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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7r3q | ||||||
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タイトル | Crystal structure of CTX-M-15 G238C/A240 insert mutant apoenzyme | ||||||
要素 | Beta-lactamase | ||||||
キーワード | ANTIMICROBIAL PROTEIN / beta-lactamase / inhibitor / antibiotic resistance / cross-link | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 beta-lactam antibiotic catabolic process / beta-lactamase activity / beta-lactamase / response to antibiotic / membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 1.46 Å | ||||||
データ登録者 | Tooke, C.L. / Hinchliffe, P. / Spencer, J. | ||||||
資金援助 | 英国, 1件
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引用 | ジャーナル: Mbio / 年: 2022 タイトル: Penicillanic Acid Sulfones Inactivate the Extended-Spectrum beta-Lactamase CTX-M-15 through Formation of a Serine-Lysine Cross-Link: an Alternative Mechanism of beta-Lactamase Inhibition. 著者: Hinchliffe, P. / Tooke, C.L. / Bethel, C.R. / Wang, B. / Arthur, C. / Heesom, K.J. / Shapiro, S. / Schlatzer, D.M. / Papp-Wallace, K.M. / Bonomo, R.A. / Spencer, J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7r3q.cif.gz | 202.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7r3q.ent.gz | 134.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7r3q.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7r3q_validation.pdf.gz | 436.3 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7r3q_full_validation.pdf.gz | 436.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | 7r3q_validation.xml.gz | 15.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7r3q_validation.cif.gz | 24.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r3/7r3q ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r3/7r3q | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 6z7hC 6z7iC 6z7jC 6z7kC 7bdrC 7bdsC 7qq5C 7qqcC 7r3rC 4hbtS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 28410.160 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌) / 遺伝子: blaCTX-M-15 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: G3G192, beta-lactamase | ||||||
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#2: 化合物 | ChemComp-SO4 / #3: 化合物 | ChemComp-CL / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.52 % |
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結晶化 | 温度: 292.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1 M Tris pH 8, 2 M ammonium sulfate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.73379 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年1月27日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.73379 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.456→58.95 Å / Num. obs: 42845 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13 % / Biso Wilson estimate: 13.66 Å2 / CC1/2: 0.996 / Rpim(I) all: 0.097 / Net I/σ(I): 6.1 |
反射 シェル | 解像度: 1.456→1.481 Å / 冗長度: 13.5 % / Mean I/σ(I) obs: 0.7 / Num. unique obs: 2124 / CC1/2: 0.419 / Rpim(I) all: 1.268 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: フーリエ合成 開始モデル: 4HBT 解像度: 1.46→58.95 Å / SU ML: 0.184 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.2294 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 19.06 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.46→58.95 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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