PDB-7r4b: The Bacillus pumilus chorismate mutase

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7r4b

タイトル

The Bacillus pumilus chorismate mutase

要素

Chorismate mutase AroH

キーワード

ISOMERASE / chorismate / prephenic / mutase

機能・相同性

Chorismate mutase, AroH class / Chorismate mutase type I / Chorismate mutase domain profile. / chorismate mutase / chorismate mutase activity / RutC-like superfamily / aromatic amino acid family biosynthetic process / amino acid biosynthetic process / chorismate mutase

機能・相同性情報

生物種

Bacillus pumilus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.1 Å

データ登録者

Lund, B.A.

資金援助

ノルウェー, 2件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: The Bacillus pumilus chorismate mutase
著者: Wilkins, R. / Lund, B.A. / Isaksen, G.V. / Brandsdal, B.O. / Aqvist, J.

履歴

登録	2022年2月8日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年2月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年2月7日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7r4b.cif.gz	306.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7r4b.ent.gz	246.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7r4b.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7r4b_validation.pdf.gz	475.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7r4b_full_validation.pdf.gz	480 KB	表示
XML形式データ	7r4b_validation.xml.gz	36.6 KB	表示
CIF形式データ	7r4b_validation.cif.gz	54.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r4/7r4b ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r4/7r4b	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3zo8S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#124 - 2010年4月コンカナバリンAと循環置換 (Concanavalin A and Circular Permutation) 類似性 (5)

登録構造単位

A: Chorismate mutase AroH

B: Chorismate mutase AroH

C: Chorismate mutase AroH

D: Chorismate mutase AroH

E: Chorismate mutase AroH

F: Chorismate mutase AroH

ヘテロ分子

92.4 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

B: Chorismate mutase AroH

C: Chorismate mutase AroH

A: Chorismate mutase AroH

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration, In solution a trimer is expected
46.1 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

D: Chorismate mutase AroH

E: Chorismate mutase AroH

F: Chorismate mutase AroH

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
46.2 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	49.898, 94.864, 77.305
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 107.487, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Chorismate mutase AroH 分子量: 15381.579 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus pumilus (バクテリア) / 株: SAFR-032 / 遺伝子: BPUM_2000 / プラスミド: pET22b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A8FEK3, chorismate mutase
#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL 分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 820 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 0.1M MES pH 6.5 25% PEG 1500 / Temp details: room temperature

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.2 / 波長: 0.9184 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年10月2日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.1→24.58 Å / Num. obs: 227592 / % possible obs: 78.3 % / 冗長度: 4.3 % / CC_1/2: 0.999 / R_pim(I) all: 0.03 / Net I/σ(I): 12.99
反射シェル	解像度: 1.1→1.139 Å / 冗長度: 3.1 % / Mean I/σ(I) obs: 0.65 / Num. unique obs: 6262 / CC_1/2: 0.244 / R_pim(I) all: 0.9 / % possible all: 22.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.2	精密化
XDS	0.86	データ削減
PHASER	2.8.2	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3zo8

3zo8

解像度: 1.1→24.58 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.974 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.969 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.041 / ESU R Free: 0.042
詳細: Hydrogens have been used if present in the input file

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1965	1904	0.878 %
R_work	0.1823	215057	-
all	0.182	-	-
obs	-	216961	78.227 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL PLUS MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 17.981 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.128 Å²	0 Å²	0.123 Å²
2-	-	0.241 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.159 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.1→24.58 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5678	0	4	820	6502

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.012	6009
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.054	0.016	5997
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.433	1.644	8180
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.939	1.57	13610
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.81	5	756
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.442	22.75	320
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.536	15	1128
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_other_3_deg	5.383	15	12
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.283	15	43
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.076	0.2	836
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	6784
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.015	0.02	1326
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.231	0.2	1235
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.196	0.2	5847
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.173	0.2	3012
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.092	0.2	3469
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.276	0.2	585
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.149	0.2	6
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.187	0.2	39
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.246	0.2	153
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.218	0.2	50
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.145	1.322	2973
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.153	1.321	2972
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.76	1.978	3746
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.763	1.98	3747
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.278	1.686	3036
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.282	1.686	3037
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.701	2.406	4434
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.701	2.407	4435
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.652	18.481	6986
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.257	17.541	6749

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.1-1.128	0.481	33	0.431	3697	X-RAY DIFFRACTION	18.1951
1.128-1.159	0.365	69	0.372	7550	X-RAY DIFFRACTION	38.2192
1.159-1.193	0.372	92	0.349	10261	X-RAY DIFFRACTION	53.2452
1.193-1.229	0.323	118	0.325	13938	X-RAY DIFFRACTION	74.7342
1.229-1.27	0.295	132	0.289	14785	X-RAY DIFFRACTION	81.6564
1.27-1.314	0.279	136	0.263	15199	X-RAY DIFFRACTION	86.5211
1.314-1.364	0.255	139	0.245	14940	X-RAY DIFFRACTION	88.7209
1.364-1.419	0.247	128	0.235	14523	X-RAY DIFFRACTION	89.1614
1.419-1.483	0.242	121	0.218	13696	X-RAY DIFFRACTION	87.5436
1.483-1.555	0.18	117	0.197	13945	X-RAY DIFFRACTION	93.4538
1.555-1.639	0.245	119	0.185	13412	X-RAY DIFFRACTION	94.4836
1.639-1.738	0.176	113	0.179	12749	X-RAY DIFFRACTION	94.8805
1.738-1.858	0.199	106	0.166	12034	X-RAY DIFFRACTION	95.3129
1.858-2.007	0.153	93	0.155	10516	X-RAY DIFFRACTION	89.2863
2.007-2.198	0.166	88	0.151	10556	X-RAY DIFFRACTION	97.419
2.198-2.458	0.169	89	0.15	9556	X-RAY DIFFRACTION	97.5918
2.458-2.837	0.183	72	0.151	8399	X-RAY DIFFRACTION	97.1445
2.837-3.474	0.174	64	0.156	7005	X-RAY DIFFRACTION	95.3466
3.474-4.907	0.14	48	0.136	5244	X-RAY DIFFRACTION	91.6681
4.907-24.58	0.189	27	0.175	3052	X-RAY DIFFRACTION	96.2188

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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