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- PDB-7rau: Structure of TRPV3 in complex with osthole -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7rau
タイトルStructure of TRPV3 in complex with osthole
要素Transient receptor potential cation channel subfamily V member 3
キーワードMEMBRANE PROTEIN / TRP channel / V3
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of hair cycle / TRP channels / response to temperature stimulus / positive regulation of calcium ion import / monoatomic ion channel activity / monoatomic cation channel activity / calcium channel activity / lysosome / receptor complex / membrane ...negative regulation of hair cycle / TRP channels / response to temperature stimulus / positive regulation of calcium ion import / monoatomic ion channel activity / monoatomic cation channel activity / calcium channel activity / lysosome / receptor complex / membrane / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Transient receptor potential cation channel subfamily V member 1-4 / Transient receptor potential cation channel subfamily V / Ankyrin repeat / Ankyrin repeats (3 copies) / Ankyrin repeat profile. / Ankyrin repeat region circular profile. / ankyrin repeats / Ankyrin repeat / Ankyrin repeat-containing domain superfamily / Ion transport domain / Ion transport protein
類似検索 - ドメイン・相同性
7-methoxy-8-(3-methylbut-2-enyl)chromen-2-one / Transient receptor potential cation channel subfamily V member 3
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.99 Å
データ登録者Neuberger, A. / Nadezhdin, K.D. / Sobolevsky, A.I.
資金援助 米国, ドイツ, 5件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)R01 CA206573 米国
National Institutes of Health/National Institute of Neurological Disorders and Stroke (NIH/NINDS)R01 NS083660 米国
National Institutes of Health/National Institute of Neurological Disorders and Stroke (NIH/NINDS)R01 NS107253 米国
National Science Foundation (NSF, United States)1818086 米国
German Research Foundation (DFG)464295817 ドイツ
引用ジャーナル: EMBO Rep / 年: 2021
タイトル: Structural mechanism of TRPV3 channel inhibition by the plant-derived coumarin osthole.
著者: Arthur Neuberger / Kirill D Nadezhdin / Eleonora Zakharian / Alexander I Sobolevsky /
要旨: TRPV3, a representative of the vanilloid subfamily of TRP channels, is predominantly expressed in skin keratinocytes and has been implicated in cutaneous sensation and associated with numerous skin ...TRPV3, a representative of the vanilloid subfamily of TRP channels, is predominantly expressed in skin keratinocytes and has been implicated in cutaneous sensation and associated with numerous skin pathologies and cancers. TRPV3 is inhibited by the natural coumarin derivative osthole, an active ingredient of Cnidium monnieri, which has been used in traditional Chinese medicine for the treatment of a variety of human diseases. However, the structural basis of channel inhibition by osthole has remained elusive. Here we present cryo-EM structures of TRPV3 in complex with osthole, revealing two types of osthole binding sites in the transmembrane region of TRPV3 that coincide with the binding sites of agonist 2-APB. Osthole binding converts the channel pore into a previously unidentified conformation with a widely open selectivity filter and closed intracellular gate. Our structures provide insight into competitive inhibition of TRPV3 by osthole and can serve as a template for the design of osthole chemistry-inspired drugs targeting TRPV3-associated diseases.
履歴
登録2021年7月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年9月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年9月15日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.page_first / _citation.page_last ..._citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22021年11月17日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume
改定 1.32024年6月5日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-24386
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transient receptor potential cation channel subfamily V member 3
B: Transient receptor potential cation channel subfamily V member 3
C: Transient receptor potential cation channel subfamily V member 3
D: Transient receptor potential cation channel subfamily V member 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)371,88012
ポリマ－369,9264
非ポリマー1,9548
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area16810 Å2
ΔGint-137 kcal/mol
Surface area126690 Å2

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要素

#1: タンパク質
Transient receptor potential cation channel subfamily V member 3 / TrpV3


分子量: 92481.547 Da / 分子数: 4 / 変異: Y564A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Trpv3 / プラスミド: pEG BacMam / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q8K424
#2: 化合物
ChemComp-A0O / 7-methoxy-8-(3-methylbut-2-enyl)chromen-2-one / オスト-ル


分子量: 244.286 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H16O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: sample 1 / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT
分子量単位: MEGADALTONS / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
由来(組換発現)生物種: Homo sapiens (ヒト)
緩衝液pH: 8
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
1150 mMsodium chlorideNaCl1
220 mMtris(hydroxymethyl)aminomethane1
30.01 %glyco-diosgenin (GDN)1
41 mMbeta-Mercaptoethanol1
5400 uMosthole1
6402-APB1
試料濃度: 3 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 200 divisions/in. / グリッドのタイプ: C-flat-1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI POLARA 300
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: -3500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: -1500 nm / Cs: 2.7 mm
撮影平均露光時間: 4 sec. / 電子線照射量: 96.5 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 3997
画像スキャン横: 5760 / 縦: 4092

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1cryoSPARC2.14粒子像選択
2Leginon画像取得
4cryoSPARC2.14CTF補正
7Cootモデルフィッティング
9PHENIXモデル精密化
10cryoSPARC2.14初期オイラー角割当
11cryoSPARC2.14最終オイラー角割当
12cryoSPARC2.14分類
13cryoSPARC2.14３次元再構成
CTF補正タイプ: NONE
粒子像の選択選択した粒子像数: 1147004
3次元再構成解像度: 3.99 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 63523 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築空間: REAL

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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