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- PDB-7r7b: 1.50 Angstroem Crystal Structure of FeoA from Bacteroides fragilis -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7r7b
タイトル1.50 Angstroem Crystal Structure of FeoA from Bacteroides fragilis
要素Ferrous iron transport protein B
キーワードMETAL TRANSPORT / Feo / SH3 / membrane transporter
機能・相同性
機能・相同性情報


ferrous iron transmembrane transporter activity / transition metal ion binding / GTP binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
FeoA domain / Ferrous iron transport protein B, C-terminal / Ferrous iron transport protein B C terminus / FeoB, cytosolic helical domain / FeoB cytosolic helical domain / Ferrous iron transport protein B / FeoB-type guanine nucleotide-binding (G) domain / : / Ferrous iron transport protein B / FeoB-type guanine nucleotide-binding (G) domain profile. ...FeoA domain / Ferrous iron transport protein B, C-terminal / Ferrous iron transport protein B C terminus / FeoB, cytosolic helical domain / FeoB cytosolic helical domain / Ferrous iron transport protein B / FeoB-type guanine nucleotide-binding (G) domain / : / Ferrous iron transport protein B / FeoB-type guanine nucleotide-binding (G) domain profile. / Ferrous iron transporter, core domain / Ferrous iron transporter FeoA domain / FeoA / Nucleoside transporter/FeoB GTPase, Gate domain / Nucleoside recognition / Transcriptional repressor, C-terminal / Small GTP-binding protein domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / Ferrous iron transport protein B
類似検索 - 構成要素
生物種Bacteroides fragilis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Sestok, A.E. / Smith, A.T.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of Dental and Craniofacial Research (NIH/NIDCR)DE027803 米国
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2022
タイトル: A fusion of the Bacteroides fragilis ferrous iron import proteins reveals a role for FeoA in stabilizing GTP-bound FeoB.
著者: Sestok, A.E. / Brown, J.B. / Obi, J.O. / O'Sullivan, S.M. / Garcin, E.D. / Deredge, D.J. / Smith, A.T.
履歴
登録2021年6月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年4月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ferrous iron transport protein B
B: Ferrous iron transport protein B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,7236
ポリマ－17,3492
非ポリマー3744
水2,702150
1
A: Ferrous iron transport protein B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,8613
ポリマ－8,6741
非ポリマー1872
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Ferrous iron transport protein B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,8613
ポリマ－8,6741
非ポリマー1872
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)92.576, 29.552, 67.430
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 128.885, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Space group name HallC2y
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z
#4: -x+1/2,y+1/2,-z

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要素

#1: タンパク質 Ferrous iron transport protein B


分子量: 8674.333 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacteroides fragilis (バクテリア)
遺伝子: feoB, BUN20_04310, DW228_07360, DXB57_02360, EC80_0207810, EE52_0204010, EE52_020515, FOC69_09580, IA74_010110, IB64_011160
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A081U6Q6
#2: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 150 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.56 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.2 M di-potassium phosphate, 2.2 M ammonium sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97856 Å
検出器タイプ: MAR scanner 300 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2019年12月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97856 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→46.16 Å / Num. obs: 23079 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 5.8 % / Biso Wilson estimate: 14.65 Å2 / CC1/2: 0.992 / Net I/σ(I): 8.1
反射 シェル解像度: 1.5→1.53 Å / Num. unique obs: 1138 / CC1/2: 0.529

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18.2_3874精密化
xia2データ削減
xia2データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2K5L

2k5l


解像度: 1.5→36.03 Å / SU ML: 0.2059 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.8118
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2344 1100 4.77 %
Rwork0.1949 21950 -
obs0.1967 23050 99.59 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 24.89 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→36.03 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1176 0 22 150 1348
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0071253
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.05291670
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0563186
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0047206
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.3966520
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.5-1.570.40311480.32042693X-RAY DIFFRACTION97.9
1.57-1.650.31961300.25282694X-RAY DIFFRACTION99.61
1.65-1.750.22121230.22612725X-RAY DIFFRACTION99.75
1.75-1.890.24351350.19972737X-RAY DIFFRACTION99.72
1.89-2.080.23971540.19722717X-RAY DIFFRACTION99.97
2.08-2.380.22181290.1922771X-RAY DIFFRACTION99.97
2.38-30.23561630.19722740X-RAY DIFFRACTION99.93
3-36.030.19741180.16482873X-RAY DIFFRACTION99.9

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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