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- PDB-7r3n: mouse Interleukin-12 subunit beta - p80 homodimer in space group ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7r3n
タイトルmouse Interleukin-12 subunit beta - p80 homodimer in space group P21 crystal form 3
要素Interleukin-12 subunit beta
キーワードCYTOKINE / HOMODIMER / ANTAGONIST / FIBRONECTIN / SECRETED GLYCOPROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


Interleukin-12 signaling / Interleukin-23 signaling / interleukin-23 receptor binding / interleukin-12 alpha subunit binding / interleukin-12 complex / interleukin-23 complex / natural killer cell activation involved in immune response / positive regulation of natural killer cell mediated cytotoxicity directed against tumor cell target / negative regulation of vascular endothelial growth factor signaling pathway / negative regulation of blood vessel endothelial cell proliferation involved in sprouting angiogenesis ...Interleukin-12 signaling / Interleukin-23 signaling / interleukin-23 receptor binding / interleukin-12 alpha subunit binding / interleukin-12 complex / interleukin-23 complex / natural killer cell activation involved in immune response / positive regulation of natural killer cell mediated cytotoxicity directed against tumor cell target / negative regulation of vascular endothelial growth factor signaling pathway / negative regulation of blood vessel endothelial cell proliferation involved in sprouting angiogenesis / positive regulation of T-helper 1 type immune response / positive regulation of smooth muscle cell apoptotic process / natural killer cell activation / T-helper cell differentiation / positive regulation of osteoclast differentiation / negative regulation of interleukin-17 production / positive regulation of NK T cell proliferation / interleukin-12-mediated signaling pathway / response to UV-B / positive regulation of natural killer cell proliferation / positive regulation of granulocyte macrophage colony-stimulating factor production / cytokine receptor activity / negative regulation of interleukin-10 production / positive regulation of activated T cell proliferation / defense response to protozoan / positive regulation of interleukin-17 production / positive regulation of interleukin-10 production / immunoglobulin mediated immune response / negative regulation of protein secretion / T cell proliferation / positive regulation of T cell proliferation / positive regulation of tyrosine phosphorylation of STAT protein / positive regulation of defense response to virus by host / negative regulation of inflammatory response to antigenic stimulus / positive regulation of interleukin-12 production / : / cytokine activity / endosome lumen / negative regulation of smooth muscle cell proliferation / growth factor activity / cytokine-mediated signaling pathway / cellular response to type II interferon / Golgi lumen / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / positive regulation of tumor necrosis factor production / positive regulation of type II interferon production / cell migration / cellular response to lipopolysaccharide / defense response to Gram-negative bacterium / defense response to virus / cell population proliferation / cell surface receptor signaling pathway / protein heterodimerization activity / endoplasmic reticulum lumen / external side of plasma membrane / protein-containing complex binding / cell surface / extracellular space / extracellular region / identical protein binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Interleukin-12 beta / Interleukin-12 beta, central domain / Cytokine interleukin-12p40 C-terminus / Long hematopoietin receptor, soluble alpha chain, conserved site / Long hematopoietin receptor, soluble alpha chains family signature. / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / Ig-like domain profile. ...Interleukin-12 beta / Interleukin-12 beta, central domain / Cytokine interleukin-12p40 C-terminus / Long hematopoietin receptor, soluble alpha chain, conserved site / Long hematopoietin receptor, soluble alpha chains family signature. / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / Interleukin-12 subunit beta
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.16 Å
データ登録者Bloch, Y. / Savvides, S.N.
資金援助 ベルギー, 1件
組織認可番号国
Research Foundation - Flanders (FWO)12S0519N ベルギー
引用
ジャーナル: To Be Published
タイトル: Around she goes: the structure of mouse Interleukin-12 p80
著者: Bloch, Y. / Savvides, S.N.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2020
タイトル: Homogeneously N-glycosylated proteins derived from the GlycoDelete HEK293 cell line enable diffraction-quality crystallogenesis.
著者: Kozak, S. / Bloch, Y. / De Munck, S. / Mikula, A. / Bento, I. / Savvides, S.N. / Meijers, R.
履歴
登録2022年2月7日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年5月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Interleukin-12 subunit beta
B: Interleukin-12 subunit beta
C: Interleukin-12 subunit beta
D: Interleukin-12 subunit beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)156,43713
ポリマ－153,1304
非ポリマー3,3079
水181
1
A: Interleukin-12 subunit beta
B: Interleukin-12 subunit beta
ヘテロ分子


