PDB-7rae: AncAR1 - progesterone - Tif2

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7rae

タイトル

AncAR1 - progesterone - Tif2

要素

Ancestral androgen receptor
Transcriptional mediator/intermediary factor 2

キーワード

SIGNALING PROTEIN/TRANSCRIPTION / DHT / androgen / nuclear receptor / ancient protein / evolution / TRANSCRIPTION / SIGNALING PROTEIN-TRANSCRIPTION complex

機能・相同性

Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / 5-ALPHA-DIHYDROTESTOSTERONE

機能・相同性情報

生物種

Escherichia coli BL21 (大腸菌)
synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.098 Å

データ登録者

Ortlund, E.A.

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: AncAR1 - DHT - Tif2
著者: Ortlund, E.A.

履歴

登録	2021年7月1日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2022年7月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月18日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7rae.cif.gz	125.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7rae.ent.gz	95.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7rae.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ra/7rae ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ra/7rae	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2amaS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#92 - 2007年8月タンパク質同化性ステロイド (Anabolic Steroids) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Ancestral androgen receptor

D: Transcriptional mediator/intermediary factor 2

ヘテロ分子

31.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	68.871, 68.871, 147.281
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

#1: タンパク質	Ancestral androgen receptor / AncAR1 分子量: 29528.385 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株: BL21 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: タンパク質・ペプチド	Transcriptional mediator/intermediary factor 2 / Tif2 分子量: 1464.664 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: 化合物	ChemComp-DHT / 5-ALPHA-DIHYDROTESTOSTERONE / ジヒドロテストステロン分子量: 290.440 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₉H₃₀O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: ホルモン*YM
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 66 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.88 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.31 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: HANGING DROP VAPOR DIFFUSION - 20 PERCENT PEG 1000, MES pH 6.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 173.15 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: MAR CCD 130 mm / 検出器: CCD / 日付: 2013年4月13日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.05→29.4 Å / Num. obs: 172781 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 10.4 % / B_iso Wilson estimate: 30.56 Å² / R_sym value: 0.109 / Net I/σ(I): 17.4
反射シェル	解像度: 2.05→2.18 Å / R_merge(I) obs: 0.437 / Num. unique obs: 21586 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.12_2829	精密化
HKL-2000		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
PDBSET		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2AMA

2ama

解像度: 2.098→29.37 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 20.21 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2182	1076	5 %
R_work	0.1926	20426	-
obs	0.1939	21502	99.85 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 112.97 Å² / B_iso mean: 38.8157 Å² / B_iso min: 14.24 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.098→29.37 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2132	0	27	66	2225
B_iso mean	-	-	27.66	41.95	-
残基数	-	-	-	-	258

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	2230
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.584	3023
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.039	341
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	377
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	2.366	1863

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	% reflection obs (%)
2.098-2.1934	0.2615	129	0.2245	2469	99
2.1934-2.3089	0.261	133	0.2083	2506	100
2.3089-2.4535	0.2121	132	0.1982	2512	100
2.4535-2.6429	0.2477	132	0.2019	2516	100
2.6429-2.9086	0.2211	133	0.198	2531	100
2.9086-3.329	0.2048	135	0.1956	2552	100
3.329-4.1922	0.2032	137	0.1829	2590	100
4.1922-10	0.2123	145	0.1839	2750	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.5731	0.8154	-1.2863	5.507	-6.3684	7.9624	0.0186	0.6172	-0.324	-0.3937	-0.0377	-0.6353	0.21	0.8815	-0.1479	0.2371	-0.0483	-0.0034	0.6025	-0.086	0.5247	50.0958	10.5253	9.7795
2	2.9292	0.1462	-0.7023	1.6944	-0.5153	1.5265	0.0098	-0.2163	-0.1728	0.2409	0.0563	-0.2327	0.1412	0.1195	-0.0707	0.2196	0.0243	-0.06	0.2561	-0.0012	0.2149	33.3319	4.8795	18.8609
3	2.3005	0.4489	0.0572	2.047	-0.3403	3.3189	-0.0741	0.3794	-0.5341	-0.332	0.0707	0.0166	0.3381	-0.2881	-0.029	0.2621	-0.016	-0.043	0.2571	-0.061	0.2535	25.4921	-3.826	7.573
4	2.1106	0.05	-0.2624	2.9661	1.1826	3.4587	-0.1471	0.2136	-0.2165	-0.2494	0.3986	-0.4674	0.0661	0.5237	-0.1323	0.2037	-0.0238	-0.0024	0.3951	-0.0579	0.2803	40.0306	9.4888	6.1398
5	2.2269	0.7608	0.4429	2.9006	-0.1921	2.0711	-0.1866	0.5191	0.4859	-0.2468	0.2897	-0.2673	-0.162	0.2507	-0.0705	0.2213	-0.0409	0.0128	0.4026	0.007	0.3899	39.7926	21.2439	7.0078
6	2.6502	0.8274	-1.7088	1.9833	-0.7095	3.6618	0.1217	0.5174	0.2857	-0.1622	0.1398	0.1819	-0.4469	-0.0394	-0.151	0.2041	-0.0123	-0.046	0.3932	0.0049	0.2636	27.1581	11.2381	5.8718
7	2.3868	0.2125	0.2744	2.8201	-0.1036	1.4106	0.1015	-0.258	0.3073	0.4287	0.098	0.2128	-0.148	-0.075	-0.139	0.2474	0.0202	0.025	0.3119	-0.0204	0.2781	22.0419	11.883	21.1929
8	5.673	2.649	0.2171	5.6379	-1.4923	6.8247	0.1722	-0.2839	0.0707	0.4679	0.0942	-0.1434	-0.6353	0.0766	-0.3369	0.4334	-0.0765	-0.0881	0.4825	-0.026	0.1661	37.2439	14.2596	31.1257

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 670 through 680 )	A	670 - 680
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 681 through 757 )	A	681 - 757
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 758 through 797 )	A	758 - 797
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 798 through 813 )	A	798 - 813
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 814 through 848 )	A	814 - 848
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 849 through 882 )	A	849 - 882
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 883 through 917 )	A	883 - 917
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'D' and (resid 743 through 751 )	D	743 - 751

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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