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- PDB-7r6y: E117K mutant pyruvate kinase from rabbit muscle -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7r6y
タイトルE117K mutant pyruvate kinase from rabbit muscle
要素Pyruvate kinase PKM
キーワードTRANSFERASE / Mutant / Magnesium / oxalate / pyruvate kinase / PK
機能・相同性
機能・相同性情報


pyruvate kinase / pyruvate kinase activity / positive regulation of cytoplasmic translation / positive regulation of sprouting angiogenesis / potassium ion binding / rough endoplasmic reticulum / non-specific protein-tyrosine kinase / protein tyrosine kinase activity / non-specific serine/threonine protein kinase / mRNA binding ...pyruvate kinase / pyruvate kinase activity / positive regulation of cytoplasmic translation / positive regulation of sprouting angiogenesis / potassium ion binding / rough endoplasmic reticulum / non-specific protein-tyrosine kinase / protein tyrosine kinase activity / non-specific serine/threonine protein kinase / mRNA binding / magnesium ion binding / ATP binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
PK beta-barrel domain-like / M1 Pyruvate Kinase; Domain 3 / Pyruvate kinase, C-terminal domain / Pyruvate kinase, active site / Pyruvate kinase active site signature. / Pyruvate Kinase; Chain: A, domain 1 / Pyruvate kinase / Pyruvate kinase, barrel / Pyruvate kinase, insert domain superfamily / Pyruvate kinase, barrel domain ...PK beta-barrel domain-like / M1 Pyruvate Kinase; Domain 3 / Pyruvate kinase, C-terminal domain / Pyruvate kinase, active site / Pyruvate kinase active site signature. / Pyruvate Kinase; Chain: A, domain 1 / Pyruvate kinase / Pyruvate kinase, barrel / Pyruvate kinase, insert domain superfamily / Pyruvate kinase, barrel domain / Pyruvate kinase, C-terminal / Pyruvate kinase, C-terminal domain superfamily / Pyruvate kinase, alpha/beta domain / Pyruvate kinase-like, insert domain superfamily / Pyruvate kinase-like domain superfamily / Pyruvate/Phosphoenolpyruvate kinase-like domain superfamily / Beta Barrel / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / OXALATE ION / Pyruvate kinase PKM
類似検索 - 構成要素
生物種Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.25 Å
データ登録者Rodriguez-Romero, A. / Rodriguez-Hernandez, A.
資金援助 メキシコ, 1件
組織認可番号国
Consejo Nacional de Ciencia y Tecnologia (CONACYT)087163 メキシコ
引用ジャーナル: Int J Mol Sci / 年: 2022
タイトル: The K + -Dependent and -Independent Pyruvate Kinases Acquire the Active Conformation by Different Mechanisms.
著者: Ramirez-Silva, L. / Hernandez-Alcantara, G. / Guerrero-Mendiola, C. / Gonzalez-Andrade, M. / Rodriguez-Romero, A. / Rodriguez-Hernandez, A. / Lugo-Munguia, A. / Gomez-Coronado, P.A. / ...著者: Ramirez-Silva, L. / Hernandez-Alcantara, G. / Guerrero-Mendiola, C. / Gonzalez-Andrade, M. / Rodriguez-Romero, A. / Rodriguez-Hernandez, A. / Lugo-Munguia, A. / Gomez-Coronado, P.A. / Rodriguez-Mendez, C. / Vega-Segura, A.
履歴
登録2021年6月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年5月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Pyruvate kinase PKM
B: Pyruvate kinase PKM
C: Pyruvate kinase PKM
D: Pyruvate kinase PKM
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)233,50121
ポリマ－232,5204
非ポリマー98117
水11,494638
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: homology
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)108.340, 121.830, 161.370
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1(chain "A" and (resid 12 through 24 or (resid 25...
d_2ens_1(chain "B" and ((resid 12 and (name N or name...
d_1ens_2(chain "C" and ((resid 11 through 12 and (name N...
d_2ens_2(chain "D" and (resid 11 through 26 or (resid 27...

