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Yorodumi- PDB-7r6r: Crystal Structure of a Mycobacteriophage Cluster A2 Immunity Repr... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7r6r | ||||||
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Title | Crystal Structure of a Mycobacteriophage Cluster A2 Immunity Repressor:DNA Complex | ||||||
Components |
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Keywords | GENE REGULATION/DNA / Immunity repressor / helix-turn-helix motif / DNA binding protein / GENE REGULATION / GENE REGULATION-DNA complex | ||||||
Function / homology | DNA / DNA (> 10) / Immunity repressor Function and homology information | ||||||
Biological species | Mycobacterium phage TipsytheTRex (virus) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 3.13 Å | ||||||
Authors | McGinnis, R.J. / Brambley, C.A. / Stamey, B. / Green, W.C. / Gragg, K.N. / Cafferty, E.R. / Terwilliger, T.C. / Hammel, M. / Hollis, T.J. / Miller, J.M. ...McGinnis, R.J. / Brambley, C.A. / Stamey, B. / Green, W.C. / Gragg, K.N. / Cafferty, E.R. / Terwilliger, T.C. / Hammel, M. / Hollis, T.J. / Miller, J.M. / Gainey, M.D. / Wallen, J.R. | ||||||
Funding support | United States, 1items
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Citation | Journal: Nat Commun / Year: 2022 Title: A monomeric mycobacteriophage immunity repressor utilizes two domains to recognize an asymmetric DNA sequence. Authors: McGinnis, R.J. / Brambley, C.A. / Stamey, B. / Green, W.C. / Gragg, K.N. / Cafferty, E.R. / Terwilliger, T.C. / Hammel, M. / Hollis, T.J. / Miller, J.M. / Gainey, M.D. / Wallen, J.R. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 7r6r.cif.gz | 161.3 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb7r6r.ent.gz | 103.2 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 7r6r.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r6/7r6r ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r6/7r6r | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 7tz1SC S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homologyF&H Search |
Other databases |
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-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 23642.684 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Mycobacterium phage TipsytheTRex (virus) Gene: SEA_TIPSYTHETREX_75 / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / Strain (production host): BL21(DE3) / References: UniProt: A0A2D1GKF7 |
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#2: DNA chain | Mass: 6526.192 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) Mycobacterium phage TipsytheTRex (virus) |
#3: DNA chain | Mass: 6362.128 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) Mycobacterium phage TipsytheTRex (virus) |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.66 Å3/Da / Density % sol: 66.39 % |
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Crystal grow | Temperature: 295 K / Method: vapor diffusion, hanging drop Details: 5-12% PEG 8,000, 0.1-0.3 M CaCl2, and 0.1M HEPES pH 7.5 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ALS / Beamline: 8.3.1 / Wavelength: 1.11608 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 6M / Detector: PIXEL / Date: Mar 14, 2020 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.11608 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 3.13→47.39 Å / Num. obs: 9005 / % possible obs: 94.43 % / Redundancy: 2 % / Biso Wilson estimate: 92.15 Å2 / CC1/2: 0.999 / CC star: 1 / Net I/σ(I): 12.2 |
Reflection shell | Resolution: 3.13→3.24 Å / Num. unique obs: 666 / CC1/2: 0.748 / CC star: 0.925 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 7TZ1 Resolution: 3.13→47.39 Å / SU ML: 0.4219 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / Phase error: 28.6197 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 105.4 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 3.13→47.39 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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