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- PDB-7raa: Designed StabIL-2 seq15 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7raa
タイトルDesigned StabIL-2 seq15
要素Interleukin-2
キーワードCYTOKINE / computational design
機能・相同性
機能・相同性情報


kappa-type opioid receptor binding / response to tacrolimus / regulation of T cell homeostatic proliferation / regulation of CD4-positive, alpha-beta T cell proliferation / interleukin-2 receptor binding / negative regulation of lymphocyte proliferation / glycosphingolipid binding / positive regulation of plasma cell differentiation / negative regulation of T-helper 17 cell differentiation / positive regulation of tissue remodeling ...kappa-type opioid receptor binding / response to tacrolimus / regulation of T cell homeostatic proliferation / regulation of CD4-positive, alpha-beta T cell proliferation / interleukin-2 receptor binding / negative regulation of lymphocyte proliferation / glycosphingolipid binding / positive regulation of plasma cell differentiation / negative regulation of T-helper 17 cell differentiation / positive regulation of tissue remodeling / RUNX1 and FOXP3 control the development of regulatory T lymphocytes (Tregs) / leukocyte activation involved in immune response / positive regulation of isotype switching to IgG isotypes / interleukin-2-mediated signaling pathway / activated T cell proliferation / cell surface receptor signaling pathway via STAT / kinase activator activity / natural killer cell activation / Interleukin-2 signaling / positive regulation of regulatory T cell differentiation / negative regulation of B cell apoptotic process / positive regulation of immunoglobulin production / positive regulation of dendritic spine development / positive regulation of interleukin-17 production / positive regulation of activated T cell proliferation / T cell differentiation / Interleukin receptor SHC signaling / extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / positive regulation of B cell proliferation / cytokine activity / growth factor activity / negative regulation of inflammatory response / positive regulation of type II interferon production / positive regulation of inflammatory response / cell-cell signaling / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / RAF/MAP kinase cascade / carbohydrate binding / positive regulation of cell growth / response to ethanol / phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / adaptive immune response / transcription by RNA polymerase II / cell adhesion / immune response / positive regulation of cell population proliferation / negative regulation of apoptotic process / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / extracellular space / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Interleukin-2 / Interleukin-2, conserved site / Interleukin 2 / Interleukin-2 signature. / Interleukin-2 family / Four-helical cytokine-like, core
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.69 Å
データ登録者Jude, K.M. / Chu, A.E. / Huang, P.-S. / Garcia, K.C.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R37 AI051321 米国
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2022
タイトル: Interleukin-2 superkines by computational design.
著者: Ren, J. / Chu, A.E. / Jude, K.M. / Picton, L.K. / Kare, A.J. / Su, L. / Montano Romero, A. / Huang, P.S. / Garcia, K.C.
履歴
登録2021年6月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年3月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年3月23日Group: Database references / カテゴリ: pdbx_related_exp_data_set
改定 1.22023年3月29日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.32024年4月3日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.42024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Interleukin-2
B: Interleukin-2
C: Interleukin-2
D: Interleukin-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,3936
ポリマ－62,3444
非ポリマー492
水27015
1
A: Interleukin-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,6102
ポリマ－15,5861
非ポリマー241
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Interleukin-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,6102
ポリマ－15,5861
非ポリマー241
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Interleukin-2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,5861
ポリマ－15,5861
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Interleukin-2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,5861
ポリマ－15,5861
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)66.372, 66.372, 298.302
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
Space group name HallP4nw2abw
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y+1/2,x+1/2,z+3/4
#3: y+1/2,-x+1/2,z+1/4
#4: x+1/2,-y+1/2,-z+1/4
#5: -x+1/2,y+1/2,-z+3/4
#6: -x,-y,z+1/2
#7: y,x,-z
#8: -y,-x,-z+1/2
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1(chain "A" and (resid 5 through 16 or resid 18...
d_2ens_1(chain "B" and (resid 5 through 16 or resid 18...
d_3ens_1(chain "C" and (resid 5 through 16 or resid 18...
d_4ens_1(chain "D" and (resid 5 through 16 or resid 18...