  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: light scattering, Homodimer, also present in PDB 6sff, 6smc, 6sp3 and 7pur.
  • 78.3 kDa, 2 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)78,3477
ポリマ－76,5652
非ポリマー1,7825
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3260 Å2
ΔGint2 kcal/mol
Surface area34120 Å2
2
C: Interleukin-12 subunit beta
D: Interleukin-12 subunit beta
ヘテロ分子


  • 登録者が定義した集合体
  • 78.1 kDa, 2 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)78,0906
ポリマ－76,5652
非ポリマー1,5254
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2860 Å2
ΔGint6 kcal/mol
Surface area34690 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)112.813, 65.165, 134.311
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 98.093, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb

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要素

#1: タンパク質
Interleukin-12 subunit beta / IL-12B / Cytotoxic lymphocyte maturation factor 40 kDa subunit / CLMF p40 / IL-12 subunit p40


分子量: 38282.391 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Residues [1-22] encode a secretion signal which is should have been co-translationally removed.
由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Il12b / プラスミド: pHLsec / 細胞株 (発現宿主): HEK293S GlycoDelete / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P43432
#2: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 748.682 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-3DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,4,3/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.45 % / 解説: parallelogram shaped plate
結晶化温度: 287 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6
詳細: BCS screen, 0.2M sodium formate, 0.1M sodium phosphate pH 6.0, 17% PEG Smear Medium, 10% Glycerol. Cryoprotected with up to 27.5% PEG Smear Medium prior to vitrification.

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P14 (MX2) / 波長: 0.9762 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年5月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9762 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.1→111.67 Å / Num. obs: 35159 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 4.64 % / Biso Wilson estimate: 89.24 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rrim(I) all: 0.16 / Net I/σ(I): 8.09
反射 シェル解像度: 3.1→3.29 Å / 冗長度: 4.66 % / Mean I/σ(I) obs: 0.95 / Num. unique obs: 5551 / CC1/2: 0.526 / Rrim(I) all: 1.732 / % possible all: 98.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER精密化
PHENIX1.19.2_4158精密化
Coot0.9.4モデル構築
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDS20210323データ削減
XDS20210323データスケーリング
PHASER2.8.1位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6sff

