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- PDB-7r3w: Crystal structure of the albicidin resistance protein STM3175 fro... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7r3w
タイトルCrystal structure of the albicidin resistance protein STM3175 from Salmonella typhimurium
要素Putative bacterial regulatory helix-turn-helix protein
キーワードDNA BINDING PROTEIN / transcription regulator / albicidin / resistance / DNA-binding
機能・相同性
機能・相同性情報


cellular response to antibiotic / peptide binding / sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity
類似検索 - 分子機能
: / Bacterial transcription activator, effector binding / Bacterial transcription activator, effector binding domain / GyrI-like small molecule binding domain / GyrI-like small molecule binding domain / Transcription regulator HTH, AraC- type / Regulatory factor, effector binding domain superfamily / HTH domain AraC-type, conserved site / Bacterial regulatory proteins, araC family signature. / Helix-turn-helix domain ...: / Bacterial transcription activator, effector binding / Bacterial transcription activator, effector binding domain / GyrI-like small molecule binding domain / GyrI-like small molecule binding domain / Transcription regulator HTH, AraC- type / Regulatory factor, effector binding domain superfamily / HTH domain AraC-type, conserved site / Bacterial regulatory proteins, araC family signature. / Helix-turn-helix domain / DNA binding HTH domain, AraC-type / Bacterial regulatory proteins, araC family DNA-binding domain profile. / helix_turn_helix, arabinose operon control protein / Homeobox-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Probable HTH-type transcriptional regulator STM3175
類似検索 - 構成要素
生物種Salmonella typhimurium (サルモネラ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.6 Å
データ登録者Dimos, N. / Kosol, S. / Suessmuth, R. / Loll, B.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
German Research Foundation (DFG)SU 239/18-1 ドイツ
引用ジャーナル: Plos Biol. / 年: 2023
タイトル: Gene amplifications cause high-level resistance against albicidin in gram-negative bacteria.
著者: Saathoff, M. / Kosol, S. / Semmler, T. / Tedin, K. / Dimos, N. / Kupke, J. / Seidel, M. / Ghazisaeedi, F. / Jonske, M.C. / Wolf, S.A. / Kuropka, B. / Czyszczon, W. / Ghilarov, D. / Gratz, S. ...著者: Saathoff, M. / Kosol, S. / Semmler, T. / Tedin, K. / Dimos, N. / Kupke, J. / Seidel, M. / Ghazisaeedi, F. / Jonske, M.C. / Wolf, S.A. / Kuropka, B. / Czyszczon, W. / Ghilarov, D. / Gratz, S. / Heddle, J.G. / Loll, B. / Sussmuth, R.D. / Fulde, M.
履歴
登録2022年2月8日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年9月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年8月23日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年5月1日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative bacterial regulatory helix-turn-helix protein
B: Putative bacterial regulatory helix-turn-helix protein
C: Putative bacterial regulatory helix-turn-helix protein
D: Putative bacterial regulatory helix-turn-helix protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)147,3024
ポリマ－147,3024
非ポリマー00
水00
1
A: Putative bacterial regulatory helix-turn-helix protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,8261
ポリマ－36,8261
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Putative bacterial regulatory helix-turn-helix protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,8261
ポリマ－36,8261
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Putative bacterial regulatory helix-turn-helix protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,8261
ポリマ－36,8261
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Putative bacterial regulatory helix-turn-helix protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,8261
ポリマ－36,8261
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)120.650, 244.920, 139.320
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Space group name HallC2c2
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x,-y,-z
#3: -x,y,-z+1/2
#4: -x,-y,z+1/2
#5: x+1/2,y+1/2,z
#6: x+1/2,-y+1/2,-z
#7: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2
#8: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2

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要素

#1: タンパク質
Putative bacterial regulatory helix-turn-helix protein


分子量: 36825.555 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Salmonella typhimurium (サルモネラ菌)
株: LT2 / SGSC1412 / ATCC 700720 / 遺伝子: STM3175 / プラスミド: pET-28a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8ZM00

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.79 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1 M magnesium formate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.2 / 波長: 0.91841 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年12月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.91841 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.6→30 Å / Num. obs: 24093 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 5.6 % / Biso Wilson estimate: 99.6 Å2 / CC1/2: 0.996 / Rrim(I) all: 0.233 / Net I/σ(I): 8.17
反射 シェル解像度: 3.6→3.82 Å / 冗長度: 5.9 % / Mean I/σ(I) obs: 0.98 / Num. unique obs: 3804 / CC1/2: 0.46 / Rrim(I) all: 1.969 / % possible all: 99.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
MxCuBEデータ収集
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: The search model was computed by the Robetta Server

解像度: 3.6→22.42 Å / SU ML: 0.6493 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 37.5647
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3145 1198 5 %
Rwork0.2679 22761 -
obs0.2702 23959 99.47 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 133.56 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.6→22.42 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9288 0 0 0 9288
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00329590
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.684713059
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04441355
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00731716
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d5.27441260
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.6-3.750.44681300.4152454X-RAY DIFFRACTION98.51
3.75-3.920.37761320.3712505X-RAY DIFFRACTION99.74
3.92-4.120.3711310.33092508X-RAY DIFFRACTION99.81
4.12-4.380.38261330.30132523X-RAY DIFFRACTION99.89
4.38-4.720.34751330.27422532X-RAY DIFFRACTION100
4.72-5.180.37161320.29692502X-RAY DIFFRACTION99.58
5.18-5.920.3491340.29352559X-RAY DIFFRACTION99.85
5.92-7.420.29911350.26382558X-RAY DIFFRACTION99.45
7.42-22.420.21251380.18052620X-RAY DIFFRACTION98.43
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.60001672936-0.1412810910350.3387173930450.00988588593896-0.1158231317490.891910491102-0.1105836434030.179761855810.1955611019810.0786365001955-0.01027492031790.0498043156829-0.1783887661180.21824848841-0.07689216675490.3010558509310.2558870584260.01289249547640.564793512826-0.05059392765770.48968980409613.6384548044-51.45111724373.00212581107
20.3339428143290.1775069005820.03130423203870.232853166079-0.1471348622050.777365101184-0.0410549098802-0.195417410356-0.0816283314228-0.2977120261880.0573486729273-0.00229811563911-0.230293656237-0.15575384688-6.75249500947E-61.293977540910.02549912464080.212290843561.11818742240.05418810395031.4307259501549.1620689682-110.588375807-16.6838766253
30.6833885603060.0344173175099-0.1314535292260.009173774406510.05937909934660.225799102045-0.08224440990550.00281417394973-0.1241006892460.227488869550.0506118086651-0.0536795945504-0.06288894543940.04955710170395.48204878348E-61.123175782790.02353936567550.0562853944931.25085187547-0.02379967712171.10439577552.99570861758-67.284996497114.0442262974
40.317209633836-0.165164100025-0.1135514325130.08158637417150.1492799207060.3785892390110.01235329409760.001469057021640.0189636984710.152444565527-0.1472161924110.0487293319843-0.147245415275-0.121873092889-1.49639778132E-51.28636929251-0.01099684094930.1473499191111.12505778647-0.02672822917071.305947863435.5343290103-95.3228546099-10.548752636
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11(chain 'A' and resid -5 through 287)AA-5 - 2871 - 285
22(chain 'B' and resid -2 through 287)BB-2 - 2871 - 282
33(chain 'C' and resid -2 through 287)CC-2 - 2871 - 282
44(chain 'D' and resid -4 through 287)DD-4 - 2871 - 287

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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