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- PDB-7r97: Crystal structure of postcleavge complex of Escherichia coli RNase III -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7r97
タイトルCrystal structure of postcleavge complex of Escherichia coli RNase III
要素
  • RNA (28-MER)
  • Ribonuclease 3
キーワードHYDROLASE/RNA / protein-RNA complex / HYDROLASE-RNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


ribonuclease III / ribonuclease III activity / tRNA processing / RNA processing / mRNA processing / rRNA processing / double-stranded RNA binding / regulation of gene expression / rRNA binding / enzyme binding ...ribonuclease III / ribonuclease III activity / tRNA processing / RNA processing / mRNA processing / rRNA processing / double-stranded RNA binding / regulation of gene expression / rRNA binding / enzyme binding / magnesium ion binding / protein homodimerization activity / ATP binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Ribonuclease III domain / Ribonuclease iii, N-terminal Endonuclease Domain; Chain A / Ribonuclease-III-like / Ribonuclease III / Ribonuclease III family signature. / Ribonuclease III family domain profile. / Ribonuclease III family / Ribonuclease III domain / Double Stranded RNA Binding Domain - #20 / Double-stranded RNA binding motif ...Ribonuclease III domain / Ribonuclease iii, N-terminal Endonuclease Domain; Chain A / Ribonuclease-III-like / Ribonuclease III / Ribonuclease III family signature. / Ribonuclease III family domain profile. / Ribonuclease III family / Ribonuclease III domain / Double Stranded RNA Binding Domain - #20 / Double-stranded RNA binding motif / Double-stranded RNA binding motif / Ribonuclease III, endonuclease domain superfamily / Double stranded RNA-binding domain (dsRBD) profile. / Double-stranded RNA-binding domain / Double Stranded RNA Binding Domain / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / RNA / RNA (> 10) / Ribonuclease 3
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.804 Å
データ登録者Dharavath, S. / Shaw, G.X. / Ji, X.
引用
ジャーナル: Rna Biol. / 年: 2022
タイトル: Structural basis for Dicer-like function of an engineered RNase III variant and insights into the reaction trajectory of two-Mg 2+ -ion catalysis.
著者: Dharavath, S. / Shaw, G.X. / Ji, X.
#1: ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2019
タイトル: The molecular mechanism of dsRNA processing by a bacterial Dicer
著者: Jin, L. / Song, H. / Tropea, J.E. / Danielle, N. / Waugh, D. / Gu, S. / Ji, X.
履歴
登録2021年6月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年7月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ribonuclease 3
B: Ribonuclease 3
C: RNA (28-MER)
D: RNA (28-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,37235
ポリマ－68,7874
非ポリマー1,58531
水7,530418
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area14490 Å2
ΔGint-194 kcal/mol
Surface area26490 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)56.929, 65.753, 84.519
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 102.090, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

-
タンパク質 / RNA鎖 , 2種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質 Ribonuclease 3 / Ribonuclease III / RNase III


分子量: 25412.938 Da / 分子数: 2 / 断片: Full-length / 変異: E38A, E65A, Q165A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌)
株: K12 / 遺伝子: rnc, b2567, JW2551 / プラスミド: pDEST-HisMBP-EcRNaseIIIEEQ / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): CodonPlus-RIL / 参照: UniProt: P0A7Y0, ribonuclease III
#2: RNA鎖 RNA (28-MER)


分子量: 8980.364 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Escherichia coli (大腸菌)

-
非ポリマー , 6種, 449分子

#3: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#7: 化合物 ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム


分子量: 122.143 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 418 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.3 % / Mosaicity: 0.699 °
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.4 / 詳細: PEG 3350, KBr, etc.

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300-HS / 検出器: CCD / 日付: 2019年3月15日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→30 Å / Num. obs: 55901 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 6.5 % / Rmerge(I) obs: 0.121 / Rpim(I) all: 0.053 / Rrim(I) all: 0.132 / Χ2: 0.986 / Net I/σ(I): 10.7 / Num. measured all: 362726
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
1.8-1.866.11.15154940.6080.5041.2610.9998.4
1.86-1.946.90.88155870.840.3620.9541.02399.9
1.94-2.036.90.5855920.9190.2380.6271.04999.8
2.03-2.136.80.36955550.9630.1530.41.02499.9
2.13-2.276.60.25956050.9750.1090.2811.03499.9
2.27-2.446.30.17755770.9850.0770.1931.02999.8
2.44-2.695.90.12455740.9860.0560.1361.04299.1
2.69-3.0870.09255880.9950.0380.10.99999.9
3.08-3.886.50.06856320.9960.030.0740.87599.6
3.88-305.90.06556970.9930.030.0720.77499.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX1.16精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
HKL-3000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2NUG

2nug


解像度: 1.804→28.308 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 21.15 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2021 1000 1.79 %
Rwork0.171 54856 -
obs0.1716 55856 99.16 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 85.14 Å2 / Biso mean: 27.6969 Å2 / Biso min: 9.7 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.804→28.308 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3572 1196 171 418 5357
Biso mean--41.68 32.55 -
残基数----508
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0085074
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0187104
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.1772960
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.054836
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006715
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.804-1.89890.26541380.2148757396
1.8989-2.01780.23981430.1937859100
2.0178-2.17360.20951430.17567859100
2.1736-2.39220.18441440.16887862100
2.3922-2.73810.20091420.1665784499
2.7381-3.44880.19921450.17187884100
3.4488-28.3080.19241450.1619797599

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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