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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7r4b | |||||||||
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タイトル | The Bacillus pumilus chorismate mutase | |||||||||
要素 | Chorismate mutase AroH | |||||||||
キーワード | ISOMERASE / chorismate / prephenic / mutase | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 chorismate metabolic process / chorismate mutase / chorismate mutase activity / aromatic amino acid family biosynthetic process / amino acid biosynthetic process / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Bacillus pumilus (バクテリア) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.1 Å | |||||||||
データ登録者 | Lund, B.A. | |||||||||
資金援助 | ノルウェー, 2件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: The Bacillus pumilus chorismate mutase 著者: Wilkins, R. / Lund, B.A. / Isaksen, G.V. / Brandsdal, B.O. / Aqvist, J. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7r4b.cif.gz | 306.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7r4b.ent.gz | 246.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7r4b.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7r4b_validation.pdf.gz | 475.7 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7r4b_full_validation.pdf.gz | 480 KB | 表示 | |
XML形式データ | 7r4b_validation.xml.gz | 36.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7r4b_validation.cif.gz | 54.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r4/7r4b ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r4/7r4b | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 3zo8S S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 15381.579 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus pumilus (バクテリア) / 株: SAFR-032 / 遺伝子: BPUM_2000 / プラスミド: pET22b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A8FEK3, chorismate mutase #2: 化合物 | ChemComp-EDO / | #3: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 0.1M MES pH 6.5 25% PEG 1500 / Temp details: room temperature |
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.2 / 波長: 0.9184 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年10月2日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9184 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.1→24.58 Å / Num. obs: 227592 / % possible obs: 78.3 % / 冗長度: 4.3 % / CC1/2: 0.999 / Rpim(I) all: 0.03 / Net I/σ(I): 12.99 |
反射 シェル | 解像度: 1.1→1.139 Å / 冗長度: 3.1 % / Mean I/σ(I) obs: 0.65 / Num. unique obs: 6262 / CC1/2: 0.244 / Rpim(I) all: 0.9 / % possible all: 22.6 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 3zo8 解像度: 1.1→24.58 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.974 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.969 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.041 / ESU R Free: 0.042 詳細: Hydrogens have been used if present in the input file
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL PLUS MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 17.981 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.1→24.58 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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