6sff


解像度: 3.16→61.03 Å / SU ML: 0.4417 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 30.6817
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2576 2005 6 %RANDOM
Rwork0.22 31435 --
obs0.2223 33440 99 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 117.81 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.16→61.03 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9657 0 214 1 9872
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.010410110
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.185213713
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.06331539
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0141733
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.91053762
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.16-3.230.38221400.3592204X-RAY DIFFRACTION97.46
3.23-3.320.36951420.32492233X-RAY DIFFRACTION99.12
3.32-3.420.30821440.2872248X-RAY DIFFRACTION99.29
3.42-3.530.31281410.26732211X-RAY DIFFRACTION98.82
3.53-3.660.31461410.25542204X-RAY DIFFRACTION99.2
3.66-3.80.28981440.25092222X-RAY DIFFRACTION98.79
3.8-3.980.31561400.2262250X-RAY DIFFRACTION99.46
3.98-4.190.22951440.20812253X-RAY DIFFRACTION99.75
4.19-4.450.21181410.18152227X-RAY DIFFRACTION99.5
4.45-4.790.22711460.18392265X-RAY DIFFRACTION99.38
4.79-5.270.23231430.17372237X-RAY DIFFRACTION99.33
5.27-6.030.241460.19062288X-RAY DIFFRACTION99.31
6.04-7.60.25211430.21852266X-RAY DIFFRACTION98.97
7.6-61.030.23161500.21782327X-RAY DIFFRACTION97.67
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
17.596057268732.861242866093.636479353843.262654803110.2476917922156.69411340446-0.4422297357830.7647719385150.326972707114-0.789607013130.591632200340.722789249727-0.0832034529011-0.718441153576-0.2547869211950.652785437833-0.0793084693127-0.1258020450510.6445187589090.1958772317891.02527737445-63.5111612843-0.87198515648955.1089703781
28.737075834231.39790224638-0.1858328937112.78113362584-0.8723089051942.60581489181-0.03348395579-0.03269675121960.55525304223-0.1466723308590.04565738124630.234825277768-0.03787936732050.273328906264-0.06322006804150.594990839380.0716918231118-0.06499123584050.14506336851-0.123928846570.826286932148-37.47068559931.2383957630267.9047107332
33.894525912411.162179751672.414981844022.423282348071.021569962128.255805093620.132931767782-1.00886993132-0.4667877951890.477404288949-0.0366945199079-0.1722504629760.9773170571190.642126206425-0.113883399860.64394088980.08670186818670.0193058154010.8131857178180.1127876363920.966527622459-13.0134066579-2.2047518392283.8681717122
42.088521485470.40897016343-0.3551190448290.7503953922010.9484977986676.96897538058-0.19934155160.731283639398-0.187082494564-0.378243657870.8180942757860.1360266655221.75246689818-0.0402800305713-0.2548969858171.946683818710.487423729323-0.179098869072.57300746025-0.1336930891741.09950311982-8.51213060729-2.633100225746.94853586035
51.737690697170.1971107123911.413583230144.194272590331.77039349668.804928365740.576089400021.3774067535-0.136670331521-1.09682965399-0.5272022788930.1755794541550.4494536614190.552889933820.1155579441810.9681266439370.224654152379-0.1744775480431.12564393857-0.04425703327810.688809583965-0.5976719519530.96399330448734.7695910313
66.64051454449-0.2747075190951.635751537685.75063746066-0.4216227918233.977018552160.04355777985080.39120476360.05033063150440.0141575096988-0.0910326462219-0.3234101176740.425108770450.03734531110020.06116154919890.602889017069-0.0592832314990.07927249640150.2385219343250.0310779903050.61824026574812.51975655518.520113794661.6845481531
71.771651244090.2771265762231.088114647140.631061122075-0.348670581333.762863197230.780564613967-0.943349829232-0.2021363091040.245431268333-0.419434884168-0.02313748010930.7559752801310.0362513666213-0.08357044000911.687322297760.0297013387245-0.07451571482752.504370001590.04963149737891.2179472860833.7281254601-2.0393130059221.1357569571
82.16235188964-0.3934529023481.213290653553.92336117198-0.6294727045527.212732613080.2123963524430.197230039586-0.1490525979760.5897198016750.0166926919036-0.144285461799-0.00774164318990.277310418468-0.1272375872861.187204471110.286613156057-0.04489408402352.302095423850.1260605541560.95523462452626.25597619771.25391058232-6.76880592293
91.49037253627-0.6431907197140.36129127942.380594089661.471508947915.36215903652-0.0484007152596-0.957993792883-0.0296535568472-0.446906291947-0.1061432854540.423094037991-0.41900961671.004098500170.06760749422131.127729002120.0488502863571-0.04229256409612.132847491750.1739722390780.99997608495313.95196117368.48922263222-33.5964105918
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精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain A and (resid 23:109 or resid 350:355)AA - E23 - 3531
22chain A and resid 110:232AA110 - 23288 - 210
33chain A and resid 234:334AA234 - 333212 - 304
44chain B and (resid 23:109 or resid 350:355)BF - J23 - 3531
55chain B and resid 110:232BF110 - 23288 - 210
66chain B and resid 234:334BF234 - 334212 - 303
77chain C and (resid 23:109 or resid 350:355)CK - N23 - 3521
88chain C and resid 110:232CK110 - 23288 - 210
99chain C and resid 234:334CK234 - 333212 - 302
1010chain D and (resid 23:109 or resid 350:355)DD23 - 3531
1111chain D and resid 110:232DD110 - 23288 - 210
1212chain D and resid 234:334DD234 - 333212 - 305

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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