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万見
- PDB-7r6v: Human EXOG complexed with dRP-containing DNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7r6v
タイトルHuman EXOG complexed with dRP-containing DNA
要素
  • DNA (5'-D(*CP*GP*CP*AP*CP*GP*TP*CP*AP*GP*AP*A)-3')
  • DNA (5'-D(*CP*TP*GP*AP*CP*GP*TP*GP*CP*G)-3')
  • Nuclease EXOG, mitochondrial
キーワードDNA BINDING PROTEIN/DNA / Mitochondrial BER / endo/exonuclease / DNA BINDING PROTEIN / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


加水分解酵素; エステル加水分解酵素; リボ核酸またはデオキシリボ核酸に作用する、5'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ / single-stranded DNA endodeoxyribonuclease activity / apoptotic DNA fragmentation / Strand-asynchronous mitochondrial DNA replication / 5'-3' exonuclease activity / RNA endonuclease activity / endonuclease activity / nucleic acid binding / mitochondrial inner membrane / protein-containing complex ...加水分解酵素; エステル加水分解酵素; リボ核酸またはデオキシリボ核酸に作用する、5'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ / single-stranded DNA endodeoxyribonuclease activity / apoptotic DNA fragmentation / Strand-asynchronous mitochondrial DNA replication / 5'-3' exonuclease activity / RNA endonuclease activity / endonuclease activity / nucleic acid binding / mitochondrial inner membrane / protein-containing complex / mitochondrion / metal ion binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
EXOG, C-terminal / Endo/exonuclease (EXOG) C-terminal domain / Non-specific endonuclease / Extracellular Endonuclease; Chain A / Extracellular Endonuclease, subunit A / Extracellular Endonuclease, subunit A / DNA/RNA non-specific endonuclease / DNA/RNA non-specific endonuclease / DNA/RNA non-specific endonuclease / DNA/RNA non-specific endonuclease ...EXOG, C-terminal / Endo/exonuclease (EXOG) C-terminal domain / Non-specific endonuclease / Extracellular Endonuclease; Chain A / Extracellular Endonuclease, subunit A / Extracellular Endonuclease, subunit A / DNA/RNA non-specific endonuclease / DNA/RNA non-specific endonuclease / DNA/RNA non-specific endonuclease / DNA/RNA non-specific endonuclease / DNA/RNA non-specific endonuclease superfamily / His-Me finger superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Nuclease EXOG, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.16 Å
データ登録者Szymanski, M.R. / Yin, Y.W.
引用
ジャーナル: To Be Published
タイトル: Human EXOG possesses strong AP hydrolysis activity
著者: Szymanski, M.R. / Yin, Y.W.
#1: ジャーナル: To Be Published
タイトル: Human EXOG possesses strong AP hydrolysis activity
著者: Szymanski, M.R. / Yin, Y.W.
履歴
登録2021年6月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年8月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.22024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
D: Nuclease EXOG, mitochondrial
E: Nuclease EXOG, mitochondrial
F: DNA (5'-D(*CP*TP*GP*AP*CP*GP*TP*GP*CP*G)-3')
H: DNA (5'-D(*CP*TP*GP*AP*CP*GP*TP*GP*CP*G)-3')
B: DNA (5'-D(*CP*GP*CP*AP*CP*GP*TP*CP*AP*GP*AP*A)-3')
A: DNA (5'-D(*CP*GP*CP*AP*CP*GP*TP*CP*AP*GP*AP*A)-3')
G: Nuclease EXOG, mitochondrial
I: Nuclease EXOG, mitochondrial
J: DNA (5'-D(*CP*TP*GP*AP*CP*GP*TP*GP*CP*G)-3')
K: DNA (5'-D(*CP*TP*GP*AP*CP*GP*TP*GP*CP*G)-3')
L: DNA (5'-D(*CP*GP*CP*AP*CP*GP*TP*CP*AP*GP*AP*A)-3')
M: DNA (5'-D(*CP*GP*CP*AP*CP*GP*TP*CP*AP*GP*AP*A)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)169,34921
ポリマ－168,91512
非ポリマー4349
水7,026390
1
D: Nuclease EXOG, mitochondrial
E: Nuclease EXOG, mitochondrial
F: DNA (5'-D(*CP*TP*GP*AP*CP*GP*TP*GP*CP*G)-3')
H: DNA (5'-D(*CP*TP*GP*AP*CP*GP*TP*GP*CP*G)-3')
B: DNA (5'-D(*CP*GP*CP*AP*CP*GP*TP*CP*AP*GP*AP*A)-3')
A: DNA (5'-D(*CP*GP*CP*AP*CP*GP*TP*CP*AP*GP*AP*A)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)84,62610
ポリマ－84,4576
非ポリマー1694
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11460 Å2
ΔGint-90 kcal/mol
Surface area30830 Å2
手法PISA
2
G: Nuclease EXOG, mitochondrial
I: Nuclease EXOG, mitochondrial
J: DNA (5'-D(*CP*TP*GP*AP*CP*GP*TP*GP*CP*G)-3')
K: DNA (5'-D(*CP*TP*GP*AP*CP*GP*TP*GP*CP*G)-3')
L: DNA (5'-D(*CP*GP*CP*AP*CP*GP*TP*CP*AP*GP*AP*A)-3')
M: DNA (5'-D(*CP*GP*CP*AP*CP*GP*TP*CP*AP*GP*AP*A)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)84,72211
ポリマ－84,4576
非ポリマー2655
水905
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12000 Å2
ΔGint-129 kcal/mol
Surface area30790 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)73.749, 79.085, 79.635
Angle α, β, γ (deg.)69.050, 65.020, 89.720
Int Tables number1
Space group name H-MP1
Space group name HallP1
Symmetry operation#1: x,y,z

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要素

-
タンパク質 , 1種, 4分子 DEGI

#1: タンパク質
Nuclease EXOG, mitochondrial / Endonuclease G-like 1 / Endo G-like 1


分子量: 35511.270 Da / 分子数: 4 / 変異: H140A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: EXOG, ENDOGL1, ENDOGL2, ENGL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q9Y2C4, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; リボ核酸またはデオキシリボ核酸に作用する、5'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ

-
DNA鎖 , 2種, 8分子 FHJKBALM

#2: DNA鎖
DNA (5'-D(*CP*TP*GP*AP*CP*GP*TP*GP*CP*G)-3')


分子量: 3061.003 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: DNA鎖
DNA (5'-D(*CP*GP*CP*AP*CP*GP*TP*CP*AP*GP*AP*A)-3')


分子量: 3656.407 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

-
非ポリマー , 3種, 399分子

#4: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 390 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.77 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 28% PEG 4K, 0.2 M Ammonium Sulphate, 0.1 M Na Acetate Trihydrate pH 4.6

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Ambient temp details: 100K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2018年6月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.16→50 Å / Num. obs: 79362 / % possible obs: 97 % / 冗長度: 1.8 % / CC1/2: 0.75 / Net I/σ(I): 1.5
反射 シェル解像度: 2.16→2.5 Å / Num. unique obs: 7224 / CC1/2: 0.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5T5C

5t5c


解像度: 2.16→50 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.24 --
Rwork0.2 --
obs-77377 97 %
原子変位パラメータBiso mean: 55.65 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.16→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9322 1497 21 390 11230
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.004411233
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.679315514
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04451685
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00521763
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.91196472

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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