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- PDB-7r9x: Crystal structure of a dehydrating condensation domain, AmbE-Cmod... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7r9x
タイトルCrystal structure of a dehydrating condensation domain, AmbE-CmodAA, involved in nonribosomal peptide synthesis
要素AmbE
キーワードBIOSYNTHETIC PROTEIN / Condensation domain Nonribosomal peptide synthetases (NRPSs)
機能・相同性
機能・相同性情報


L-glutamate-[L-glutamyl-carrier protein] ligase / secondary metabolite biosynthetic process / ligase activity / phosphopantetheine binding
類似検索 - 分子機能
Methyltransferase FkbM / Methyltransferase FkbM domain / Nonribosomal peptide synthetase, condensation domain / Polyketide synthase, thioesterase domain / : / Thioesterase / Chloramphenicol acetyltransferase-like domain / Chloramphenicol Acetyltransferase / Condensation domain / Condensation domain ...Methyltransferase FkbM / Methyltransferase FkbM domain / Nonribosomal peptide synthetase, condensation domain / Polyketide synthase, thioesterase domain / : / Thioesterase / Chloramphenicol acetyltransferase-like domain / Chloramphenicol Acetyltransferase / Condensation domain / Condensation domain / Amino acid adenylation domain / Thioesterase / Thioesterase domain / ANL, N-terminal domain / Chloramphenicol acetyltransferase-like domain superfamily / AMP-binding, conserved site / Putative AMP-binding domain signature. / AMP-dependent synthetase/ligase / AMP-binding enzyme / Polyketide synthase, phosphopantetheine-binding domain / Phosphopantetheine attachment site / AMP-binding enzyme, C-terminal domain superfamily / Phosphopantetheine attachment site / Phosphopantetheine attachment site. / Phosphopantetheine attachment site / ACP-like superfamily / Carrier protein (CP) domain profile. / Phosphopantetheine binding ACP domain / Alpha/Beta hydrolase fold / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
IODIDE ION / AMB antimetabolite synthase AmbE
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.14 Å
データ登録者Fortinez, C.M. / Schmeing, T.M.
資金援助 カナダ, 1件
組織認可番号国
Canadian Institutes of Health Research (CIHR)FDN-148472 カナダ
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2022
タイトル: Structure and Function of a Dehydrating Condensation Domain in Nonribosomal Peptide Biosynthesis.
著者: Patteson, J.B. / Fortinez, C.M. / Putz, A.T. / Rodriguez-Rivas, J. / Bryant 3rd, L.H. / Adhikari, K. / Weigt, M. / Schmeing, T.M. / Li, B.
履歴
登録2021年6月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年7月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年8月10日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22022年8月24日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: AmbE
B: AmbE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)96,88319
ポリマ－95,9722
非ポリマー91017
水9,134507
1
A: AmbE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,50510
ポリマ－47,9861
非ポリマー5199
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: AmbE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,3789
ポリマ－47,9861
非ポリマー3928
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)89.940, 106.870, 108.909
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 96.252, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MI121
Space group name HallC2y(x,y,-x+z)
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z+1/2
#4: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2

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要素

#1: タンパク質 AmbE


分子量: 47986.172 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (strain ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1) (緑膿菌)
株: ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1
遺伝子: ambE, PA2302 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9I1H3
#2: 化合物
ChemComp-IOD / IODIDE ION


分子量: 126.904 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: I
#3: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION


分子量: 22.990 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 507 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.71 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.62 %
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: AmbE_Cd crystallized at a concentration of 10mg/ml in conditions containing 100mM bis-Tris propane (pH 6.0), 20% PEG3350 and 0.2M sodium iodide. Cryoprotection was performed by dipping the ...詳細: AmbE_Cd crystallized at a concentration of 10mg/ml in conditions containing 100mM bis-Tris propane (pH 6.0), 20% PEG3350 and 0.2M sodium iodide. Cryoprotection was performed by dipping the crystal in a solution containing 20% MPD (hexylene glycol), 0.2M NaCl, 50mM Tris-Cl (pH7.5), 0.2M sodium iodide, 20% PEG 3350 and 100mM bis-Tris propane (pH 6.0) before being flash frozen in liquid nitrogen.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年7月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.14→76.06 Å / Num. obs: 55789 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 27.49 Å2 / CC1/2: 0.987 / Net I/σ(I): 16.2
反射 シェル解像度: 2.14→2.2 Å / Rmerge(I) obs: 0.257 / Mean I/σ(I) obs: 4.1 / Num. unique obs: 55789 / CC1/2: 0.89

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.15.2_3472精密化
MOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2JGP, 6OYF

2jgp

6oyf


解像度: 2.14→44.7 Å / SU ML: 0.2313 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.3897
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2323 2000 3.58 %
Rwork0.1896 53789 -
obs0.1912 55789 99.13 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 34.19 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.14→44.7 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6348 0 17 510 6875
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0116481
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1238810
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0581985
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00691171
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d21.88092357
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.14-2.20.2371440.19233852X-RAY DIFFRACTION99.65
2.2-2.250.27731420.19593849X-RAY DIFFRACTION99.6
2.25-2.320.26451430.20553853X-RAY DIFFRACTION99.7
2.32-2.40.22961420.23810X-RAY DIFFRACTION99.75
2.4-2.480.24141440.19323859X-RAY DIFFRACTION99.6
2.48-2.580.24031420.19623830X-RAY DIFFRACTION98.83
2.58-2.70.25221390.23723X-RAY DIFFRACTION96.74
2.7-2.840.26371440.2043876X-RAY DIFFRACTION99.78
2.84-3.020.26471430.20683842X-RAY DIFFRACTION99.55
3.02-3.250.24661430.20283869X-RAY DIFFRACTION99.75
3.25-3.580.21261440.17473858X-RAY DIFFRACTION99.4
3.58-4.10.22041400.1653774X-RAY DIFFRACTION97.1
4.1-5.160.19191440.16013890X-RAY DIFFRACTION99.95
5.16-44.70.23571460.21743904X-RAY DIFFRACTION98.47

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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