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- PDB-7raq: Crystal structure of CV3-25 Fab bound to SARS-CoV-2 spike stem he... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7raq
タイトルCrystal structure of CV3-25 Fab bound to SARS-CoV-2 spike stem helix peptide
要素
  • CV3-25 Fab Heavy Chain
  • CV3-25 Fab Light Chain
  • spike stem helix peptide
キーワードIMMUNE SYSTEM / Antibody / Fab / SARS-CoV-2
機能・相同性
機能・相同性情報


Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / symbiont-mediated-mediated suppression of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell ...Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / symbiont-mediated-mediated suppression of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / membrane fusion / Attachment and Entry / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / positive regulation of viral entry into host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / host cell surface receptor binding / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / receptor ligand activity / endocytosis involved in viral entry into host cell / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / host cell plasma membrane / virion membrane / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, SARS-CoV-2 / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, SARS-CoV-like / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus ...Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, SARS-CoV-2 / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, SARS-CoV-like / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus / Betacoronavirus spike glycoprotein S1, receptor binding / Spike glycoprotein S1, N-terminal domain, betacoronavirus-like / Betacoronavirus-like spike glycoprotein S1, N-terminal / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 1 / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 2 / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 1 (HR1) region profile. / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 2 (HR2) region profile. / Spike glycoprotein S2 superfamily, coronavirus / Spike glycoprotein S2, coronavirus / Coronavirus spike glycoprotein S2 / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Spike glycoprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.74 Å
データ登録者Hurlburt, N.K. / Pancera, M.
引用ジャーナル: Commun Biol / 年: 2022
タイトル: Structural definition of a pan-sarbecovirus neutralizing epitope on the spike S2 subunit.
著者: Nicholas K Hurlburt / Leah J Homad / Irika Sinha / Madeleine F Jennewein / Anna J MacCamy / Yu-Hsin Wan / Jim Boonyaratanakornkit / Anton M Sholukh / Abigail M Jackson / Panpan Zhou / Dennis ...著者: Nicholas K Hurlburt / Leah J Homad / Irika Sinha / Madeleine F Jennewein / Anna J MacCamy / Yu-Hsin Wan / Jim Boonyaratanakornkit / Anton M Sholukh / Abigail M Jackson / Panpan Zhou / Dennis R Burton / Raiees Andrabi / Gabriel Ozorowski / Andrew B Ward / Leonidas Stamatatos / Marie Pancera / Andrew T McGuire /
要旨: Three betacoronaviruses have crossed the species barrier and established human-to-human transmission causing significant morbidity and mortality in the past 20 years. The most current and widespread ...Three betacoronaviruses have crossed the species barrier and established human-to-human transmission causing significant morbidity and mortality in the past 20 years. The most current and widespread of these is SARS-CoV-2. The identification of CoVs with zoonotic potential in animal reservoirs suggests that additional outbreaks could occur. Monoclonal antibodies targeting conserved neutralizing epitopes on diverse CoVs can form the basis for prophylaxis and therapeutic treatments and enable the design of vaccines aimed at providing pan-CoV protection. We previously identified a neutralizing monoclonal antibody, CV3-25 that binds to the SARS-CoV-2 spike, neutralizes the SARS-CoV-2 Beta variant comparably to the ancestral Wuhan Hu-1 strain, cross neutralizes SARS-CoV-1 and binds to recombinant proteins derived from the spike-ectodomains of HCoV-OC43 and HCoV-HKU1. Here, we show that the neutralizing activity of CV3-25 is maintained against the Alpha, Delta, Gamma and Omicron variants of concern as well as a SARS-CoV-like bat coronavirus with zoonotic potential by binding to a conserved linear peptide in the stem-helix region. Negative stain electron microscopy and a 1.74 Å crystal structure of a CV3-25/peptide complex demonstrates that CV3-25 binds to the base of the stem helix at the HR2 boundary to an epitope that is distinct from other stem-helix directed neutralizing mAbs.
履歴
登録2021年7月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年4月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年4月27日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.32024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
H: CV3-25 Fab Heavy Chain
L: CV3-25 Fab Light Chain
P: spike stem helix peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,32112
ポリマ－50,4843
非ポリマー8379
水5,296294
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: assay for oligomerization
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7320 Å2
ΔGint-54 kcal/mol
Surface area19420 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)60.173, 60.173, 285.825
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x-y,z+2/3
#3: -x+y,-x,z+1/3
#4: x-y,-y,-z+1/3
#5: -x,-x+y,-z+2/3
#6: y,x,-z
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11P-1301-

HOH

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要素

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タンパク質・ペプチド , 1種, 1分子 P

#3: タンパク質・ペプチド spike stem helix peptide


分子量: 2239.437 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
参照: UniProt: P0DTC2

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抗体 , 2種, 2分子 HL

#1: 抗体 CV3-25 Fab Heavy Chain


分子量: 25026.203 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): HEK 293E / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体 CV3-25 Fab Light Chain


分子量: 23218.695 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): HEK 293E / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)

-
非ポリマー , 3種, 303分子

#4: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 294 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.96 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.42 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.1M Na Acetate:HCl, pH 4.5, 2.0M (NH4)2SO4, 0.01M SrCl

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1.0092 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年6月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0092 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.74→49.01 Å / Num. obs: 63310 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 1.9 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.025 / Rpim(I) all: 0.025 / Rrim(I) all: 0.035 / Net I/σ(I): 21.7
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
1.74-1.771.90.309662934470.670.3090.4372.7100
9.04-48.961.50.0168715720.9990.0160.02231.699.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
PHENIX1.17.1精密化
XDSデータ削減
Aimless0.7.4データスケーリング
PHASER2.8.3位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5MVZ

5mvz


解像度: 1.74→49.01 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.967 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.958 / SU B: 4.274 / SU ML: 0.068 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.094 / ESU R Free: 0.091 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : RESIDUAL ONLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2028 3105 4.9 %RANDOM
Rwork0.1809 ---
obs0.182 60094 99.98 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.7 Å / 減衰半径: 0.7 Å / VDWプローブ半径: 1.3 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 93.51 Å2 / Biso mean: 36.109 Å2 / Biso min: 19.21 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.05 Å20.02 Å20 Å2
2--0.05 Å2-0 Å2
3----0.15 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.74→49.01 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3471 0 52 294 3817
Biso mean--58.63 42.33 -
残基数----455
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0173616
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0193302
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7641.854912
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.0432.6927664
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.8465453
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg29.66923.133150
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.27315571
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.811512
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0860.2540
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.024046
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02798
LS精密化 シェル解像度: 1.74→1.785 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.366 258 -
Rwork0.361 4315 -
all-4573 -
obs--99.98 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.8681-0.0136-0.33390.673-0.03611.3075-0.02390.1995-0.1566-0.2047-0.02170.03180.15260.05340.04560.10050.0215-0.0220.1545-0.03080.0425-0.369-30.07230.169
20.8692-0.10780.12091.4108-0.59212.158-0.0090.02260.00080.0101-0.00040.0152-0.15980.0910.00940.022-0.0059-0.00870.0795-0.0090.01091.089-16.61242.395
39.9359-2.5044-1.8869.9751.17796.0129-0.13370.1065-0.0193-0.33130.20950.1725-0.0670.111-0.07580.2740.0137-0.08410.29660.02690.0325-5.866-17.2752.833
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1H1 - 215
2X-RAY DIFFRACTION2L1 - 213
3X-RAY DIFFRACTION3P1152 - 1166

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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