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- PDB-7r6r: Crystal Structure of a Mycobacteriophage Cluster A2 Immunity Repr... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7r6r
タイトルCrystal Structure of a Mycobacteriophage Cluster A2 Immunity Repressor:DNA Complex
要素
  • DNA (5'-D(P*CP*CP*CP*GP*CP*TP*TP*GP*AP*CP*AP*GP*CP*CP*AP*CP*CP*GP*AP*AP*A)-3')
  • DNA (5'-D(P*TP*TP*TP*CP*GP*GP*TP*GP*GP*CP*TP*GP*TP*CP*AP*AP*GP*CP*GP*GP*G)-3')
  • Immunity repressor
キーワードGENE REGULATION/DNA / Immunity repressor / helix-turn-helix motif / DNA binding protein / GENE REGULATION / GENE REGULATION-DNA complex
機能・相同性DNA / DNA (> 10) / Immunity repressor
機能・相同性情報
生物種Mycobacterium phage TipsytheTRex (ファージ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.13 Å
データ登録者McGinnis, R.J. / Brambley, C.A. / Stamey, B. / Green, W.C. / Gragg, K.N. / Cafferty, E.R. / Terwilliger, T.C. / Hammel, M. / Hollis, T.J. / Miller, J.M. ...McGinnis, R.J. / Brambley, C.A. / Stamey, B. / Green, W.C. / Gragg, K.N. / Cafferty, E.R. / Terwilliger, T.C. / Hammel, M. / Hollis, T.J. / Miller, J.M. / Gainey, M.D. / Wallen, J.R.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI) 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: A monomeric mycobacteriophage immunity repressor utilizes two domains to recognize an asymmetric DNA sequence.
著者: McGinnis, R.J. / Brambley, C.A. / Stamey, B. / Green, W.C. / Gragg, K.N. / Cafferty, E.R. / Terwilliger, T.C. / Hammel, M. / Hollis, T.J. / Miller, J.M. / Gainey, M.D. / Wallen, J.R.
履歴
登録2021年6月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年7月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年7月27日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Immunity repressor
B: DNA (5'-D(P*TP*TP*TP*CP*GP*GP*TP*GP*GP*CP*TP*GP*TP*CP*AP*AP*GP*CP*GP*GP*G)-3')
C: DNA (5'-D(P*CP*CP*CP*GP*CP*TP*TP*GP*AP*CP*AP*GP*CP*CP*AP*CP*CP*GP*AP*AP*A)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,5313
ポリマ－36,5313
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: SAXS, SAXS and MALS confirm a monomer in solution
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5240 Å2
ΔGint-42 kcal/mol
Surface area14700 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)132.490, 43.510, 89.280
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 102.257, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Space group name HallC2y
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z
#4: -x+1/2,y+1/2,-z

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要素

#1: タンパク質 Immunity repressor


分子量: 23642.684 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium phage TipsytheTRex (ファージ)
遺伝子: SEA_TIPSYTHETREX_75 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A2D1GKF7
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(P*TP*TP*TP*CP*GP*GP*TP*GP*GP*CP*TP*GP*TP*CP*AP*AP*GP*CP*GP*GP*G)-3')


分子量: 6526.192 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Mycobacterium phage TipsytheTRex (ファージ)
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(P*CP*CP*CP*GP*CP*TP*TP*GP*AP*CP*AP*GP*CP*CP*AP*CP*CP*GP*AP*AP*A)-3')


分子量: 6362.128 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Mycobacterium phage TipsytheTRex (ファージ)

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.39 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 5-12% PEG 8,000, 0.1-0.3 M CaCl2, and 0.1M HEPES pH 7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.11608 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年3月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.11608 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.13→47.39 Å / Num. obs: 9005 / % possible obs: 94.43 % / 冗長度: 2 % / Biso Wilson estimate: 92.15 Å2 / CC1/2: 0.999 / CC star: 1 / Net I/σ(I): 12.2
反射 シェル解像度: 3.13→3.24 Å / Num. unique obs: 666 / CC1/2: 0.748 / CC star: 0.925

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
REFMAC1精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
PHENIXモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7TZ1

