転対称) | ||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 275000 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: OTHER / 空間: REAL | ||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | PDB-ID: 2OAU Accession code: 2OAU / Source name: PDB / タイプ: experimental model | ||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
|