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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7r6y | ||||||
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タイトル | E117K mutant pyruvate kinase from rabbit muscle | ||||||
![]() | Pyruvate kinase PKM | ||||||
![]() | TRANSFERASE / Mutant / Magnesium / oxalate / pyruvate kinase / PK | ||||||
機能・相同性 | ![]() positive regulation of cytoplasmic translation / pyruvate kinase / pyruvate kinase activity / positive regulation of sprouting angiogenesis / potassium ion binding / rough endoplasmic reticulum / non-specific protein-tyrosine kinase / cellular response to insulin stimulus / protein tyrosine kinase activity / non-specific serine/threonine protein kinase ...positive regulation of cytoplasmic translation / pyruvate kinase / pyruvate kinase activity / positive regulation of sprouting angiogenesis / potassium ion binding / rough endoplasmic reticulum / non-specific protein-tyrosine kinase / cellular response to insulin stimulus / protein tyrosine kinase activity / non-specific serine/threonine protein kinase / phosphorylation / mRNA binding / magnesium ion binding / ATP binding / nucleus 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Rodriguez-Romero, A. / Rodriguez-Hernandez, A. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: The K + -Dependent and -Independent Pyruvate Kinases Acquire the Active Conformation by Different Mechanisms. 著者: Ramirez-Silva, L. / Hernandez-Alcantara, G. / Guerrero-Mendiola, C. / Gonzalez-Andrade, M. / Rodriguez-Romero, A. / Rodriguez-Hernandez, A. / Lugo-Munguia, A. / Gomez-Coronado, P.A. / ...著者: Ramirez-Silva, L. / Hernandez-Alcantara, G. / Guerrero-Mendiola, C. / Gonzalez-Andrade, M. / Rodriguez-Romero, A. / Rodriguez-Hernandez, A. / Lugo-Munguia, A. / Gomez-Coronado, P.A. / Rodriguez-Mendez, C. / Vega-Segura, A. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 461.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 301 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 488.9 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 502.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 70.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 99.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 1aqfS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域:
NCSアンサンブル:
NCS oper:
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 58130.078 Da / 分子数: 4 / 変異: E117K / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-ACT / #3: 化合物 | ChemComp-OXL / #4: 化合物 | ChemComp-MG / #5: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.29 % |
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結晶化 | 温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法 詳細: 0.2 M magnesium acetate, 0.1 M sodium cacodylate pH 6.5, and 18% w/v Polyethylene Glycol 8000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2007年6月23日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.98 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.25→48.18 Å / Num. obs: 101836 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.2 % / Biso Wilson estimate: 31.62 Å2 / CC1/2: 0.99 / Net I/σ(I): 17.5 |
反射 シェル | 解像度: 2.25→2.37 Å / Num. unique obs: 14698 / CC1/2: 0.81 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 1aqf 解像度: 2.25→44.97 Å / SU ML: 0.2931 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 25.046 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 34.12 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.25→44.97 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS |
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LS精密化 シェル |
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