PDB-7raf: AncAR1-Rev - progesterone - Tif2

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7raf

タイトル

AncAR1-Rev - progesterone - Tif2

要素

Ancestral androgen receptor
Transcriptional mediator/intermediary factor 2

キーワード

SIGNALING PROTEIN/TRANSCRIPTION / evolution / ancestral gene resurrection / nuclear receptor / transcription / SIGNALING PROTEIN / SIGNALING PROTEIN-TRANSCRIPTION complex

機能・相同性

PROGESTERONE

機能・相同性情報

生物種

Escherichia phage EcSzw-2 (ファージ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.551 Å

データ登録者

Colucci, J.K.

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: AncAR1-Rev - progesterone - Tif2
著者: Colucci, J.K.

履歴

登録	2021年7月1日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2022年7月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月18日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7raf.cif.gz	174.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7raf.ent.gz	138 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7raf.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7raf_validation.pdf.gz	747.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7raf_full_validation.pdf.gz	751 KB	表示
XML形式データ	7raf_validation.xml.gz	15.2 KB	表示
CIF形式データ	7raf_validation.cif.gz	21.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ra/7raf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ra/7raf	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2amaS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Ancestral androgen receptor

D: Transcriptional mediator/intermediary factor 2

ヘテロ分子

31.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	69.099, 69.099, 145.258
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

#1: タンパク質	Ancestral androgen receptor / AncAR1-Rev 分子量: 29262.047 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Escherichia phage EcSzw-2 (ファージ) 発現宿主: Escherichia phage EcSzw-2 (ファージ)
#2: タンパク質・ペプチド	Transcriptional mediator/intermediary factor 2 / TIF2 分子量: 1464.664 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Escherichia phage EcSzw-2 (ファージ)
#3: 化合物	ChemComp-STR / PROGESTERONE / プロゲステロン分子量: 314.462 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₃₀O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: ホルモン*YM
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 242 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.82 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.41 %
結晶化	温度: 280 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 25% PEG8000 and 50mM Tris pH 8.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: MAR CCD 130 mm / 検出器: CCD / 日付: 2016年1月4日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.5→33.7 Å / Num. obs: 51730 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 31.6 % / R_sym value: 0.109 / Net I/σ(I): 31.6
反射シェル	解像度: 1.5→10 Å / Num. unique obs: 51730 / R_sym value: 0.437

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALEPACK		データスケーリング
REFMAC	v1.0	精密化
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2AMA

2ama

解像度: 1.551→33.612 Å / SU ML: 0.14 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 16.06 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1688	2000	3.87 %
R_work	0.1529	-	-
obs	0.1536	51728	99.85 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 122.13 Å² / B_iso mean: 25.7449 Å² / B_iso min: 9.71 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.551→33.612 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2125	0	94	242	2461
B_iso mean	-	-	31.27	38.67	-
残基数	-	-	-	-	258

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	7.8142	2.8614	-5.903	7.2968	-4.8144	9.6689	-0.0675	0.4545	-0.1377	-0.313	0.1406	-0.5857	-0.2615	0.344	0.0086	0.1421	-0.0582	0.005	0.2323	-0.0514	0.203	14.8418	-23.173	9.9337
2	1.5263	0.3672	-0.0836	1.8828	0.257	1.2612	0.0507	-0.1226	-0.1042	0.0839	-0.0331	-0.053	0.088	0.0648	-0.0159	0.0897	0.011	-0.0196	0.1359	0.0087	0.1179	-1.8997	-29.8883	19.4653
3	1.7546	-0.0108	-0.3404	1.1927	-0.6641	4.8941	-0.0055	0.1115	-0.2554	-0.0862	0	0.063	0.2755	-0.1726	0.0135	0.157	-0.0184	-0.0261	0.1117	-0.0409	0.1485	-9.4864	-38.847	8.3862
4	4.6745	-1.8568	-2.1758	7.9304	4.1182	7.1075	-0.0191	0.2169	-0.1185	-0.1385	0.1118	-0.2795	0.0816	0.2285	-0.0954	0.0577	-0.0258	-0.013	0.146	-0.0134	0.103	4.8183	-25.6565	6.6322
5	4.3782	-1.099	-1.9581	4.4936	1.4651	4.3837	-0.0776	0.2612	0.225	-0.2463	0.093	-0.194	-0.1345	0.092	-0.0568	0.1023	-0.0153	-0.0264	0.1458	0.023	0.1189	4.5366	-13.4464	8.0101
6	6.1289	0.9589	-4.885	1.5169	-1.0992	6.6982	0.0544	0.4355	0.1051	-0.2555	0.031	0.0949	-0.1546	-0.0682	-0.148	0.1395	-0.0043	-0.0452	0.16	-0.012	0.1113	-7.8555	-23.5707	5.878
7	3.7602	0.9001	1.8105	3.5644	0.3581	1.5899	0.1117	-0.2963	-0.0333	0.3712	-0.134	0.057	0.0141	-0.1015	0.0189	0.1091	0.0149	0.0328	0.1797	-0.0113	0.1083	-14.5387	-26.0009	26.0188
8	2.6221	-1.2776	1.2014	3.4826	1.8169	2.8071	0.5889	0.7099	0.59	-0.5015	-0.0076	-0.2291	-0.4171	-0.1058	-0.5001	0.2048	0.0426	0.0216	0.2856	0.0201	0.2242	-9.2056	-13.3659	8.4631
9	7.4568	1.7175	0.2334	6.1166	-1.2841	6.8507	0.0061	-0.1299	0.0349	0.2588	-0.0635	-0.5126	-0.1285	0.7414	0.0447	0.1651	-0.0101	-0.0386	0.2479	-0.0122	0.1285	3.6013	-20.4944	31.2012

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 670 through 680 )	A	670 - 680
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 681 through 757 )	A	681 - 757
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 758 through 797 )	A	758 - 797
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 798 through 813 )	A	798 - 813
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 814 through 848 )	A	814 - 848
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 849 through 882 )	A	849 - 882
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 883 through 907 )	A	883 - 907
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 908 through 917 )	A	908 - 917
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'D' and (resid 743 through 753 )	D	743 - 753

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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