7tz1


解像度: 3.13→47.39 Å / SU ML: 0.4219 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 28.6197
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2476 850 9.95 %
Rwork0.2087 7692 -
obs0.2125 8542 94.48 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 105.4 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.13→47.39 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1395 861 0 0 2256
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.012393
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.59853413
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0855367
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0116291
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d30.209601
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.13-3.330.33361240.32761070X-RAY DIFFRACTION79.6
3.33-3.580.34581330.29271228X-RAY DIFFRACTION92.9
3.58-3.940.27961430.22791308X-RAY DIFFRACTION96.99
3.95-4.520.25821470.20241329X-RAY DIFFRACTION98.99
4.52-5.690.2681480.19931353X-RAY DIFFRACTION99.27
5.69-47.390.18991550.1761404X-RAY DIFFRACTION98.92
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.21109969782-1.853679541041.326157706869.585950020611.466352300825.746957643621.08083513488-0.3623215657910.2261522390011.00491508409-1.278098434471.15046167430.988962637580.0336107407912-0.3547267067240.3389767532390.111592446249-0.3277605983570.6208133506130.003043223313821.1822349193848.88448033064.9757008682981.686298393
23.732498944340.2619084090512.897381393271.58914066978-0.3735497655934.237657028910.739153739150.0466284689397-0.506217469702-0.971797610925-0.450087636289-0.527290960350.3918252452610.503595190014-0.3382157180810.5360489118590.226767125506-0.1138652727050.767788431791-0.2333794549560.98629307713247.9348678396.3831964498770.1147366997
35.809153667321.809815821851.169155074095.27249275727-0.7136921282163.979657564210.1534655623260.226626494591-0.100025496311-0.1403797817920.1253028627331.229385571610.21970301814-0.725534346343-0.1568545828190.7198185792750.191596523535-0.1152531456181.00422568177-0.08310663252740.85276819574728.213162666111.900455743461.7046290889
46.62153399404-1.4563645955-0.3006458191014.2241221272.220428645054.90718987620.3455270829211.39035110627-0.796894109073-1.15361448426-0.08838636390730.07364578766570.255581743833-0.565199147696-0.1437022910841.120688190320.122821023199-0.3077899485910.991573900135-0.03668427897580.68398561867228.02209925512.145718679850.6753263438
59.48525503592-0.01226045910241.775274563527.060650077640.4599487447673.54567115819-0.984865640953-2.14101378073-0.004171851334580.8658143881450.2472069816031.910640960140.1252128962860.07932024417780.02581583592720.8819457174920.536719810590.1193917078661.457599583960.1232609699651.7519143762716.645759831322.617585058869.429680954
65.24357641558-1.345118301591.495325974992.70416798296-0.9009421753210.462848637489-1.26055989140.00787621370014-0.2597930256030.8728179837320.8168773693-1.18029884602-1.56165355361-0.8260693865380.3749053108330.8961308057980.202017231433-0.0989413435451.056999523320.03022233305891.2953374535334.902179868525.513370314470.4270249058
77.12438796932-0.5739856118341.638195340325.28743855683-0.6498429455523.546153644530.336495289261.686044353451.63530113928-0.532294684020.236289539174-1.132490364040.5351177807581.566728934420.1237279606160.6215069463070.251889270656-0.04429165368141.339651583090.02119318901911.1251526523849.295305167113.718012875767.9207325964
86.26457502999-1.810095289034.181745989913.06205293725-2.208805853796.23742756777-0.7274002034130.514598297622-0.6898299028540.5290582157320.682010271763-0.943771091028-1.805443163670.8201850781660.4659008718340.8381492446010.1328383199510.06949235634331.59894718187-0.0648432509341.6022687181867.326457869914.875213423770.2665017621
94.79674402877-1.44782388179-1.998613801544.98565680036-1.203771376059.04203789368-0.5265240053032.17464412843-2.519755744-0.4323792093741.51533819557-2.087862142261.262580510291.111981644370.2295895091740.9539450671960.3098462889170.277689549891.680769427680.01263404538182.5104227639973.80266011256.4392136422377.4827258819
106.33552425113-1.748175874023.472335684348.28704753812-4.013054730113.1242031716-0.8224621689872.478876902390.277757556566-2.141931228710.346161490557-0.8535835598320.9599409174751.22578113734-0.4234872911420.7907827610280.3001978991140.2516845275161.83727142497-0.2507210119251.7943619977366.23214682066.2038547015871.0267818933
116.08732541683-0.1780883298925.392549058441.365176238390.2636159398254.80225248604-1.546657063071.50116723546-0.575299382512-0.296974992604-0.102053172757-0.486225505471-1.210068962051.457218805390.5788683534320.6692288163370.125795514833-0.01292384638090.9893300896380.06328579934761.2479268171355.158790310820.802654831168.9870548572
126.38185213108-2.038868513113.861902970265.26730322855-0.359014306562.6677212426-0.348337232355-1.622711514760.8777988027180.863277466174-0.02772301393590.1220409162790.06444505637221.31088845239-0.03000057779040.6669579462540.238064643615-0.1075369347711.20492942833-0.1026694432671.0408574648636.839968805617.039034510367.7102768001
137.78347914039-1.818014664153.144662373661.85302008063-0.841404802881.20785177838-0.282277285771-0.4318043193550.3024557668160.9208526481930.9366680546332.30230143822-0.766741294572-0.3302347698040.1601763769131.084193742550.479754824401-0.02700548087481.37231312819-0.05507596725121.8316268121121.871716550728.650545553171.9970102374
142.003028005728.88484192497.948961575597.500726971966.71460861186.12304091837-1.49885949782.003163120380.833890204170.1793823547030.1780602160791.71042016741-0.683639747832-0.382459509283-0.2215576700230.9824889820220.7154122205080.4652556970082.116947979210.2787235236951.7639706661811.803006063328.70907452464.9271886974
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 15 through 40 )AA15 - 401 - 26
22chain 'A' and (resid 41 through 68 )AA41 - 6827 - 54
33chain 'A' and (resid 69 through 118 )AA69 - 11855 - 104
44chain 'A' and (resid 119 through 181 )AA119 - 181105 - 167
55chain 'B' and (resid 22 through 26 )BB22 - 26
66chain 'B' and (resid 27 through 31 )BB27 - 31
77chain 'B' and (resid 32 through 36 )BB32 - 36
88chain 'B' and (resid 37 through 41 )BB37 - 41
99chain 'B' and (resid 42 through 42 )BB42
1010chain 'C' and (resid 60 through 64 )CC60 - 64
1111chain 'C' and (resid 65 through 69 )CC65 - 69
1212chain 'C' and (resid 70 through 74 )CC70 - 74
1313chain 'C' and (resid 75 through 79 )CC75 - 79
1414chain 'C' and (resid 80 through 80 )CC80

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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