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万見
- PDB-7r3m: Structure in solution of the TANGO1 cargo-binding domain (21-131) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7r3m
タイトルStructure in solution of the TANGO1 cargo-binding domain (21-131)
要素Transport and Golgi organization protein 1 homolog
キーワードPROTEIN TRANSPORT / ER / TANGO1 / MIA3 / MOTH domain
機能・相同性
機能・相同性情報


vesicle cargo loading / negative regulation of lymphocyte migration / protein localization to endoplasmic reticulum exit site / cellular response to oxidised low-density lipoprotein particle stimulus / COPII-coated vesicle cargo loading / Cargo concentration in the ER / negative regulation of leukocyte cell-cell adhesion / negative regulation of cell adhesion / endoplasmic reticulum organization / cell migration involved in sprouting angiogenesis ...vesicle cargo loading / negative regulation of lymphocyte migration / protein localization to endoplasmic reticulum exit site / cellular response to oxidised low-density lipoprotein particle stimulus / COPII-coated vesicle cargo loading / Cargo concentration in the ER / negative regulation of leukocyte cell-cell adhesion / negative regulation of cell adhesion / endoplasmic reticulum organization / cell migration involved in sprouting angiogenesis / cargo receptor activity / positive regulation of leukocyte migration / lipoprotein transport / exocytosis / endoplasmic reticulum exit site / protein secretion / endoplasmic reticulum to Golgi vesicle-mediated transport / negative regulation of cell migration / Post-translational protein phosphorylation / wound healing / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / protein transport / endoplasmic reticulum lumen / intracellular membrane-bounded organelle / endoplasmic reticulum membrane / membrane
類似検索 - 分子機能
Variant SH3 domain / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3 domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Transport and Golgi organization protein 1 homolog
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / torsion angle dynamics
データ登録者Arnolds, O. / Stoll, R.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
German Research Foundation (DFG) ドイツ
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: Characterization of a fold in TANGO1 evolved from SH3 domains for the export of bulky cargos.
著者: Arnolds, O. / Stoll, R.
履歴
登録2022年2月7日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年2月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年4月26日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年5月3日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transport and Golgi organization protein 1 homolog


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,8901
ポリマ－12,8901
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: NMR Distance Restraints
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 6000structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1medoid

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要素

#1: タンパク質 Transport and Golgi organization protein 1 homolog / TANGO1 / C219-reactive peptide / D320 / Melanoma inhibitory activity protein 3


分子量: 12890.382 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MIA3, KIAA0268, TANGO, UNQ6077/PRO20088 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5JRA6

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic12D 1H-15N HSQC
121isotropic22D 1H-15N HSQC
131isotropic23D HNCO
141isotropic23D HNCA
151isotropic23D CBCA(CO)NH
161isotropic23D HN(CA)CB
171isotropic23D H(CCO)NH
181isotropic23D 1H-15N NOESY
191isotropic22D 1H-13C HSQC
1101isotropic23D (H)CCH-COSY
1111isotropic23D (H)CCH-TOCSY
1121isotropic23D 1H-13C NOESY
1131isotropic24D 13C-1H-13C HSQCNOESYHSQC
1141isotropic23D HN(CA)CO

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試料調製

詳細タイプ: solution
内容: 1 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] TANGO1(21-131), 90% H2O/10% D2O
Label: TANGO1(21-131) / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料濃度: 1 mM / 構成要素: TANGO1(21-131) / Isotopic labeling: [U-100% 13C; U-100% 15N]
試料状態詳細: 25 mM HEPES, 150 mM NaCl, 1% CHAPS (w/v), 10% D2O (v/v), 0.02% (w/v) NaN3, DSS.
イオン強度: 195 mM / Label: TANGO1(21-131) / pH: 7.4 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker DRX600BrukerDRX6006001
Bruker AVANCE III HDBrukerAVANCE III HD7002

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解析

NMR software
名称開発者分類
CNSBrunger A. T. et.al.精密化
ARIALinge, O'Donoghue and Nilgesstructure calculation
CcpNmr AnalysisCCPNchemical shift assignment
CcpNmr AnalysisCCPNpeak picking
精密化手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 2
代表構造選択基準: medoid
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 6000 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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