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- PDB-7r52: Crystal structure of human TLR8 in complex with Compound 2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7r52
タイトルCrystal structure of human TLR8 in complex with Compound 2
要素Toll-like receptor 8
キーワードIMMUNE SYSTEM / TLR8 / Toll-like receptor
機能・相同性
機能・相同性情報


Toll Like Receptor 7/8 (TLR7/8) Cascade / toll-like receptor 8 signaling pathway / negative regulation of interleukin-12 production / endolysosome membrane / positive regulation of innate immune response / Trafficking and processing of endosomal TLR / toll-like receptor signaling pathway / pattern recognition receptor activity / immunoglobulin mediated immune response / positive regulation of interferon-alpha production ...Toll Like Receptor 7/8 (TLR7/8) Cascade / toll-like receptor 8 signaling pathway / negative regulation of interleukin-12 production / endolysosome membrane / positive regulation of innate immune response / Trafficking and processing of endosomal TLR / toll-like receptor signaling pathway / pattern recognition receptor activity / immunoglobulin mediated immune response / positive regulation of interferon-alpha production / canonical NF-kappaB signal transduction / positive regulation of interferon-beta production / positive regulation of interleukin-1 beta production / positive regulation of interleukin-8 production / cellular response to mechanical stimulus / positive regulation of interleukin-6 production / response to virus / positive regulation of type II interferon production / signaling receptor activity / double-stranded RNA binding / defense response to virus / endosome membrane / single-stranded RNA binding / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / inflammatory response / Golgi membrane / innate immune response / external side of plasma membrane / endoplasmic reticulum membrane / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / DNA binding / RNA binding / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
TIR domain / Cysteine-rich flanking region, C-terminal / Leucine rich repeat C-terminal domain / Toll - interleukin 1 - resistance / TIR domain profile. / Leucine-rich repeat, SDS22-like subfamily / Toll/interleukin-1 receptor homology (TIR) domain / Toll/interleukin-1 receptor homology (TIR) domain superfamily / Leucine rich repeat / Leucine-rich repeat, typical subtype ...TIR domain / Cysteine-rich flanking region, C-terminal / Leucine rich repeat C-terminal domain / Toll - interleukin 1 - resistance / TIR domain profile. / Leucine-rich repeat, SDS22-like subfamily / Toll/interleukin-1 receptor homology (TIR) domain / Toll/interleukin-1 receptor homology (TIR) domain superfamily / Leucine rich repeat / Leucine-rich repeat, typical subtype / Leucine-rich repeats, typical (most populated) subfamily / Leucine-rich repeat profile. / Leucine-rich repeat / Leucine-rich repeat domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
5-methoxy-6-pyridin-4-yl-1~{H}-indole / Toll-like receptor 8
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.943 Å
データ登録者Faller, M. / Zink, F.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Acs Med.Chem.Lett. / 年: 2022
タイトル: Structure-Based Optimization of a Fragment-like TLR8 Binding Screening Hit to an In Vivo Efficacious TLR7/8 Antagonist.
著者: Betschart, C. / Faller, M. / Zink, F. / Hemmig, R. / Blank, J. / Vangrevelinghe, E. / Bourrel, M. / Glatthar, R. / Behnke, D. / Barker, K. / Heizmann, A. / Angst, D. / Nimsgern, P. / ...著者: Betschart, C. / Faller, M. / Zink, F. / Hemmig, R. / Blank, J. / Vangrevelinghe, E. / Bourrel, M. / Glatthar, R. / Behnke, D. / Barker, K. / Heizmann, A. / Angst, D. / Nimsgern, P. / Jacquier, S. / Junt, T. / Zipfel, G. / Ruzzante, G. / Loetscher, P. / Limonta, S. / Hawtin, S. / Andre, C.B. / Boulay, T. / Feifel, R. / Knoepfel, T.
履歴
登録2022年2月10日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年3月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年5月4日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.32024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Toll-like receptor 8
B: Toll-like receptor 8
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)192,53522
ポリマ－184,6162
非ポリマー7,91920
水3,873215
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)162.537, 87.227, 153.054
Angle α, β, γ (deg.)90, 120.1, 90
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Toll-like receptor 8


分子量: 92307.766 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TLR8, UNQ249/PRO286
発現宿主: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
参照: UniProt: Q9NR97

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糖 , 3種, 18分子

#2: 多糖
alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 910.823 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-3[DManpa1-6]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,5,4/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-e1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 2種, 217分子

#5: 化合物 ChemComp-I6A / 5-methoxy-6-pyridin-4-yl-1~{H}-indole


分子量: 224.258 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H12N2O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 215 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.62 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 20%(w/v) PEG2250, 0.2M Calcium chloride dihydrate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年11月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.94→132.42 Å / Num. obs: 39265 / % possible obs: 98.87 % / 冗長度: 5.1 % / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.069 / Net I/σ(I): 12.98
反射 シェル解像度: 2.94→3.08 Å / Rmerge(I) obs: 0.746 / Num. unique obs: 3895 / CC1/2: 0.842

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.8精密化
Cootモデル構築
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
autoPROCデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3W3G

3w3g


解像度: 2.943→132.42 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.906 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.915 / 交差検証法: THROUGHOUT / SU Rfree Blow DPI: 0.433
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2741 2007 -RANDOM
Rwork0.2527 ---
obs0.2539 39118 98.9 %-
原子変位パラメータBiso mean: 91.02 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--5.1733 Å20 Å24.8703 Å2
2---12.1377 Å20 Å2
3---17.311 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.47 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.943→132.42 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11161 0 524 215 11900
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.00511959HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.7616390HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d4064SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes2024HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it11959HARMONIC10
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion1765SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact8294SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion15.69
LS精密化 シェル解像度: 2.943→3.08 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3566 53 -
Rwork0.3298 --
obs--98.73 %
精密化 TLS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.06980.2457-0.17850.476-0.00531.30350.0264-0.0029-0.2289-0.0029-0.0139-0.2297-0.2289-0.2297-0.0124-0.09230.0164-0.0289-0.06930.0357-0.129914.033633.509437.6643
20.68510.0335-0.1660.6458-0.01460.8904-0.1039-0.05760.1567-0.05760.10870.19360.15670.1936-0.0048-0.02480.05350.0539-0.1103-0.0346-0.062150.266412.762425.1033
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }A31 - 818
2X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }A1001 - 1101
3X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }B31 - 818
4X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }B1001 - 1101

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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