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg label comp-IDEnd label comp-IDLabel asym-IDLabel seq-ID
d_11ens_1THRLEUA4 - 15
d_12ens_1METASNA17 - 23
d_13ens_1PROLYSA28 - 29
d_14ens_1THRTHRA31
d_15ens_1METMETA33
d_16ens_1THRPROA35 - 41
d_17ens_1LYSTHRA43 - 45
d_18ens_1LEULEUA47
d_19ens_1HISGLUA49 - 61
d_110ens_1ALAALAA63 - 67
d_111ens_1ASPGLYA70 - 87
d_112ens_1CYSASPA92 - 96
d_113ens_1THRLEUA98 - 119
d_21ens_1THRLEUB6 - 17
d_22ens_1METASNB19 - 25
d_23ens_1PROLYSB30 - 31
d_24ens_1THRTHRB33
d_25ens_1METMETB35
d_26ens_1THRPROB37 - 43
d_27ens_1LYSTHRB45 - 47
d_28ens_1LEULEUB49
d_29ens_1HISGLUB51 - 63
d_210ens_1ALAALAB65 - 69
d_211ens_1ASPGLYB77 - 94
d_212ens_1CYSASPB97 - 101
d_213ens_1THRLEUB103 - 124
d_31ens_1THRLEUC6 - 17
d_32ens_1METASNC19 - 25
d_33ens_1PROLYSC30 - 31
d_34ens_1THRTHRC33
d_35ens_1METMETC35
d_36ens_1THRPROC37 - 43
d_37ens_1LYSTHRC45 - 47
d_38ens_1LEULEUC49
d_39ens_1HISGLUC51 - 63
d_310ens_1ALAALAC65 - 69
d_311ens_1ASPGLYC77 - 94
d_312ens_1CYSASPC101 - 105
d_313ens_1THRLEUC107 - 128
d_41ens_1THRLEUD5 - 16
d_42ens_1METASND18 - 24
d_43ens_1PROLYSD29 - 30
d_44ens_1THRTHRD32
d_45ens_1METMETD34
d_46ens_1THRPROD36 - 42
d_47ens_1LYSTHRD44 - 46
d_48ens_1LEULEUD48
d_49ens_1HISGLUD50 - 62
d_410ens_1ALAALAD64 - 68
d_411ens_1ASPGLYD70 - 87
d_412ens_1CYSASPD94 - 98
d_413ens_1THRLEUD100 - 121

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(0.328580020841, 0.338326773103, 0.881799390171), (-0.619012037741, -0.628015697939, 0.471614652311), (0.713343722924, -0.700807589674, 0.00307493412318)-22.9463356503, 94.7858185987, 39.5913832467
2given(-0.274101270308, -0.315509107848, -0.908472617353), (0.541383561706, 0.73012727917, -0.41691485381), (0.794841073882, -0.606109032334, -0.0293173701497)75.8317121901, 20.3782193479, 34.010788557
3given(-0.993013782955, -0.111340944472, 0.0390745562334), (0.106124090439, -0.987471106366, -0.116783952327), (0.0515878308258, -0.111821322549, 0.992388375352)60.3307475116, 119.702826121, 6.92752179549

-
要素

#1: タンパク質
Interleukin-2 / IL-2 / T-cell growth factor / TCGF


分子量: 15586.066 Da / 分子数: 4 / 変異: G27M, I28L, K32D, V69A, L72Q, R81D, V115I / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IL2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P60568
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.63 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.32 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.3
詳細: 0.2 M MgCl2, 0.1 M Tris pH 8.3, 24% PEG 3350 with microseeding

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.97946 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年2月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97946 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.69→44.77 Å / Num. obs: 13754 / % possible obs: 70.56 % / 冗長度: 27.4 % / Biso Wilson estimate: 85.58 Å2 / CC1/2: 1 / CC star: 1 / Rpim(I) all: 0.02 / Rrim(I) all: 0.105 / Rsym value: 0.103 / Net I/σ(I): 16.3
反射 シェル解像度: 2.69→2.9 Å / 冗長度: 25.2 % / Mean I/σ(I) obs: 0.16 / Num. unique obs: 688 / CC1/2: 0.528 / CC star: 0.458 / Rpim(I) all: 0.623 / Rrim(I) all: 3.205 / Rsym value: 3.141 / % possible all: 18.07

