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- PDB-7r69: Crystal structure of mutant R43D/C273S of L-Asparaginase I from Y... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7r69
タイトルCrystal structure of mutant R43D/C273S of L-Asparaginase I from Yersinia pestis
要素L-asparaginase I
キーワードHYDROLASE / L-ASPARAGINASE
機能・相同性
機能・相同性情報


asparaginase / asparaginase activity / amino acid metabolic process / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Type I L-asparaginase family / Type I (cytosolic) L-asparaginase / Asparaginase/glutaminase, active site 1 / Asparaginase / glutaminase active site signature 1. / L-asparaginase, C-terminal / Asparaginase/glutaminase, active site 2 / Asparaginase/glutaminase, C-terminal / Glutaminase/Asparaginase C-terminal domain / Asparaginase / glutaminase active site signature 2. / Asparaginase ...Type I L-asparaginase family / Type I (cytosolic) L-asparaginase / Asparaginase/glutaminase, active site 1 / Asparaginase / glutaminase active site signature 1. / L-asparaginase, C-terminal / Asparaginase/glutaminase, active site 2 / Asparaginase/glutaminase, C-terminal / Glutaminase/Asparaginase C-terminal domain / Asparaginase / glutaminase active site signature 2. / Asparaginase / Asparaginase/glutaminase-like / L-asparaginase, N-terminal / Asparaginase/glutaminase-like superfamily / L-asparaginase, N-terminal domain superfamily / Asparaginase, N-terminal / Asparaginase / glutaminase domain profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Yersinia pestis (ペスト菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Strzelczyk, P. / Wlodawer, A. / Lubkowski, J.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI) 米国
引用ジャーナル: Febs J. / 年: 2023
タイトル: The dimeric form of bacterial l-asparaginase YpAI is fully active.
著者: Strzelczyk, P. / Zhang, D. / Alexandratos, J. / Piszczek, G. / Wlodawer, A. / Lubkowski, J.
履歴
登録2021年6月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年7月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年10月5日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年2月8日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: L-asparaginase I
B: L-asparaginase I
C: L-asparaginase I
D: L-asparaginase I
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)147,90517
ポリマ－147,0984
非ポリマー80713
水18,3931021
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, light scattering, equilibrium centrifugation
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12820 Å2
ΔGint-33 kcal/mol
Surface area43510 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)66.979, 162.980, 73.260
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 110.390, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
L-asparaginase I


分子量: 36774.496 Da / 分子数: 4 / 変異: R43D, C273S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Yersinia pestis (ペスト菌) / 遺伝子: ansA, YPO2161 / プラスミド: pET22b(+) / Cell (発現宿主): Bacteria / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): RIPL / 参照: UniProt: A0A3N4B0Q2, asparaginase
#2: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1021 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.73 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 8
詳細: 0.2 M Ammonium chloride, 0.1 M Tris, pH 8.0, 20% (w/v) PEG 6000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年7月18日
放射モノクロメーター: Double crystal - liquid nitrogen cooled Si(111)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→50 Å / Num. obs: 133825 / % possible obs: 98.5 % / 冗長度: 3.9 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.056 / Rpim(I) all: 0.032 / Net I/σ(I): 21.8
反射 シェル解像度: 1.8→1.83 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.535 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique obs: 6515 / CC1/2: 0.78 / Rpim(I) all: 0.313 / % possible all: 95.6

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC5.8.0258精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3NTX

3ntx


解像度: 1.8→41.12 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.946 / SU B: 5.023 / SU ML: 0.078 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.108 / ESU R Free: 0.104 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1963 1882 1.4 %RANDOM
Rwork0.1669 ---
obs0.1673 128764 96.09 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso max: 117.3 Å2 / Biso mean: 37.483 Å2 / Biso min: 15.29 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.42 Å2-0 Å2-0.09 Å2
2---0.01 Å20 Å2
3----0.27 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.8→41.12 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9534 0 52 1021 10607
Biso mean--53.58 46.95 -
残基数----1242
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0139840
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0179124
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9961.63613370
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.511.56421211
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.33851231
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.56123.776482
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.072151603
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.8531542
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1020.21331
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0130.0210966
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.021876
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.846 Å / Rfactor Rfree error: 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.263 101 -
Rwork0.236 7358 -
obs--74.32 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.67250.17790.17080.30150.0880.19020.0560.00610.03440.0284-0.01990.06140.0122-0.0097-0.0360.14790.01070.01810.1803-0.02640.2603-11.0041104.14776.146
20.5752-0.0406-0.01520.171-0.31210.59320.0209-0.1480.0451-0.0372-0.04360.00140.04190.10470.02280.1375-0.00180.00070.2537-0.01790.218416.04899.043319.1791
30.17790.1546-0.06740.53040.01141.06190.1206-0.0755-0.12240.0062-0.0931-0.0632-0.1206-0.0135-0.02750.213-0.0199-0.01690.15260.04540.2221-9.757956.747611.9881
40.89090.85630.0081.31820.13140.06140.3329-0.335-0.06340.2656-0.29420.0237-0.0564-0.019-0.03870.3557-0.28330.0470.37570.04010.084-13.68867.962240.3665
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A3 - 337
2X-RAY DIFFRACTION2B3 - 337
3X-RAY DIFFRACTION3C2 - 337
4X-RAY DIFFRACTION4D4 - 337

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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