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- PDB-7r8q: Closed form of SAOUHSC_02373 in complex with ADP, citrate, Mg2+ a... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7r8q
タイトルClosed form of SAOUHSC_02373 in complex with ADP, citrate, Mg2+ and Na+
要素ATP-grasp domain-containing protein
キーワードLIGASE / ATP-grasp superfamily / L-amino acid ligase
機能・相同性ATP-grasp fold / ATP-grasp fold profile. / ATP binding / metal ion binding / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / CITRIC ACID / ATP-grasp domain-containing protein
機能・相同性情報
生物種Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Pederick, J.L. / Bruning, J.B.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2022
タイトル: Discovery of an ʟ-amino acid ligase implicated in Staphylococcal sulfur amino acid metabolism.
著者: Pederick, J.L. / Horsfall, A.J. / Jovcevski, B. / Klose, J. / Abell, A.D. / Pukala, T.L. / Bruning, J.B.
履歴
登録2021年6月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年9月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年10月5日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ATP-grasp domain-containing protein
B: ATP-grasp domain-containing protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)95,67016
ポリマ－93,8602
非ポリマー1,80914
水7,945441
1
A: ATP-grasp domain-containing protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,6437
ポリマ－46,9301
非ポリマー7136
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: ATP-grasp domain-containing protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,0279
ポリマ－46,9301
非ポリマー1,0978
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)145.868, 82.812, 107.782
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 131.060, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 ATP-grasp domain-containing protein


分子量: 46930.203 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (strain NCTC 8325 / PS 47) (黄色ブドウ球菌)
株: NCTC 8325 / PS 47 / 遺伝子: SAOUHSC_02373 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q2FWC5

-
非ポリマー , 5種, 455分子

#2: 化合物
ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸


分子量: 192.124 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H8O7
#3: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 441 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.96 %
結晶化温度: 289.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 1.6 M sodium citrate tribasic dihydrate pH 6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX1 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年7月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→36.89 Å / Num. obs: 64488 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 7 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.137 / Rpim(I) all: 0.056 / Rrim(I) all: 0.148 / Net I/σ(I): 9
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / 冗長度: 6.6 %

解像度 (Å)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
2-2.051.4922945344670.6450.6281.6211.597.9
9.17-36.890.04946407020.9980.020.05327.898.2

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
Aimless0.7.4データスケーリング
PHASER2.8.3位相決定
PHENIX1.18.2-3874精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7R8P

7r8p


解像度: 2→36.89 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 26.67 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2199 3389 5.26 %
Rwork0.1913 61046 -
obs0.1928 64435 98.52 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 96.09 Å2 / Biso mean: 40.4317 Å2 / Biso min: 23.7 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2→36.89 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6217 0 114 441 6772
Biso mean--36.3 41.58 -
残基数----776
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2-2.02860.38781470.3142251198
2.0286-2.05890.29351260.3092251498
2.0589-2.0910.32751360.2904252198
2.091-2.12530.32651580.2739249498
2.1253-2.16190.30011300.2612252698
2.1619-2.20130.30521420.249249498
2.2013-2.24360.32341340.2466250898
2.2436-2.28940.27751410.2426254498
2.2894-2.33910.24931460.2211252898
2.3391-2.39350.27531310.2206255798
2.3935-2.45340.27581590.2245248198
2.4534-2.51970.24621530.2167254698
2.5197-2.59380.25871400.2158250999
2.5938-2.67750.22771240.2237256499
2.6775-2.77320.2811420.2235255299
2.7732-2.88420.27661290.2288254999
2.8842-3.01540.26351420.2195254599
3.0154-3.17430.2431570.2166254099
3.1743-3.37310.21821310.1922259399
3.3731-3.63330.19131290.1653257599
3.6333-3.99850.18321270.1585260099
3.9985-4.57620.16541630.1384255599
4.5762-5.7620.17741500.14092592100
5.762-36.890.16411520.1635264899

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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