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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7r7h | |||||||||
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タイトル | Peptidomimetic nitrile warheads as SARS-CoV-2 3CL protease inhibitors | |||||||||
要素 | 3C-like proteinase | |||||||||
キーワード | VIRAL PROTEIN / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex / HYDROLASE | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 protein guanylyltransferase activity / RNA endonuclease activity, producing 3'-phosphomonoesters / mRNA guanylyltransferase activity / 5'-3' RNA helicase activity / 付加脱離酵素(リアーゼ); P-Oリアーゼ類; - / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of TBK1 activity / Assembly of the SARS-CoV-2 Replication-Transcription Complex (RTC) / Maturation of replicase proteins / ISG15-specific peptidase activity / Transcription of SARS-CoV-2 sgRNAs ...protein guanylyltransferase activity / RNA endonuclease activity, producing 3'-phosphomonoesters / mRNA guanylyltransferase activity / 5'-3' RNA helicase activity / 付加脱離酵素(リアーゼ); P-Oリアーゼ類; - / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of TBK1 activity / Assembly of the SARS-CoV-2 Replication-Transcription Complex (RTC) / Maturation of replicase proteins / ISG15-specific peptidase activity / Transcription of SARS-CoV-2 sgRNAs / Translation of Replicase and Assembly of the Replication Transcription Complex / TRAF3-dependent IRF activation pathway / Replication of the SARS-CoV-2 genome / snRNP Assembly / double membrane vesicle viral factory outer membrane / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エキソリボヌクレアーゼ / 5'-3' DNA helicase activity / SARS coronavirus main proteinase / host cell endosome / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / 3'-5'-RNA exonuclease activity / symbiont-mediated suppression of host toll-like receptor signaling pathway / symbiont-mediated degradation of host mRNA / mRNA guanylyltransferase / symbiont-mediated suppression of host ISG15-protein conjugation / G-quadruplex RNA binding / SARS-CoV-2 modulates host translation machinery / omega peptidase activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of IRF3 activity / mRNA (guanine-N7)-methyltransferase / host cell Golgi apparatus / methyltransferase cap1 / symbiont-mediated perturbation of host ubiquitin-like protein modification / mRNA (nucleoside-2'-O-)-methyltransferase activity / DNA helicase / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity / ubiquitinyl hydrolase 1 / cysteine-type deubiquitinase activity / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ / single-stranded RNA binding / host cell endoplasmic reticulum membrane / host cell perinuclear region of cytoplasm / viral protein processing / lyase activity / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / RNA helicase / induction by virus of host autophagy / copper ion binding / RNA-directed RNA polymerase / viral RNA genome replication / cysteine-type endopeptidase activity / RNA-dependent RNA polymerase activity / virus-mediated perturbation of host defense response / DNA-templated transcription / lipid binding / host cell nucleus / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / ATP hydrolysis activity / proteolysis / RNA binding / zinc ion binding / ATP binding / membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.15 Å | |||||||||
データ登録者 | Khan, M.B. / Lu, J. / Young, H.S. / Lemieux, M.J. | |||||||||
資金援助 | カナダ, 2件
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引用 | ジャーナル: Rsc Med Chem / 年: 2021 タイトル: Peptidomimetic nitrile warheads as SARS-CoV-2 3CL protease inhibitors. 著者: Bai, B. / Arutyunova, E. / Khan, M.B. / Lu, J. / Joyce, M.A. / Saffran, H.A. / Shields, J.A. / Kandadai, A.S. / Belovodskiy, A. / Hena, M. / Vuong, W. / Lamer, T. / Young, H.S. / Vederas, J.C. ...著者: Bai, B. / Arutyunova, E. / Khan, M.B. / Lu, J. / Joyce, M.A. / Saffran, H.A. / Shields, J.A. / Kandadai, A.S. / Belovodskiy, A. / Hena, M. / Vuong, W. / Lamer, T. / Young, H.S. / Vederas, J.C. / Tyrrell, D.L. / Lemieux, M.J. / Nieman, J.A. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7r7h.cif.gz | 287.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7r7h.ent.gz | 190 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7r7h.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7r7h_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7r7h_full_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7r7h_validation.xml.gz | 26.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7r7h_validation.cif.gz | 35.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r7/7r7h ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r7/7r7h | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 6wtmS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域:
NCS oper: (Code: givenMatrix: (-0.99993326148, -0.01149159906, -0.00118984776137), (-0.0114972465251, 0.999922124827, 0.00485361765205), (0.00113397927372, 0.00486697370183, -0.999987513251) ...NCS oper: (Code: given Matrix: (-0.99993326148, -0.01149159906, -0.00118984776137), ベクター: |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 33825.547 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) 遺伝子: rep, 1a-1b / 発現宿主: Escherichia coli O103:H2 (大腸菌) / 参照: UniProt: P0DTD1, SARS coronavirus main proteinase #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.93 % |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 0.2 M Ammonium chloride 0.1 M HEPES 7.0 20 % w/v PEG 6000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-1 / 波長: 0.97946000099182 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年6月4日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97946000099182 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.95→34.34 Å / Num. obs: 59840 / % possible obs: 96.64 % / 冗長度: 3.34 % / Biso Wilson estimate: 42.68 Å2 / CC1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 9.23 |
反射 シェル | 解像度: 1.95→2.02 Å / Num. unique obs: 38927 / CC1/2: 0.998 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 6WTM 解像度: 2.15→34.34 Å / SU ML: 0.3257 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.82 / 位相誤差: 35.1743 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 51.72 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.15→34.34 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | タイプ: Torsion NCS / Rms dev position: 0.688244265629 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル |
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