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- PDB-7r6s: Crystal Structure of the Putative Bacteriophage Protein from Sten... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7r6s
タイトルCrystal Structure of the Putative Bacteriophage Protein from Stenotrophomonas maltophilia
要素Putative bacteriophage protein
キーワードUNKNOWN FUNCTION / structural genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID
機能・相同性Protein of unknown function DUF6696 / X-Tfes, XVIPCD / Glycoside hydrolase, family 19, catalytic / Chitinase class I / chitinase activity / chitin catabolic process / cell wall macromolecule catabolic process / Lysozyme-like domain superfamily / Bacteriophage protein
機能・相同性情報
生物種Stenotrophomonas maltophilia (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Minasov, G. / Shuvalova, L. / Kiryukhina, O. / Brunzelle, J.S. / Wiersum, G. / Satchell, K.J.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID) / Center for Structural Biology of Infectious Diseases (CSBID)
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal Structure of the Putative Bacteriophage Protein from Stenotrophomonas maltophilia
著者: Minasov, G. / Shuvalova, L. / Kiryukhina, O. / Brunzelle, J.S. / Wiersum, G. / Satchell, K.J.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID) / Center for Structural Biology ...著者: Minasov, G. / Shuvalova, L. / Kiryukhina, O. / Brunzelle, J.S. / Wiersum, G. / Satchell, K.J.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID) / Center for Structural Biology of Infectious Diseases (CSBID)
履歴
登録2021年6月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年11月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年2月1日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: audit_author / citation_author
改定 1.22024年10月30日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative bacteriophage protein
B: Putative bacteriophage protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,4968
ポリマ－73,9202
非ポリマー5766
水5,513306
1
A: Putative bacteriophage protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,1523
ポリマ－36,9601
非ポリマー1922
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Putative bacteriophage protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,3445
ポリマ－36,9601
非ポリマー3844
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)52.436, 90.670, 72.067
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 103.990, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Putative bacteriophage protein


分子量: 36959.754 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Stenotrophomonas maltophilia (strain K279a) (バクテリア)
株: K279a / 遺伝子: Smlt2992 / プラスミド: pMCSG53 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): Bl-21 Magic / 参照: UniProt: B2FJG3
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 306 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.9 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: Protein: 8.4mg/ml, 0.15M Sodium chloride, 0.01M Tris pH 8.3; Screen: PEGs II (F6), 0.2M Ammonium sulfate, 0.1M tri-Sodium citrate pH 5.6, 25% (w/v) PEG 4000.