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
XDSJan 31, 2020データ削減
XDSJan 31, 2020データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: in silico predicted model

解像度: 2.69→44.77 Å / SU ML: 0.3008 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 39.7181
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.294 822 5.98 %random selection
Rwork0.2504 12927 --
obs0.2531 13749 70.54 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 96.8 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.69→44.77 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4046 0 2 15 4063
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00244104
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.50465542
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0342668
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0038692
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.16731573
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)
ens_1d_2AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.903466417272
ens_1d_3AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.930094673526
ens_1d_4AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.7961204877
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.69-2.860.4394290.3741494X-RAY DIFFRACTION16.56
2.86-3.080.3928600.3328998X-RAY DIFFRACTION33.58
3.08-3.390.41261330.32292055X-RAY DIFFRACTION68.74
3.39-3.890.31531940.26913032X-RAY DIFFRACTION99.78
3.89-4.890.26951960.22863067X-RAY DIFFRACTION100
4.89-44.770.27832100.24043281X-RAY DIFFRACTION99.91
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.75994797038-2.25914605636-0.4600524245632.28381643054-0.6919348038854.881377001010.6129735401190.184869677046-0.0123913408319-0.3198814301730.0452198868117-0.5829012332210.8957526148451.18739036446-0.03474382497210.5795567706280.589786110894-0.04600573688180.751747648465-0.3439350577380.27095693981722.217431920435.15913389913.56703756633
29.78304173893-5.76002431494-4.479982570488.633163158971.841490719782.172488941591.82814023593-0.379637546137-0.636847234419-0.653081295850.622460228738-2.3153068089-2.184535961411.8482991383-2.506313070311.750100930.04973263782450.4240644660771.65051442397-0.2601414010652.1373384390937.911248472550.523091713910.0713179618
35.58621248121-1.792612465650.2385056491866.327176282080.5647299346614.68994217190.0142375165848-0.2747848566750.231243729942-0.6726186010740.04836022664520.729157899322-0.0750076109975-0.0129917621559-0.08384323009350.2399620061560.418604812233-0.1191439836260.469215175555-0.1619145633280.42289429743319.485612301442.283450636713.5519539093
46.50970013489-2.01772956932.421458176085.2318831981-0.3628469361266.124384005070.0659553002635-0.178981709145-1.20803240497-0.0690174663888-0.01016615516060.1199691265760.719672283830.0604389782665-0.02303509337980.3522250896860.604250563148-0.1115686445750.62609288789-0.0268527525360.62316771962122.073358127633.137079296316.2733634148
53.01828888873-2.03026618644-0.5987442654332.468939788741.593737139751.92007889160.649278532336-0.09954181311781.18844617449-0.674913728912-0.2613599430360.347547897808-0.8024730124260.210108832548-0.09801649124450.5551862834580.3011412150250.6601479934170.3128653948450.1434609711530.8790793486398.2940832603460.661596545228.0797760847
67.217193811354.95701510178-4.999925534844.47970119231-1.858622859948.35295183530.2306319750480.467727192158-1.37502746336-0.261838050164-0.2293420309951.19651218397-0.233119909715-0.7899044383810.1496829368641.829282538960.660334242477-0.3632185157820.838119581287-0.3803875765591.456026767677.4862372079947.072386981422.5326054666
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精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11(chain A and resid 2:24)AA2 - 241 - 23
22(chain A and resid 25:32)AA25 - 3224 - 31
33(chain A and resid 33:96)AA33 - 9632 - 88
44(chain A and resid 97:128)AA97 - 12889 - 120
55(chain B and resid 0:67)BB0 - 671 - 68
66(chain B and resid 68:79)BB68 - 7969 - 80
77(chain B and resid 80:128)BB80 - 12881 - 125
88(chain C and resid 0:27)CC0 - 271 - 28
99(chain C and resid 28:90)CC28 - 9029 - 91
1010(chain C and resid 91:128)CC91 - 12892 - 129
1111(chain D and resid 1:24)DD1 - 241 - 24
1212(chain D and resid 25:37)DD25 - 3725 - 37
1313(chain D and resid 38:128)DD38 - 12838 - 122

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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