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg label comp-IDEnd label comp-IDLabel asym-IDLabel seq-ID
d_11ens_1ILELEUA1 - 15
d_12ens_1HISARGA18 - 515
d_13ens_1VALPROA519 - 522
d_21ens_1ILELEUB1 - 15
d_22ens_1HISARGB19 - 516
d_23ens_1VALPROB518 - 521
d_11ens_2PHELYSC1 - 107
d_12ens_2ASPPROC123 - 437
d_21ens_2PHEPROD1 - 422

NCSアンサンブル:
ID
ens_1
ens_2

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(0.253958369339, -0.247716290992, 0.93495549938), (-0.256899808098, -0.949201728396, -0.181710119173), (0.932473932741, -0.194043082813, -0.304695990735)-5.41983905111, 75.1776504099, 27.5328481837
2given(0.271154385073, -0.229567240319, 0.934758889569), (-0.216465514599, -0.960808985671, -0.173172671178), (0.937879512755, -0.155386534892, -0.310220960493)-6.53789831057, 73.9306397823, 26.4224440899

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要素

#1: タンパク質
Pyruvate kinase PKM / Pyruvate kinase muscle isozyme


分子量: 58130.078 Da / 分子数: 4 / 変異: E117K / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 遺伝子: PKM, PKM2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P11974, pyruvate kinase
#2: 化合物
ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#3: 化合物
ChemComp-OXL / OXALATE ION / しゅう酸ジアニオン


分子量: 88.019 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2O4
#4: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 638 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.29 %
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法
詳細: 0.2 M magnesium acetate, 0.1 M sodium cacodylate pH 6.5, and 18% w/v Polyethylene Glycol 8000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X6A / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2007年6月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.25→48.18 Å / Num. obs: 101836 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.2 % / Biso Wilson estimate: 31.62 Å2 / CC1/2: 0.99 / Net I/σ(I): 17.5
反射 シェル解像度: 2.25→2.37 Å / Num. unique obs: 14698 / CC1/2: 0.81

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18.2_3874精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1aqf

1aqf


解像度: 2.25→44.97 Å / SU ML: 0.2931 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 25.046
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2496 4987 4.9 %
Rwork0.2009 96743 -
obs0.2033 101730 99.98 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 34.12 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.25→44.97 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数14288 0 64 638 14990
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.006114587
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.89819710
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0552276
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00632577
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.99982043
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)
ens_1d_2AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.595644924711
ens_2d_2CX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.525515176074
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.25-2.280.3181830.28033167X-RAY DIFFRACTION99.94
2.28-2.30.31861680.25353191X-RAY DIFFRACTION99.91
2.3-2.330.32661660.25453167X-RAY DIFFRACTION100
2.33-2.360.30681590.25133189X-RAY DIFFRACTION100
2.36-2.390.29871570.24513216X-RAY DIFFRACTION100
2.39-2.420.31851620.24663172X-RAY DIFFRACTION100
2.42-2.460.3151530.24963219X-RAY DIFFRACTION100
2.46-2.490.2961730.23693191X-RAY DIFFRACTION99.97
2.49-2.530.31911640.23493184X-RAY DIFFRACTION99.97
2.53-2.580.28041640.23813212X-RAY DIFFRACTION100
2.58-2.620.32641510.2263199X-RAY DIFFRACTION100
2.62-2.670.2831610.22033212X-RAY DIFFRACTION100
2.67-2.720.27081600.2153204X-RAY DIFFRACTION100
2.72-2.770.26621730.21983212X-RAY DIFFRACTION99.97
2.77-2.830.27591780.21863184X-RAY DIFFRACTION100
2.83-2.90.29681770.21933190X-RAY DIFFRACTION100
2.9-2.970.24511750.22233203X-RAY DIFFRACTION100
2.97-3.050.26351600.21923208X-RAY DIFFRACTION100
3.05-3.140.27991770.21453223X-RAY DIFFRACTION100
3.14-3.240.26421510.21293215X-RAY DIFFRACTION100
3.24-3.360.25111860.2033213X-RAY DIFFRACTION100
3.36-3.50.23421830.18543208X-RAY DIFFRACTION100
3.5-3.650.22851530.18543239X-RAY DIFFRACTION100
3.65-3.850.20631470.17883264X-RAY DIFFRACTION100
3.85-4.090.2291690.16513246X-RAY DIFFRACTION100
4.09-4.40.20631760.16033252X-RAY DIFFRACTION100
4.4-4.850.18781570.15523276X-RAY DIFFRACTION100
4.85-5.550.22831560.17953305X-RAY DIFFRACTION100
5.55-6.980.20271580.19913337X-RAY DIFFRACTION100
6.98-44.970.241900.19623445X-RAY DIFFRACTION99.56

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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