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 0.97848 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年1月29日 / 詳細: Be
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97848 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→30 Å / Num. obs: 51491 / % possible obs: 98.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.9 % / Biso Wilson estimate: 34.6 Å2 / CC1/2: 0.999 / CC star: 1 / Rmerge(I) obs: 0.082 / Rpim(I) all: 0.036 / Rrim(I) all: 0.09 / Rsym value: 0.082 / Χ2: 1.226 / Net I/σ(I): 20.1
反射 シェル解像度: 1.9→1.93 Å / 冗長度: 5.6 % / Rmerge(I) obs: 0.928 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 2592 / CC1/2: 0.705 / CC star: 0.909 / Rpim(I) all: 0.423 / Rrim(I) all: 1.022 / Rsym value: 0.928 / Χ2: 1.01 / % possible all: 99.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
HKL-3000位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.9→28.71 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.964 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.943 / SU B: 8.317 / SU ML: 0.119 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.159 / ESU R Free: 0.147 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2308 2591 5.1 %RANDOM
Rwork0.1884 ---
obs0.1905 48349 98.87 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 157.93 Å2 / Biso mean: 44.057 Å2 / Biso min: 22.04 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.28 Å20 Å2-0.16 Å2
2--2.56 Å20 Å2
3----1.96 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.9→28.71 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4825 0 30 310 5165
Biso mean--65.78 46.64 -
残基数----634
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0040.0134982
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0174682
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2691.6456741
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.3331.58310695
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg2.7645644
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg24.09421.344320
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg9.14715773
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg10.1431558
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0580.2608
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0530.025958
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0460.021250
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.949 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.339 178 -
Rwork0.317 3558 -
all-3736 -
obs--99.28 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.3394-0.57361.27845.2065-1.67025.0406-0.01660.29850.0437-0.1357-0.2444-0.2456-0.02620.46940.2610.03430.02730.01590.08790.03650.02434.8433-6.057825.7059
22.4329-0.9111.96641.7869-2.02525.26960.11260.220.01540.1005-0.19290.0991-0.09740.09380.08040.08470.03880.02170.0607-0.00860.0494-9.18059.783116.3259
31.8904-0.41180.18376.27591.00053.86190.30060.1994-0.21710.0499-0.32950.57530.2312-0.41080.02890.09210.0162-0.08520.1051-0.03460.1947-5.6447-7.718322.7194
43.7258-1.08573.91852.1847-1.79747.05740.1220.4061-0.1613-0.2968-0.0879-0.19390.32510.4255-0.03420.12620.10530.04050.1577-0.00940.04038.8213-13.048323.0144
518.6078-4.5128-14.847713.03718.571713.9227-0.1269-0.160.97960.33821.2134-1.02310.25490.6242-1.08640.20340.17040.06080.2791-0.04130.180918.5842-10.761729.9843
62.34151.0187-1.09532.7278-0.68893.27650.0369-0.1123-0.02680.2423-0.1175-0.2489-0.3171-0.0780.08060.0882-0.0546-0.01520.1116-0.01540.059430.1295-22.09762.8805
78.4784.0391-3.74074.5524-2.95736.69490.3545-0.33580.84090.4867-0.22720.3812-1.0114-0.1673-0.12730.20.0256-0.00040.0509-0.05820.101725.3469-14.54659.6861
85.21073.53122.341510.33114.65926.4468-0.00620.09470.0256-0.122-0.24970.46750.0737-0.43330.25590.05590.03930.00410.1016-0.04030.0639-14.7487-2.1517-14.1395
93.0736-1.2823-1.41781.21680.55991.5045-0.0765-0.1066-0.13770.0312-0.06170.06560.0093-00.13820.05110.04940.01010.07760.00210.01663.8954-8.7827-14.997
102.2790.46944.60758.50063.521910.9224-0.23670.44870.288-0.51310.4071-0.841-0.80191.1513-0.17050.0938-0.09710.13060.43010.00660.42025.19137.8275-16.5129
113.9578-3.449-2.83064.50071.9234.44160.04810.26160.1505-0.4508-0.13930.0944-0.25830.00130.09110.28770.0413-0.03160.27370.06050.1482-11.55058.5625-19.0975
121.64-0.9389-2.72431.14440.3168.6493-0.20740.03-0.12040.31870.01560.1260.4019-0.4420.19180.2336-0.11670.04430.17710.01830.1375-22.86820.1185-31.8905
133.7651.84741.46547.28180.3746.4532-0.28280.05650.3028-0.3680.24780.5396-0.1586-0.00940.0350.0412-0.0396-0.03460.10520.05460.1075-26.617821.8899-51.2198
142.69892.2646-0.49092.33170.38083.5048-0.12140.1042-0.3344-0.02030.0397-0.17070.3157-0.07760.08170.0677-0.0703-0.00070.10580.01280.1082-16.464917.3908-46.6943
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 40
2X-RAY DIFFRACTION2A41 - 135
3X-RAY DIFFRACTION3A136 - 172
4X-RAY DIFFRACTION4A173 - 200
5X-RAY DIFFRACTION5A201 - 208
6X-RAY DIFFRACTION6A209 - 294
7X-RAY DIFFRACTION7A295 - 316
8X-RAY DIFFRACTION8B-1 - 13
9X-RAY DIFFRACTION9B14 - 150
10X-RAY DIFFRACTION10B151 - 171
11X-RAY DIFFRACTION11B172 - 203
12X-RAY DIFFRACTION12B204 - 225
13X-RAY DIFFRACTION13B226 - 240
14X-RAY DIFFRACTION14B241 - 316

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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